內河水師和外海水師都是清軍水師的重要組成部分。在相當長的時間內，外海水師實力比較強。在鎮壓太平軍水營的作戰過程中，內河水師卻極度膨脹起來，遠遠超過了外海水師。然而，龐大的內河水師盡管裝備了不少“洋槍”、“洋炮”，甚至還擁有了少量蒸汽動力的艦艇，但在總體上並未跳出舊式水師的窠臼。自英國發動鴉片戰爭以後，中國外患日深。特別是第二次鴉片戰爭中，英法侵略軍從海上入侵中國，竟一舉攻進了北京城，焚掠了圓明園，使舉世震驚！海防事宜引起了朝野的注重，外海水師從此得以優先發展。
在反侵略戰爭中，舊式水師根本無法在海上同敵海軍艦隊對抗，致使入侵者的軍艦在中國海域橫行無阻，任意地攻擊中國沿海各地。這一慘痛的事實給了中國人深刻的教訓，促進了海防的建設。在洋務運動中，部分外海水師購置了越來越多的蒸汽艦艇（70年代後，還引進了鋼鐵外殼的艦艇）和新式火炮，其裝備和軍港設備也有了改善。特別是培養了一批受到過海軍專業訓練、具有較高文化和技術水平的軍官和水兵，部隊的組織編製和作戰指揮體係都發生了根本的變化。因此，這部分外海水師就逐漸演變成近代海軍，走到了中國軍隊近代化的最前列，成為保衛海防的主力。其他的外海水師和全部內河水師卻發展緩慢，在保衛海防中的作用和地位日趨下降，最終走向衰亡。
近代海軍的興起
早在第一次鴉片戰爭時，林則徐、魏源等有遠見的中國人就提出改造水師的建議，並開始了初步實踐，這是中國近代海軍創建的先聲。
第二次鴉片戰爭後，海防危機日益嚴重。盡管當時在鎮壓太平軍的過程中，建立了實力很強的湘、淮軍水師，但這兩支水師僅適應內河作戰，難以保衛海防。於是，清政府中一些重要人物提出了大力發展海軍的設想。
左宗棠指出：“欲防海之害而收其利，非整理水師不可；欲整理水師，非設局監造輪船不可。”（《左文襄公全集·奏稿》卷三）這裏所說的輪船主要是指蒸汽動力的艦艇。丁日昌進一步指出：“外海水師，以火輪船為第一利器，尤以大兵輪船為第一利器。”（丁日昌：《海洋水師章程》）周家楣則建議“就外海水師及各營洋槍隊中，挑選精壯曾經戰陣之兵勇，另立海軍，以一萬二千五百人為率，簡派知兵大員帥之……”（周家楣：《擬奏海防函宜切籌武備必求實際疏》）這是組建獨立海軍的最早呼聲。
這些見識，成為創建中國近代海軍的思想基礎。在洋務運動中，近代海軍應運而生了。
中國近代海軍是在舊式水師的基礎之上開始籌建的。最初是在第一次鴉片戰爭爆發後，廣東水師已開始注意購買和自製一些新式艦艇和火炮。太平天國運動期間，清軍各水師購買了大批“洋炮”和一些蒸汽艦艇，以加強作戰能力。
在此之後，清政府批準建立了江南製造總局、福州船政局等近代造船廠，自行建造蒸汽動力艦艇。自同治七年（1868年）江南製造總局造出第一艘蒸汽動力軍艦“恬吉”號（後改“惠吉”號）起，到辛亥革命止，各造船廠製造的艦艇和輪船達100多艘。此外，清政府還先後向英國、德國、美國、日本購買了80多艘艦艇，創辦了福州船政學堂、天津北洋水師學堂、黃埔廣東水師學堂、南京江南水師學堂等一批近代海軍學校，培養了許多傑出的海軍人才。
經過各方麵的籌備，到19世紀80年代初期，在中國北洋（黃海和渤海）、南洋（此處僅指福建以外的東海）、福建和廣東沿海地區分別形成了4支近代海上力量。近代海軍以擁有蒸汽動力的鋼鐵艦艇為主要標誌，在火炮和其他武器裝備（如魚雷、水雷）等方麵都應有長足的發展。近代海軍是科技密集的軍種，它需要有統一的指揮和嚴密的組織體係，以保證協同作戰的成功。為了使艦隊進行作戰，近代海軍還需要良好的通訊聯絡和充分的後勤保障。更為重要的是，近代海軍必須拋棄舊式水師分守海口和近海巡邏的單純防禦思想，明確樹立起努力爭取製海權的積極進攻思想。戰略指導思想的轉變，是舊式水師向近代海軍的根本轉變。從中國近代海軍的實踐來看，物質和思想的轉變過程都是相當曲折的，海軍發展異常艱難。
