然而，1798年遠征埃及本身是一個大失敗。拿破侖的艦隊在尼羅河之戰中被英國的海軍上將納爾遜完全摧毀，海軍主帥布呂埃斯戰死，陸軍部隊被困在埃及，拿破侖打掉斯芬克斯鼻子的事情也是在這裏發生的。1799年回國時，400艘的軍艦隻剩下2隻小艦，原本侵略印度的計劃受阻，人員損失慘重，麵對這樣的情形，幸運之神把頭轉向了拿破侖。他從一張法國過期的報紙上得知了法國國內緊張的形勢和嚴峻的外部壓力，感到時機成熟的拿破侖丟下了自己的軍隊，秘密回國，作為一名軍事統帥，這是很難讓人理解的，但作為一名有著敏銳洞察力的政治家，拿破侖做出了一個最為正確的抉擇。
此時歐洲反法聯盟逐漸形成，而法蘭西共和國國內保皇派勢力則漸漸上升。1799年8月，拿破侖趕回巴黎。1799年10月，回到法蘭西共和國的拿破侖被當做“英雄”來歡迎。11月9日，拿破侖發動了霧月政變並獲得成功，成為法蘭西共和國第一執政者，實際為獨裁者。
麵對緊張的國內形勢和嚴峻的外部壓力，拿破侖進行了多項涉及政治、教育、司法、行政、立法和經濟方麵的重大改革，其中最著名並且直到今天依然有重要影響的《拿破侖法典》。其中很多條款，拿破侖本人親自參加討論並最終製定，法典基本上采納了法蘭西共和國大革命初期提出的比較理性的原則。法典在1804年正式實施，法國大革命的成果從法律上得以穩固，即使是在一個多世紀後依然是法蘭西共和國的現行法律。拿破侖在編寫回憶錄時曾說過：“我的偉大不在於我曾經的勝利，滑鐵盧一戰已使它隨風而去。我的偉大在於我的法典，它將永遠庇護法蘭西的人民享受自由。”法典對德國、西班牙和意大利等國的立法都起到重要影響。在政變結束後三周拿破侖向人民發布的公告中，他自豪地宣稱：“公民們，大革命已經回到它當初借以發端的原則。大革命已經結束。”
加冕稱帝
1802年8月，拿破侖修改共和八年憲法，改為終生執政。1804年5月18日，《共和十二年憲法》頒布，宣布法蘭西共和國為法蘭西帝國，拿破侖為帝國皇帝，稱拿破侖一世。這就是曆史上的法蘭西第一帝國。12月2日，拿破侖加冕他並不是由教皇庇護七世加冕的，而是自己將皇冠戴到了頭上，然後還把妻子約瑟芬·博阿爾內加冕為皇後。1805年5月26日，他又在意大利由教皇加冕為意大利國王。
1805年8月，奧地利、英國和俄國組成了第三次反法同盟，拿破侖於是在9月24日離開巴黎，親自揮軍東進，到10月12日法軍已經占領了慕尼黑。10月17日法蘭西帝國和奧地利帝國在烏爾姆激戰後，反法同盟投降。12月2日法蘭西帝國又取得了奧斯特裏茨戰役的勝利，反法同盟再度瓦解，並且迫使神聖羅馬帝國解散。拿破侖隨後聯合了德國境內各諸侯國組成“萊茵邦聯”，把它置於自己的保護之下。次年秋天，英國、俄國和普魯士組成了第四次反法同盟，但是10月14日拿破侖和法國元帥達武分別同時在耶拿和奧爾斯塔特擊潰敵軍，普魯士的軍隊幾乎全軍覆沒，拿破侖因此取得了德國大部分地區。1807年6月法軍又在波蘭大敗俄國軍隊，拿破侖與俄國沙皇亞曆山大一世會麵，雙方簽訂了和平條約。在此前一年拿破侖頒布了《柏林赦令》，宣布大陸封鎖政策，禁止歐洲大陸與英倫的任何貿易往來。自此，法蘭西帝國在歐洲大陸的霸主地位得到了確立。拿破侖一世兼任意大利國王、萊茵邦聯的保護者、瑞士聯邦的仲裁者，並分別封他的兄弟約瑟夫、路易、熱羅姆為那不勒斯、荷蘭以及威斯特伐利亞國王。
東征西戰
1807年末西班牙爆發內部動亂，西班牙國王遭到人民的唾棄。拿破侖乘機入侵了西班牙，並讓其長兄約瑟夫·波拿巴成為西班牙國王。但是這個舉動遭到了西班牙人的反對，拿破侖根本無法平息當地的暴動。大不列顛及北愛爾蘭聯合王國在1808年介入西班牙爭端，英軍8月8日登陸蒙得戈灣，8月30日占領了整個葡萄牙。之後英軍在當地民族主義者的支持下，逐步將法軍趕出了伊比利亞半島。法國入侵西班牙對拿破侖的政治生涯產生了揮之不去的陰影，在這次戰爭中，法國幾乎沒有獲得任何好處，相反卻大量地損兵折將。
正當拿破侖陷入西班牙泥潭之際，1809年初第五次反法同盟組成。奧地利帝國在背後偷襲法國在德國的領土，拿破侖被迫退出西班牙，率軍東征。奧地利帝國軍隊雖然一開始取得優勢，但是拿破侖很快就轉敗為勝，迫使奧地利帝國簽訂維也納和約，再次割讓土地。次年，拿破侖娶奧地利帝國公主瑪麗·路易莎為妻，法奧結成同盟。