5月19日，亞曆山大將軍發布作戰指令，將西西裏戰役劃分為5個階段：(1)海、空軍采取初步措施摧毀軸心國的空軍部隊及其基地，以確保製海權和製空權。(2)在空降部隊的援助下，於拂曉前實施兩棲突擊，確保包括海岸附近機場和利卡塔及錫臘庫紮的港口在內的登陸場。(3)建立一個寬大的基地，據此奪取奧古斯塔、卡塔尼亞以及傑比尼機場。(4)占領上述地區。(5)攻陷該島。指令要求，英軍將全力直抵墨西拿，並控製墨西拿海峽，從而切斷軸心國的主要補給於線。與此同時，美軍保護其翼側並占領重要機場。一旦攻占墨西拿，英、美兩支軍隊即實施機動戰，以便使軸心國軍隊在埃特納火山以北或以西某地陷入困境，阻止其逃回意大利本土。
登陸前夕，美軍士兵在檢查各自的武器裝備。為達成戰役突然性，使軸心國相信盟軍的主攻目標是希臘，其次是撒丁島，盟軍采取了一係列欺騙措施，如散發假情報，將一具帶著偽造作戰文件的“威廉·馬丁少校”的屍體投到西班牙海岸。這些文件很快落到德國特務手中。德軍最高統帥部看到文件後信以為真，誤認為盟軍將在撒丁島或希臘登陸，遂將德軍裝甲師和魚雷艦艇紛紛調往該地。此外，盟軍登陸編隊在航渡中不是從北非沿岸直接駛向登陸地域，而是繞過邦角轉向南再向東行駛，造成進攻西西裏以東某處的假象。
2.軸心國布防
在德國軍隊內部，對1943年德國地中海戰略問題存在兩種不同意見。以隆美爾為首的一派認為，意大利人毫無價值，同盟國一旦采取進一步行動，德軍應該放棄撒丁島、西西裏島、希臘大部，以及比薩—裏米尼一線以南的所有意大利領土，將節省下來的兵力投入到蘇聯戰場。德軍南線總司令凱瑟林元帥則持反對意見。他不願將這一帶的空軍基地拱手讓與盟軍，因為這樣一來，德國的工業區和羅馬尼亞油田都將暴露於空中打擊之下。他相信，意大利人將會為保衛祖國而戰；隻要有少量的德國部隊及裝備相助，意大利人就能禦敵於國門之外。
希特勒傾向於凱瑟林的意見，決心不放棄巴爾幹領土。他下令向巴爾幹再派駐6個師，從而使那裏的駐軍總數達到13個師。他在撒丁島重新組建了第90師，在西西裏重組了第15裝甲師，並向意大利南部派遣了“赫爾曼·戈林”裝甲師和第16裝甲師。為防範意大利投降，希特勒命令製定一項計劃，必要時解除意大利軍隊武裝，並占領意大利北部的比薩—裏米尼一線。
駐守西西裏島的軸心國部隊為意大利第6集團軍，司令是意大利A·古佐尼將軍，轄8個海岸師、4個意大利機械化師和2個德國裝甲師。同時，“赫爾曼·戈林”師於6月抵西西裏，總兵力達27萬人，包括戰役開始後增援的2個德國師。可用於空中支援的飛機約600架。實際上，德軍派駐第6集團軍的聯絡官森格爾·翁德·埃特林中將控製著德國師和古佐尼。此外，赫爾曼·戈林也經常直接給他的師下達命令。
意大利海岸師裝備落後，士氣低下，軸心國統帥部不指望他們能抵禦盟軍的登陸。關鍵是那6個機動師的部署。凱瑟林認為，在盟軍登陸部隊建立登陸場之際，當地的後備隊就應將其消滅在水線附近。森格爾·翁德·埃特林則認為守軍在確定盟軍的主攻方向後，同意大利後備隊一道從中央陣地發起反攻，將其殲滅。為此，埃特林命令，機動師沿直徑240公裏的西西裏島分散布防，盟軍一登陸即對其發起反攻。
盟軍佯裝對特拉帕尼進攻的欺騙計劃，促使軸心國進一步分散兵力，將第15裝甲榴彈師調往該島西端。擔任西部防禦的還有2個意大利機動師，另2個意大利機動師同“赫爾曼·戈林”師一道防守該島東部。在7月10日那天，德軍在該島的兵力隻有約2.3萬人，至戰役結束前，德軍投入西西裏防禦的總兵力達到6萬人。
3.實施“愛斯基摩人”計劃