北洋海軍起步最晚，但發展得最快。這是因為在清政府中掌握重權的李鴻章把北洋海軍視為手中的一張王牌，在人力、物力、財力等方麵給予大力支持。光緒十四年（1888年），清政府頒布了《北洋海軍章程》。北洋海軍成為當時惟一的經製海軍，擁有包括2艘鐵甲艦、7艘巡洋艦在內的25艘艦船組成的艦隊，具備了較強的海上作戰能力，改變了自第一次鴉片戰爭以後中國軍隊幾乎不能出海作戰的被動局麵。
南洋各地舊式水師力量較強，籌建近代海軍時間也較長，但經費沒有保障，發展很慢，一直沒有購置鐵甲艦作為中堅，也未被清政府列為經製海軍。所以，從嚴格意義上說，南洋的3支“海軍”（南洋海軍、福建海軍、廣東海軍）隻是向近代海軍轉化過程中的3支外海水師，或者是“準近代海軍”，在艦艇、武器、裝備、岸勤、編製等方麵離近代海軍的標準均有不小的差距。
清朝晚年，清中央政府先後建立過3個統率全國近代海軍和舊式水師的軍事機構，這是中國曆史上從未有過的，標誌著中國的海軍和水師從此成為獨立的軍種。
第一個建立的是海防股。光緒九年（1883年），總理各國事務衙門內增設了一個海防股，其職責是：“掌南北海防之事。凡長江水師、沿海炮台船廠，購製輪船槍炮彈藥，製造機器電線鐵路，及各省礦務皆隸焉。”（《光緒會典》卷一百）把那麼多的事都交給僅有10人左右的海防股去辦，顯然是力不勝任的。
光緒十一年（1885年），在中法戰爭中暴露出各地海軍各自為戰、不能統一對敵的弊病，促使清政府將海防股擴大成獨立的總理海軍事務衙門。光緒帝的生父、醇親王奕譞擔任了總理海軍事務大臣，但實際主持海軍事務的還是會辦海軍大臣李鴻章。海軍衙門下設海疆、款項、船政、器械4個股，共有30多名官員，其職責是：“所有沿海水師，悉歸節製調遣。”“統籌全局擬請先從北洋精練水師一支以為之倡，此外分年次第興辦。”（《清實錄·德宗》）
事實上，總理海軍事務衙門並未擔負起統一領導全國海軍和舊式水師的責任，而隻是成了一個主要為北洋海軍籌款購艦和審批進口海防軍火、器材的機構。尤其令人憤慨的是，海軍衙門利用職權，挪用海軍經費為西太後修建“三海”（北京的北海、中海、南海）和頤和園，嚴重阻滯了中國海軍的發展進程。
在甲午戰爭中，中國海軍損傷慘重，北洋海軍全軍覆滅。清政府隨即撤銷了海軍衙門和北洋海軍的編製。因此，在以後10餘年內，中國軍隊的編製序列中，隻有各地水師，而無海軍。直到宣統二年（1910年），清政府才重新設立海軍統率機構——海軍部，恢複了海軍編製。海軍部不僅指揮海軍的巡洋、長江艦隊及其他部隊，還兼管各省的水師。
清軍水師的裁撤和變革
隨著近代海軍的發展和太平軍、撚軍被鎮壓，清軍水師的作用就日益下降了。在內外交困的形勢之下，清政府被迫采取了一些措施，對各地八旗水師和綠營水師進行了大規模的裁撤和改革。當時，促成清政府決定裁撤和改革水師的主要原因有以下4點：
①由於在江河流域活動的大規模農民起義軍已經失敗，在短時期內不可能再次興起，沒有必要再維持龐大的舊式水師了。
②從兩次鴉片戰爭中的多次水戰來看，舊式水師的戰船和武器裝備過於落後，在一般情況下無法抵抗海上入侵者的堅船利炮，保衛中國的海防。
③清政府本來財政收入就不足，對英、法等國的賠款和進行內外戰爭消耗的巨額軍費更是壓得清政府喘不過氣來。要發展近代海軍取代舊式水師，隻有從裁撤水師上打主意。浙江巡撫梅啟照就用裁去10艘水師廣艇省下的年餉5.5萬兩供給“超武”號軍艦。他主張：“除多槳可行逆風者暫留少半，餘皆一律裁改。”