斯大林對德軍主突方向判斷失誤對西方麵軍的失利也密切相關。
戰前，斯大林認為，德軍未來對蘇作戰的主要突擊方向將在西南方向，因為在他看來，蘇德戰爭將是一場長期的大規模戰爭。
斯大林在與朱可夫談及蘇德戰爭時多次說：“德國是一個缺乏資源的國家，他們如果沒有烏克蘭的石油等資源，德國法西斯是不可能進行長期的、大規模戰爭的。”
斯大林的這一分析從戰略的角度看是有道理的，但是他沒有充分估計到希特勒為了避免戰爭長期化，而采取“閃擊戰”戰略。希特勒的企圖是以己之長，擊蘇之短，化不利因素為有利因素，速戰速決。當然，從客觀上看，還有兩個不容忽視的原因。一是斯大林曾是蘇聯國內戰爭時南方麵軍和西南方麵軍的軍事委員會委員，對糧食和煤對蘇維埃共和國的重要性有著特殊的感情。二是在斯大林智囊團的構成中，基輔特別軍區的比重很大。在戰爭前夕，在總參謀部的主要職位上大部分是從基輔特別軍區提拔上來的，如鐵木辛哥、朱可夫、瓦圖京，他們與斯大林一樣“在某種程度上都認為西南方向是首要的”。而事實上，德國陸軍認為，“向莫斯科總方向進攻，成功的機會最大”，因為一旦德軍在西方向的首次突擊成功，蘇軍必將集中主力於該方向以保衛莫斯科。這樣可以置烏克蘭的蘇軍於不利地位。
由於錯誤地認為德軍的主突方向將在西南方向，蘇聯製定作戰計劃時，很自然地把西南方向作為蘇軍防禦的重點。蘇軍在這裏部署了90個師共86萬人，占西部邊境各軍區總兵力的47％，其結果是，蘇聯的西方麵軍不得不抗擊幾倍於己的德軍的突擊，從而陷入極為不利的地位，而到蘇軍察覺時，又不得不把早先集中在烏克蘭和後來調往那裏的第19集團軍全部、第16集團軍的大部轉移到西部方向，編入西方麵軍，從行進間進入交戰。在戰爭初期，蘇軍的許多部隊就這樣不是在與德軍作戰，而是在忙於調整部署，這大大削弱了這些部隊的戰鬥力，喪失了殲敵的良機。
肅反擴大化給人們內心造成的影響具有很強的慣性力，是蘇聯不能扭轉錯誤政策的重要因素。
雖然到1938年秋，肅反擴大化有所收斂，一部分被捕的指揮員被放了出來，而且重新擔任了領導職務。但是，即使到1940年和1941年，懷疑、告發之風仍十分盛行。戰前不久，塔斯社公布了一則備忘錄，對那些聽信所謂德國對蘇聯懷有敵意的謠言的人又指責，又威脅，紅軍空軍司令員雷恰戈夫、空軍總監穆什克維奇和防空司令員什捷爾尼都是在那時被捕和被殺的，到戰爭爆發，副國防人民委員基·阿·梅列茨科夫還遭到逮捕。蘇德戰爭爆發前的這種氣氛是致命的。人們謹小慎微，怕負責任，留有後手。沒有人敢與斯大林分庭抗禮，特別是在判明德軍入侵、德軍主要突擊方向和未來作戰特點等事關全局的問題上，人們或是唯命是從，或是規避卸責。從大量的材料看，鐵木辛哥、朱可夫等一批造詣很深的行家，通過分析大量的情報，對蘇軍所麵臨的大規模的突然襲擊的嚴重威脅，以及未來作戰樣式是有一些正確判斷的。但是他們無法向斯大林說明這一點，也無權采取應有的措施防止這種危險造成危害。1941年6月13日，鐵木辛哥與朱可夫打電話給斯大林，要求批準下令邊境軍區部隊進入戰鬥準備，並根據掩護計劃展開第一梯隊，斯大林一句“不能完全相信偵察”就把一切都擋回去了。讓人壓抑的氛圍是無形的，這對初戰的失利也不無關係。
列寧格勒守衛戰
德軍閃擊得手後，開始向基輔、斯摩棱斯克和列寧格勒3個方向發展全麵進攻。德軍統帥部一派樂觀氣氛，德軍陸軍總參謀長哈爾德大將興致勃勃地對自己的部屬說：“殲滅西德維納河與第聶伯河前方蘇軍主力的任務已經完成，蘇軍的164個步兵兵團，已經有89個被我們殲滅了，隻有46個還有一定的戰鬥力，18個部署在芬蘭等次要的戰場上，有11個雖然情況不明，但不會對我軍構成多大威脅，我們可以保守地說，14天內我們就能取得決定性的勝利。”
希特勒也按捺不住自己興奮的心情，他斷言：“蘇聯已失去了這場戰爭。”