運氣學說在子午流注中有著重大的開拓價值，盡管子午流注尚未充分引進運氣理論，但已展示了運氣理論在針灸學中的巨大潛能。如果針灸學一旦充分應用運氣理論為指導，則必將取得劃時代的進展。
第一節運氣在針灸學中的重大指導意義
針灸是中醫學中的瑰寶。具有獨特的治療效應。
運氣理論是《黃帝內經》的重要理論，針灸學家早已注意到了運氣理論對針灸學的重要指導意義。尤其子午流注和靈龜八法已借鑒了運氣的幹支紀時進行開穴。
子午流注和靈龜八法是針灸學運用運氣理論的重要成就，展示了針灸“生物鍾”寶貴內核，其中子午流注反映了運氣時間醫學的豐富內涵，而靈龜八法則把易理和運氣理論相結合。是運氣時空醫學的應用。
但子午流注和靈龜八法還沒有最大地展示運氣時空醫學的潛域，還有必要更進一步引進運氣理論，尤其必須和運氣氣化緊密結合，才能進入更高層次。盡管傳統的子午流注和靈龜八法已經應用了運氣的幹支紀時和五運理論，但實際推算開穴還停留在一般氣化常規，尚未和運氣多變的特殊的氣化規律相結合，因此還不能駕禦複雜的氣化規律。運氣理論在指導子午流注和靈龜八法的時空醫學運穴有著廣闊的前景，故進一步地把運氣理論引進針灸學是十分必要的。隨著子午流注靈龜八法研究的不斷深入。進一步和運氣理論相結合將是今後子午流注、靈龜八法研究的重要發展領域。
第二節子午流注及其推算規律
關於“子午流注”
子午流注是一種運用於支紀時原理在十二經五腧穴上按時開穴的針法。“子午流注”一法，針灸界已公認，最早見於金代何若愚撰，閻明廣注的《子午流注針經》中的《流注經絡井榮圖》。現在流行的子午流注針法是以明代徐鳳《針灸大全》為主的取穴法。即《徐氏子午流注逐日按時定穴訣》、《流注圖》，故又稱“徐氏納穴法”。
子午流注是針灸取穴中的高層次理論，以幹支推算經氣盛衰開闔規律指導取穴的理論。其理論基礎為根據“五十營”理論，認為人體經氣的循行與天周二十八宿相應。所謂：
五十營奈何?……天周二十八宿，宿三十六分，人氣行一周，幹八分。目行二十八宿，入經脈上下、左右、前後二十八脈。周身十六丈二尺，以應二十八宿。
特點：按經氣的盛衰流注進行開闔取穴。
為什麼命名為“子午流注”?
子午：分別是陰極陽極的標誌，子代表一日之內的於時（23～1時），一年的冬季（11月），午是一日之內的午時（11～1時）及一年的夏季（5月），子午又分別代表正北方及正南方。在氣機升降方麵，子時則氣升，午時則氣降，因此子午流注是陰陽、時辰及方位的兩極標誌。
流注：
流注的含義是指人體的經氣不停地呈現著子午陰陽的消長轉化，及子午氣機的升降浮沉盛衰規律。正如金·閻明廣《子午流窪針經》所畝：“流者，行也；注者，注也。……謂十二經絡備至本時，皆有虛實邪正之氣，注於所括之穴，所謂得時謂之開，失時凋之闔。”（引《指微論》）。
子午流注：
依據上述原理指導針灸開闔取穴的方法便稱為“子午流注”，即按子午經氣盛衰流注規律取穴的方法。
子午流注的基本內容：
於午流注包括“納甲法”及“納子法”兩大基本手法。
納甲法：是以天幹配合地支再結合陰陽五行及經氣值辰進行取穴的方法。
納子法：則僅以地支配合陰陽五行及經氣值辰取穴的方法。
二、子午流注納甲法推算規律
（一）以五腧穴配合陰陽五行
即以肘、膝以下的66穴和陰陽五行相配合，其中陽經六腧典36穴，陰經五腧共30穴。