當時，北宋神宗皇帝任用王安石實行變法，以司馬光為首的舊黨堅決反對，總是阻撓新政實施。所以，當時在朝野內外以王安石為首的新黨和以司馬光為首的舊黨，是勢不兩立的。可是，蘇軾一向是個不會見風使舵的人，他總是實話實說，所以遭到了新舊兩黨的厭惡。起先蘇軾反對變法，受到了新黨的排斥；後來，舊黨上台，蘇軾出於實際情況的考慮又不同意全盤否定新法，遭到了舊黨的戒備。再以後，新黨又把舊黨打了下去，為了爭權奪利，又把蘇軾歸於舊黨。
沈括在政治上傾向於以王安石為首的新黨，加之與蘇軾的個人恩怨，就伺機陷害這位好朋友。
元豐三年，蘇軾被調任為湖州太守，當時依照慣例，調職官員要寫一份“謝恩表”，然後刊行在“邸報”（當時北宋官方的報紙）上。他在表上寫的一些話又讓新舊兩黨產生了憤恨。表中有這樣幾句話，意思是這樣的：“皇上您知道我愚昧，難以追隨那些新進的權貴，又不能適應形勢；可是您看在我雖然已經年老，卻不愛生事，就派我去管管小民……”在他的這份“謝恩表”裏，“新進”、“生事”這兩個詞讓人聽出了弦外之音。誰是“新進”？誰又愛“生事”？人們對新黨一陣嘲笑，沈括當然對蘇軾就更為不滿了。他於是趁機向皇上奏了一本，說：“蘇軾的謝恩表譏諷時事，包藏禍心，怨恨皇上，譏謗訕上，瀆職謾罵而沒有人臣之節。現在人們已經在爭相傳誦，他這一舉措實在是搞得朝野轟動，萬死也不足以謝皇上。”另外，沈括還從蘇軾寫的詩文中摘出了60多條詞句作為證實蘇軾不滿朝廷的材料，他詆毀蘇軾“訕上罵下”，還舉出具體的例子：“陛下教群吏學法令，他卻說‘讀書萬卷不讀律，致君堯舜知無術’；陛下發青苗錢，本來是接濟貧民，他卻說‘贏得兒童語音好，一年強半在城中’；陛下推行鹽法，他卻說‘豈是聞韶解忘味，邇來三月食無鹽’……”沈括大肆毀謗在先，接著，禦史中丞李定也跟著上表，還列舉了四點蘇軾該殺的理由。一時間，蘇軾因為一份“謝恩表”竟然惹禍上身，皇帝將這件案子發到禦史台處理。不久，蘇軾就從湖州被抓回京城，過了一個月，又被關進禦史台監獄。
起初，蘇軾並不承認自己有怨謗之心，隻是說其中的一些詩句的確反映了民間疾苦。可是後來，在沈括的吩咐下，手下對蘇軾進行了輪番的審訊和折磨，蘇軾一個儒生，實在忍受不了這種心理上的屈辱和肉體上的疼痛，所以就承認自己有罪，還寫了“供詞”。一首描寫普通農村人家生活的詩：“杖藜裹飯去匆匆，過眼青錢轉手蠆。贏得兒童語音好，一年強半在城中。”蘇軾自己說是譏諷了朝廷的青苗立法，他的供詞是：“此詩意言百姓請香青苗錢……莊家小子弟多在城市不看次第，但學得城中人語音而已，以譏新法青苗助役不便也。”可是這番話是多麼牽強附會！蘇軾還說，他的《山村絕句》“老翁七十自腰鐮，慚愧春山筍蕨甜。豈是聞韶解忘味，邇來三月食無鹽”，譏諷了新法實施中的“鹽法”太急，使得山中之人饑貧無食，動經數月。其實這首詩與鹽法哪裏有半點兒瓜葛，蘇軾當時已經完全絕望了，就等著沈括把罪狀和供詞編織就緒，待皇帝批準後殺頭了。
幸好，宋神宗覺得蘇軾是一名不可多得的人才，在反複考慮之後動了惻隱之心。後來，神宗又看到蘇軾在獄中寫的詩，更是不準備殺蘇軾了，所以就赦免了他。這首詩是這樣寫的：
聖主如天萬物春，小臣愚黯自忘身。
百年未滿先還債，十口無家更累人。
是處青山可埋骨，他時夜雨獨傷神。
與君今世為兄弟，更結來生未了因。
蘇軾因詩句差點兒被殺，又因詩句獲救，真是值得慶幸。而沈括在“烏台詩案”中扮演的醜陋角色，卻是他人生的一個汙點，讓我們看到了一名傑出天才的另一麵。