日本政府向同盟國簽署投降書的先期準備工作，是由麥克阿瑟上將的司令部（設在馬尼拉），以同盟國最高司令官名義負責進行的。8月16日午前，麥克阿瑟通告日本政府命令日軍大本營：“立即派遣授與充分權限能就同盟國最高司令官所發指令進行磋商的使者到該司令官處”，“將具有以天皇、日本政府、大本營的名義實行投降條件所必需的各種要求的權限的代表，派遣到馬尼拉”。19日，參謀次長河邊虎四郎中將全權代表一行16人，於當晚到達馬尼拉。20日，河邊受領了麥克阿瑟有關進駐日本本土的文件、投降簽字後應予公布的天皇的詔敕、投降文件和盟軍最高司令官陸海軍一般命令第1號。由於8月22日夜，日本關東，25日本州西部和26日九州南部海麵連續有台風侵襲，盟軍原定進駐日本本土和投降簽字的日期，分別推遲48小時。
8月27日10時30分，美國海軍第3艦隊一部進泊相模灣。28日8時20分至11時許，美陸軍部隊150人乘飛機在厚木機場著陸。30日，美第6、第8軍，第3、第5艦隊等部，總兵力約40萬，先後陸續開始在東京附近和橫須賀、佐世保等地登陸，實施對日本的占領。麥克阿瑟於8月30日14時5分在厚木機場著陸。美軍對日本的占領，以8月28日美軍先遣部隊占領厚木機場為開端，到10月初占領整個日本的工作大致完成。為了掩飾單獨占領，美國要求同盟國派遣占領部隊。從1946年1月起，英聯邦派了少數部隊到廣島縣的吳市；中國榮二師先後被分派進駐東京和名古屋；蘇聯因不願意把自己的軍隊置於美軍司令官的指揮之下，未派出占領部隊。可見，所謂盟軍占領日本，實際上是美軍的單獨占領。
1945年9月2日9時，盟國在停泊於東京灣的美國戰列艦“密蘇裏”號上舉行了簽降儀式。首先，麥克阿瑟發表簡短宣言。他說：
“……以今天這個嚴肅的儀式為轉機，從過去的流血和蠻行中，奠定更美好的世界——建立在信賴和諒解之上的、能為人類的尊嚴和人類最理想的願望即自由寬容和正義的實現做出貢獻的世界——才是我最大的希望，也才是人類真正的希望。作為同盟國最高司令官在此聲明，我將在我所代表的各國的傳統之下，以正義和寬容來完成我的職責。同時，為了徹底、迅速而且忠實地遵守投降條件，將采取必要的措施。這是我堅定不移的決心”。
日本投降書分黑色封麵的日文本和金綠色封麵的英文本兩種，投降書長1.5尺，寬1尺，放置在鋪有青色台布的長桌上。9時4分，日本外相重光葵代表天皇和政府、陸軍參謀總長梅津美治郎代表帝國大本營在投降書上簽了字。9時零8分，麥克阿瑟以同盟國最高司令官的身份簽字。然後是接受投降的9個同盟國代表分別代表本國依次簽字：美國代表尼米茲海軍上將、中國代表徐永昌上將、英國代表希魯斯·弗雷澤海軍上將、蘇聯代表傑傑烈維揚庫中將、澳大利亞代表托馬斯·希拉梅將軍、加拿大代表穆爾·科斯格雷夫上將、法國代表雅西·勒克萊將軍、荷蘭代表赫爾弗裏克海軍中將、新西蘭代表倫納德·艾西特空軍中將。簽字結束後，數千架美式飛機越過“密蘇裏”號軍艦上空，慶祝這個具有偉大曆史意義的紀念時刻。
日本外相重光葵在停泊在東京灣的美國戰艦“密蘇裏”號上正式簽署投降書2日，日本天皇發布詔書，命令日本臣民“速停敵對行為，放下武器”，著實履行投降書之一切條款。同一天，日本首相東久還宮也向全國發表文告，要求日本國民“秉承天皇聖旨”、“正式投降唯有順從”。
至此，正式宣告了日本軍國主義的徹底失敗和世界反法西斯戰爭的最後勝利。9月3日被定為中國抗日戰爭勝利紀念日。
此後，各戰區分別舉行日本投降簽字儀式。在中國戰場，由於麥克阿瑟以遠東同盟國軍最高司令官名義，對日本政府和中國戰區的日軍下令，隻能向蔣介石國民黨政府投降，不得向中國共產黨領導的抗日武裝力量繳械。蔣介石利用中國戰區最高統帥的合法地位壟斷了受降權。
8月15日，蔣介石電令日本中國派遣軍總司令岡村寧茨：中國戰區所屬日軍應停止一切軍事行動，並派代表到玉山接受中國陸軍總司令何應欽之命令；軍事行動停止後，日軍可暫保有其武器及裝備，保持現有態勢，並維持所在地之秩序及交通；所有飛機及船艦應停留現地，但長江內船艦應集中在宜昌、沙市；不得破壞任何設備及物資；不得向任何非暫定受降部隊投降繳械、交出地區及物資；絕對不能將行政機關移交非指定之行政或代表等。何應欽受命於蔣介石的受降權限是：（1）處理在中國戰區內之全部敵軍投降事宜。（2）指導各戰區、各方麵軍、分區分批辦理一切接受敵軍投降的實施事宜。（3）對中國戰區之敵軍最高指揮官發表一切布告命令。（4）與中國戰區美軍人員合作辦理美軍占領區、盟軍聯合占領區交防接防敵軍投降後之處置等。隨即，何應欽下令凡中國戰區之日本陸海空軍及輔助部隊，“立即各就現在駐地及指定地點，靜待命令，凡非蔣委員長或本總司令所指定之部隊指揮官，日本陸海軍不得向其投降繳械，與接洽交出地區，及交出任何物資”。這就剝奪了中國共產黨領導的抗日武裝接受日軍投降的權利。