據藏文史著記載，摩訶衍那著有《禪定睡眠論》、《離諍論禪定複書》、《再次答複書》、《見之表麵》、《八十種經根據論》等，這些著作顯然是針對這次論辯的。敦煌藏文文獻中，如P．T．116號卷子中，有藏譯禪師語錄，恐怕也是為這次辯論準備的。敦煌漢文卷子《正理大乘決》中載有天竺派係的提問和摩訶衍那的答辯，《巴協》、《布頓佛教史》等書中也記載有雙方的見解。摩訶衍那認為作善行和不作善行的果報無非是善趣或惡趣，並沒有從輪回中根本解脫，並且是成佛的障礙。他將善業和不善業比做白雲和烏雲，指出任何一種雲都會障蔽天空，因而為了成佛，主張一個人應該排除各種思考、分別心，既不做善念，也不做惡念，無思無欲，才能徹底超脫煩惱，得到大禪定，進入突然的大徹大悟境界。《頓悟大乘正理決》中亦言：“一切眾生，緣無始以來妄想分別，取著妄想善惡法，或長善或長惡，以是因緣流浪生死，出離不得，所以經文凡所有想皆是虛妄。”
摩訶衍那的所傳與慧能係的思想相當，慧能《壇經》亦主張“於世間善惡、好醜，乃至冤之與親，言語觸刺，欺爭之時，並將為空，不思酬害。”
蓮花戒反駁說頓門之說是不可能的，認為如果意識停止任何思想，則等於舍去了“妙觀察智”，則不能證得一切法無自性，不能通達空性。當一個人說自己不思一切法，不要一切思考時，這本身就是一種思想，一種行動，如果完全沒有思慮，除非失去知覺能力。巴·賽囊亦言成佛猶如登山，須一步一步向上登，不能一步登天，認為摩訶衍那的說法，連證入“初地”也很難，更說不上證得一切智。蓮花戒的《修習次第》闡明了修習止觀次第，主張止觀雙修，反對摩訶衍那的頓悟說。從公元792年至公元794年辯論長達三年，翻來覆去。對辯論的雙方而言，有語言上的障礙，雙方都不懂對方的語言，可能以藏語作為辯論的共同語言，把雙方的論文也譯成了藏文。關於結局，一般的藏文史書都言以禪宗的失敗而告終，摩訶衍那給蓮花戒獻上花環，爾後返回了敦煌。
禪宗係的許多弟子不服氣，有的行刺蓮花戒，有的用自殺來表示抗議和不滿，但赤鬆德讚仍宣布吐蕃佛教應以中觀宗為主，不準傳播禪宗，摩訶衍那的著作全部密藏起來。
而王錫的《頓悟大乘正理決·敘》則言，辯論中天竺一方辭窮理屈，不是摩訶衍那的對手，“遂複眩惑大臣，謀結朋覺”，迫害禪宗，引起禪宗弟子們的極大憤恨，“或頭燃熾火，或身解霜刀”，又有吐蕃僧三十餘人上奏讚普，言“若禪法不行，吾等請盡脫袈裟，委命溝壑”。最後讚普於“至戌年正月十五日，大宣詔命曰：‘摩河衍那所開禪義，究暢經文，一無差錯。從今已後，任道俗依法修習’”。
兩種文獻的記載截然不同，但從以後的發展看，吐蕃境內流傳的仍是天竺佛教。《娘氏教法源流》中載，當辯論結束時，“讚普說：‘於義無不相合，而於道的修習上，和尚之法為頓悟，是根器極高的頭陀行者之法。對（中等）根器以下，則有害於十法行，（使人）心昏沉，不集資糧，中斷他人的修習，亦使佛法滅絕，因此應中止。從今以後，要依龍樹正見。’”
看來赤鬆德讚並不否認禪宗是正統法門，隻是認為不適宜在吐蕃傳播。摩訶衍那被十分禮貌地送回敦煌，但他仍在吐蕃占領的敦煌宣講禪法，可知吐蕃對本土和本土以外的政策是有所區別的。
五、對佛教寺院的供養