1985年，國務院頒發的《關於進一步擴大國營工業企業自主權的暫行規定》，使國有企業的治理框架更加具體化。這個暫行規定指出，廠長和黨委書記分別由上級主管部門任免，副廠長由廠長提名，報上級主管部門批準，中層管理幹部由廠長任免。顯然，這個暫行規定賦予了廠長更大的權力，而黨委的權利相對削弱。1986年，國家頒布了《全民所有製工業企業廠長工作條例》、《中國共產黨全民所有製工業企業基層組織工作條例》和《全民所有製工業企業職工代表大會條例》，明確規定國有企業實行廠長負責製。這是國有企業領導體製的重大改革。
1988年，我國頒布了《全民所有製工業企業法》。該法明確指出，國有企業實行廠長負責製，廠長是企業大法定代表人。廠長的產生，除國務院另有規定外，由政府主管部門委任、聘任，或者由職工代表大會選舉產生。這使得廠長負責製正式取得法律依據，廠長的地位從而達到了空前的高度。
但是，1989年之後，廠長負責製受到了很大的挑戰，黨委在國有企業中的作用被極度的強調。官方認為，黨委書記應在企業中發揮政治核心作用，廠長在企業中發揮中心作用。但是，由於核心和中心的職權界定並不清楚，在實際中往往導致廠長和黨委書記之間的矛盾和扯皮，影響到企業的決策程序。在這樣的情況下，一些地方通過變通方法來應付這個問題，將兩人變成一人，以使兩心變一心，即突破《全民所有製工業企業廠長工作條例》和《中國共產黨全民所有製工業企業基層組織工作條例》黨委書記不得兼任廠長的限製，實行廠長和黨委書記由同一人擔任。
1993年，國家確定建立現代企業製度為國有企業改革的目標，而現代化企業製度被普遍理解為公司製度。隨著1993年《公司法》的出台，當國有企業改建為國有全資公司或國有控股的有限責任公司以及股份有限公司後，即根據《公司法》的規定建立股東會或股東大會、董事會、監事會，並設立總經理。他們各自的職權範圍公司法都有明確的規定。
但在實際工作中，這些公司仍然普遍存在“新三會”和“老三會”之間的矛盾。“新三會”即董事會、監事會、股東會。老三會即黨委會、職代會、工會。這個矛盾始終伴隨著國有全資或控股的有限責任公司和股份有限公司，一直延續至現在。不少公司製國有企業往往采取黨委會成員和董事會成員雙向進入的辦法來緩和矛盾，即黨委會主要成員或多數成員與董事會成員或多數成員相互兼任，並由黨委書記兼任董事長。法定代表人由董事長而不是總經理擔任，而董事會主席一般由工會主席兼任。
許多國有企業，特別是大型和特大型企業國有企業，即使到現在也還沒有改建為公司製企業，這些企業仍然按照1998年頒布的《全民所有製工業企業法》登記。不過，到了90年代，這些非公司製國有企業已經基本上不再維持原來的廠長負責製，不但廠長被稱為總經理，而且在90年代中後期，國家也試圖在這樣的企業設立董事會，由董事會授權總經理進行日常管理工作。一些企業組建了董事會，董事長和總經理分設，法定代表人為董事長而不再是總經理擔任。《全民所有製工業企業法》明確規定，企業實行廠長負責製，廠長是企業的法定代表人，廠長的產生一般由政府主管部門委任聘任或由職工代表大會選舉產生。而設立董事會之後，這些國有企業的法定代表人改由董事長擔任，總經理形式上由董事會聘用。這種變化，意味著總經理已經不再是國有企業最強勢的人物，這個人物現在是董事長。同公司製國有企業一樣，這些企業的董事長和黨委書記一般是同一個人。顯然，在非公司製國有企業設立董事會，使得這些企業按照《全民所有製企業法》登記注冊，但又不按照該法的規定建立領導體製。這種情況也表明，在國有企業領導體製方麵，法律規定往往是無關緊要的。
盡管一些非公司製國有企業設立了董事會，但董事會的設立和運作沒有法律依據，而且事實上也很不規範，董事幾乎全部是企業的黨委會成員和高層管理人員，隨著時間推移，這些企業的董事會基本上是形同虛設，甚至不少企業在董事會成員陸續退休之後便不再存在董事會了。
1998年之後，國家對中央管理的大型重點國有企業，不管是公司製還是非公司製國有企業，實行稽查特派員製度。稽查特派員由稽查特派員公署派駐企業，該公署設在國家人事部。稽查特派員實際上由國務院任命，對國務院負責。一個稽查特派員負責若幹個國有重點企業的稽查工作。所謂稽查工作主要是審查企業賬目和財務狀況以及檢查企業領導人是否存在其他方麵的違紀違法現象，並將稽查報告直接報送國務院總理。後來，稽查特派員改名為外派監事會主席，以區別公司法中規定需要設立的由企業內部人員擔任的監事會主席。這項製度一直延續至今。