自聖克魯斯航空母艦大戰之後，日本人還重建了自己的航空母艦兵力。第一機動艦隊現擁有的9艘航空母艦中的3.3萬噸級的“大鳳”號就裝上了厚厚的裝甲飛行甲板，可以承受住美軍俯衝轟炸機投下的炸彈攻擊。同時，還得到了一大批新型的艦載機，其中包括改進型“零”式戰鬥機、“天山”式艦載魚雷攻擊機。這種艦載機全長10.86米，翼展14.89米，重5.2噸，時速為482公裏，可攜帶1枚800公斤炸彈或1條改進型魚雷，機載2挺7.7毫米機槍。這些新型戰機的特點是：速度快、靈活性好、攻擊力強。
但是，由於飛行員損失過多，來不及補充，使日軍缺少具有實戰經驗的飛行員和機組人員，派到航空母艦上去的飛行員幾乎沒有經過多少訓練。一位日軍飛行教官這樣說：“海軍迫切需要飛行員，那些在戰前甚至連做夢也沒想過能接近戰鬥機的人，現在都被派去駕機打仗了。”
3月31日，古賀在前往菲律賓途中座機遭遇暴風，機毀人亡。豐田副武海軍大將接任聯合艦隊司令。
5月3日，豐田接到了大本營發起“阿”號作戰的指令，他隨即向所屬各部下達了作戰指令。但是，日軍大本營被美軍的“雙管齊下”所迷惑，一直認為美軍的主攻方向是在新幾內亞群島西北部和加羅林群島西部，將帛琉群島海域作為決戰地域。因此，錯誤地將兵力調往新幾內亞群島，而馬裏亞納群島的防禦被嚴重忽視了。
6月11日，美軍航母編隊開始襲擊馬裏亞納群島，日軍仍認為這是美軍牽製性的行動。直到6月13日，美軍登陸編隊出現在塞班島海域，並開始炮擊塞班島，這才清楚美軍的意圖。聯合艦隊司令豐田副武於當天下午17時30分下令暫停在新幾內亞群島的作戰，並命令第17機動艦隊和第5岸基航空部隊調去新幾內亞群島參戰的部隊火速歸還建製。
此時，第5岸基航空部隊已在新幾內亞群島遭到不小的消耗，而且飛行員中很多人得了“登革熱”病，無法執行作戰任務，日軍隻得從橫須賀海軍航空兵中抽調120架飛機組成8幡航空隊，由鬆永貞市中將任司令，火速南下參戰。
6月15日，豐田副武大將下達執行“阿”號作戰計劃的決戰令，並命令小澤治三郎海軍中將“進攻馬裏亞納群島海域之敵，殲滅美艦隊”。5分鍾後，豐田大將又發出另一封電報，重複了東鄉元帥在對馬海戰時所發出的名言：皇國興廢，在此一戰，我軍將士務須全力奮戰。
小澤不敢怠慢，火速率第1機動艦隊向馬裏亞納出擊，氣勢洶洶地殺向烽火連天的塞班島海麵。