1947年發生了北塔山事件。騎五軍進入新疆時，新疆哈薩克族烏斯滿（此人解放後搞武裝叛亂，被鎮壓）擁有部分武力，馬步芳認為此人是可利用的一顆棋子，即給了支持，一次即令馬呈祥撥給槍200支、彈藥數十箱。時烏斯滿在富蘊、青河、北塔山一帶活動；與伊、塔、阿人民起義武裝相對立。1947年4月，烏斯滿退駐北塔山附近，6月，令馬呈祥部騎兵十四團的馬希珍連，由奇台駐防北塔山。北塔山北與蒙古人民共和國接壤，馬希珍在北塔山最高峰的阿裏洞窩托山、恰裏台、胡交爾台一帶修築陣地4處。蒙古邊防軍代表2人無理要求馬希珍連撤退。馬以北塔山是我國領土，軍人守土有責，嚴詞拒絕。6月5日晨，蒙古約一個混合營，突然向馬希珍據點襲擊，11日並有飛機5架配合對我轟炸。馬希珍連毫不退讓，奮起抵抗，戰爭甚為激烈，蒙古軍死20餘人，我軍傷亡10餘人。馬連捍衛國土意誌堅決，繼續加固工事。6月15日，蒙方派員交涉，要求馬連撤退。馬希珍電馬呈祥轉馬步芳請示，馬步芳電令馬呈祥進攻，並向中央告捷。當時國內一些報紙，宣傳馬希珍“是一個勇敢善戰的將軍”。南京外交部於6月7日至10日之間，多次電詢事件情況。馬步芳則大事張揚，令青海省政府駐京辦事處，在京、滬多次舉行記者招待會，介紹戰況。並派劉呈德和高文遠先後到北塔山慰勞戰士。馬呈祥也率全軍副團長以上軍官，到北塔山視察和布置。7月間，馬呈祥與美國駐迪化領事館秘書馬克南聯絡，馬克南也到北塔山戰地活動。馬呈祥又將俘獲的蒙古國防軍十七八人和一些武器，解交新疆警備司令部，把所獲蘇式槍支航運南京。馬步芳複令韓有文到奇台，召開軍民聯歡大會，慶祝北塔山的勝利。馬希珍連在北塔山捍衛國土，擊退入侵者，流血犧牲，毫無畏懼，功勞不可磨滅。馬步芳積極支持，也是對的，但借機擴大其在新疆、在全國的影響，則是另一回事。且騎五軍在新疆以及北塔山之戰的直接指揮者，是以宋希濂為總司令的新疆警備司令部。宋在新中國建立後所著的《鷹犬將軍》一書中，對此事件有較詳細的記述，讀者可以參閱。
1947年7月中下旬，還爆發了吐魯番、托克遜、鄯善三縣起義事件。原來，馬呈祥騎五軍進入新疆後，以其騎五師駐吐魯番和托克遜，與駐鄯善的國民黨七十八軍一七六師田子梅部聯防。三縣群眾本已不堪中央軍及馬家軍的騷擾，在伊寧、塔城、阿山三區起義的鼓舞下，於7月8日首先在吐魯番三堡勝金口發難，鄯善、托克遜兩縣群眾紛紛響應。宋希濂調騎五軍的冶長壽騎兵團增援勝金口。起義群眾在中央軍、馬家軍夾擊下，終於同月下旬失敗。冶長壽縱兵劫殺，一些群眾無辜遇害，有些避難於坎兒井內的，也未能幸免。此後，新疆警備總司令部行動組組長李鴻運率特務分子，到三縣搜查，由此死難和失蹤的達百人。後又組織宣慰團“安撫”群眾。次年2月又將冶長壽團調往迪化，由騎五師韓雲鵬團接替，並責成韓極力聯絡當地維族中上層人士，緩和矛盾，以維持社會的安定。
3．勾結外人
馬步芳家族與外籍人的勾結，以及放縱出賣權益行為，擇要舉以下數事。
1910年成立西寧天主堂，後有德籍神父夏思德與馬家過從甚密。夏思德送給馬麒、馬麟、馬步芳手槍、軍刀、電爐、收音機、發電機、鋼絲床、西餐灶具等“洋貨”不少，並為監製大量葡萄酒。夏思德出入官府，甚有勢力，有些不法之徒，以入教為得勢，橫行鄉裏，教堂成為藏汙納垢之所。馬步芳發給夏恩德護照，有時指令各縣派警衛人員保護，儼然為一行政官員。夏思德則助紂為虐，1936年馬步芳河西阻擊紅軍時，夏思德積極聯絡神父、牧師參加活動，號召教徒禮拜，為馬部之勝利祈禱，捐獻現金、什物勞軍，並派神父在西寧傷兵醫院任醫師，派修女當護士。
1925年4月，美國哈佛大學動植物調查采集隊及美國地理學會調查團洛克一行6人，來青海調查。馬麒命令循化軍警保護，並征派牧民馱牛30頭，為之運送食物和用具。洛克深入積石山，拍攝照片，勘繪地圖，歸國後提出黃河上遊探險報告及《羌海探險記》。
1934年10月，德籍神父費西拉到青海，在西寧天主堂以“國際考察團”名義，繪製地圖，把青海西南部、新疆南部、四川西部，均劃入西藏地方政府勢力範圍之內，統稱之為前藏、後藏和內藏，與英帝在1913年西姆拉會議上提出的議案相合，為英帝侵我領土張目。