中共中央麵對空前嚴重的局麵，為避免內戰，於11月9日複電國民黨當局，駁斥了“皓電”的種種誣蔑不實之詞，堅決不同意讓華中敵後戰場的八路軍、新四軍全部北移的無理要求；同時作出重大讓步，決定皖南新四軍部隊“遵令北移”。但是，國民黨方麵反而將中共中央的態度視為軟弱，竟步步進逼，並於1941年1月悍然發動“皖南事變”，對正在北移的新四軍軍部及直屬部隊實行重兵包圍攻擊。新四軍皖南部隊9000餘人血戰七晝夜，麵對敵眾我寡的形勢，除2000餘人突出重圍外，其餘大部壯烈犧牲。軍長葉挺被扣，副軍長項英遇害。隨即蔣介石宣布新四軍為“叛軍”，下令取消其番號，從而把第二次反共高潮推到了極點。
“皖南事變”後，激起國內外一片輿論，人們為之震驚，視此為國共分裂、內戰的開始。然而，中共中央出於維護國家民族利益的考慮，決定：仍以抗日大局為重，堅持又聯合又鬥爭，以鬥爭求團結的政策，在軍事上嚴守自衛，在政治上堅決反擊，團結國內外一切可以團結的力量，把鬥爭進行得有理。有利、有節。1月20日，中共中央發布重建新四軍的命令，號召新四軍全體指戰員繼續堅持大江南北的抗日陣地，堅持團結抗戰。同時，通過各種途徑向國內和國際社會揭露幾年來國民黨頑固派製造反共事件的真相，並再次闡明了中國共產黨堅持團結抗戰的嚴正立場。
對於中國共產黨處理“皖南事變”善後的正確立場和合理主張，國內外進步和中間勢力的表示同情和支持，形成了反對國民黨頑固派倒行逆施的強大潮流。鑒於政治上的被動和孤立，國民黨頑固派不得不收斂其反共行徑。3月，蔣介石公開保證不再對中共黨進行圍剿，對八路軍、新四軍的北移和編製問題，也采取了含糊其辭的態度。至此，第二次反共高潮終於被擊退，中國的抗日民族統一戰線渡過了抗戰以來最大的一次危機。
進入1943年以後，世界反法西斯戰爭勝利發展，為中國的抗戰勝利提供了有利的國際環境。這種形勢要求中國內部加強團結，實現民主改革，鞏固和擴大抗日力量，徹底打敗日本侵略者。然而，隨著勝利前景的明朗化，國民黨當局卻更加敵視共產黨及其領導下的抗日力量，因此，企圖再次掀起反共高潮。
1943年3月，國民黨出版了以蔣介石名義發表的《中國之命運》一書。該書誣蔑共產黨領導的八路軍、新四軍為“新式軍閥”，抗日根據地是“變相割據”，暗示兩年內一定要消滅共產黨。隨著該書的出籠；一大批反共、反民主的書籍和刊物也泛濫起來。1943年5月，共產國際宣布解散，國民黨頑固派利用這個時機，大造反共輿論，要求“解散共產黨”，“取消陝北特區”。6月，胡宗南根據蔣介石的密令，調集部隊，準備分9路“閃擊”延安。
國民黨為了反擊，在政治和思想領域掀起的反共逆流，並預先製止其大規模軍事進攻的企圖，中國共產黨對國民黨的行動展開了強有力的批判和揭露。中共中央機關報《解放日報》連續發表係列文章，列舉中國共產黨及其抗日武裝在敵後浴血抗戰的大量事把國民黨頑固派借反共之名，推行獨裁統治的實質，實揭露得淋漓盡致，而且還說明中國共產主義者和資產階級民主主義者不僅可以合作，而且這種合作對民族發展極為有利；呼籲一切愛國力量和進步的國民黨人，堅持孫中山的三民主義，反對封建法西斯主義，為建立民主的新中國而奮鬥。7月上旬，八路軍總司令朱德分別致電胡宗南和蔣介石，嚴正抗議國民黨頑固派的軍事挑釁，要求製止內戰。與此同時，各根據地軍民紛紛開展聲勢浩大的反對內戰、保衛根據地的群眾運動。