馬仲英退出銀川城，北駐黃渠橋。吉鴻昌率部入城，門致中也趕到。馮玉祥升吉鴻昌為三十軍軍長。旋以門致中“另有任用”，由吉鴻昌代理寧夏省政府主席。吉除了重新編製部隊、部署防務，還召開全省回漢代表大會，消除民族間的隔閡。
馬仲英在黃渠橋，收編了楊自福（楊老二）部，所屬原有五個旅，加上馬廷賢的韓進祿、馬從良兩個旅，共有八個旅，步、騎合計六七千人。時馬廷勷的參謀長馬培清銜蔣介石的北平行轅主任何成濬之命，來到黃渠橋，協助馬仲英反國民軍。其時，馬仲英及其部屬正欲二次攻銀川。馬培清後來回憶當時情況寫道：
我們一行到黃渠橋，馬仲英興高采烈地來迎我們。馬仲英已長大成人，大非我十年前所見之“索非有”（馬仲英經名）矣。他一派矯健粗豪之氣，見麵就高聲說“呼達！這一下好了，我們有了後靠了，再去打寧夏吧！”他的左右，全是二十上下的年輕小夥子，如鷹似隼，顧盼自雄，有一種說不出來的剽悍勁兒。我過了多年的軍隊生活，還從沒見過這樣一群雄赳赳的硬漢子。他們把打仗視同兒戲，馬仲英一說再去打寧夏，就立刻激動起來，齊聲叫好。好像攻取寧夏易如反掌。
於是，先向駐平羅的蘇雨生部商洽，約定互不侵犯，取得通道，決定再攻銀川，具體部署是：以馬培清為總指揮，韓進祿部攻東城，楊自福部攻北城，馬仲英親率主力攻城西北，以馬謙、馬從良部為預備隊。出發前還舉行宗教儀式：
全體官兵集聚在黃渠橋的兩個禮拜寺中念“討白”（伊斯蘭教徒臨死時祈求歸於真主的禱詞）。……齊聲高呼，聲聞於天，悲壯激烈，觸目驚心。與此同時，他們又把自己所有的衣物用品，盡數歸於禮拜寺中，室內室外，堆集如山，表示此身已無衣物，一心一意隻為宗教、為民族而死。
5月28日戰爭開始。上午10點，寧夏城陷入一片火海之中。馬仲英一到西北城，就架起雲梯撲城，一連多次，都被國民軍打了下來。國民軍為解除撲城威脅，一部從西門衝出，與馬部展開肉搏，被馬部趕回去。如此反複三次。國民軍都是訓練有素的官兵，馬仲英所率為其衝鋒陷陣的精銳，堪稱棋逢對手，各不相讓，一時人頭滾落，血肉橫飛，目擊者稱之為“最瘋狂的戰鬥”。與此同時，馬培清下令各路加緊進攻，楊自福部兩次攻入北關，都被國民軍擊退。國民軍鄭大章部騎兵乘勢攻占北塔，馬培清親率隨從數十人上陣爭奪。後國民軍第4次從西門衝出，雙方正激戰間，國民軍馮安邦部自新城掩至，兩下夾擊，馬仲英不支，隻好撤退，損失很大，傷亡600餘人，他賴以衝鋒陷陣的奮勇隊300餘人幾無一生還，毛毛師長（即馬儀）戰死，“二司令”馬仲傑也帶了傷。國民軍傷亡也大，事後在陣亡將士紀念碑上列名的，就在700人以上。
馬仲英當日退到李剛堡，次日回到黃渠橋，謀後退之路，與閻錫山聯係，閻答以“可駐寧夏境內，不得進入綏遠”。此時，馬廷勷已到北平，9月，蔣介石任馬廷勷為討逆軍第十五路總指揮，在北平豐盛胡同設立總指揮部。任馬廷賢為第一縱隊司令，馬仲英為第二縱隊司令。馬仲英以自己屈居“二馬”之後，對此任命不滿。旋將部隊從黃渠橋撤至後套，駐在磴口縣屬大灘、三盛公一帶。
馬仲英經包頭到北平。馬廷勷總指揮部政治處主任定喜臣以馬廷勷平庸無能，久懷輕視之心。此時一見馬仲英年輕有為，乃乘機拉攏挑撥，使馬仲英與馬廷勷日漸疏遠，終至互不見麵。在馬廷勷催造人馬槍支統計表時，定喜臣給馬仲英出主意，馬仲英部編列兩個步兵師、兩個騎兵師並一個炮兵團，馬廷賢部也編列三個師，實際馬仲英僅有3000多人，馬廷賢還不到3000人，無法上報。正擬重新編造時，忽奉蔣介石命令，討逆軍第十五路總指揮部撤銷，馬廷勷調為總司令部上將參議。但馬仲英等如何安排，沒有下文。馬仲英進退兩難，即派馬福堂（馬鴻賓部團長，時在北平）為代表，前往徐州，與蔣介石的第十一軍軍長馬鴻逵聯絡，另謀出路。後經馬福祥出麵向蔣介石活動，同意將馬仲英部調往徐州，歸馬鴻逵收編。馬鴻逵派馬如龍等來到北平，與馬仲英接洽。馬仲英即回到後套，向部屬傳達此一決定，部屬尚無異言。年底，馬仲英率部由大灘出發，前往包頭，準備搭火車南下徐州。行抵頭道橋時，部隊突然變卦，轉身回走，馬仲英製止不住，隻有100多人隨他到了包頭。路經大同時，又被閻錫山部騎兵司令趙承綬扣留1個月，經馬福祥交涉，才放出來，到了北平。一個曾經統率數萬大兵攻城略地、叱吒風雲的“尕司令”，此時遂成光杆。
此後，馬仲英部被吉鴻昌改編為3個騎兵旅，馬謙為第一旅旅長，駐中衛縣；韓進祿為第二旅旅長，駐靈武縣；馬為良為第三旅旅長，駐金積縣。不久，蔣、馮、閻中原大戰爆發，馮部劉鬱芬、孫連仲、吉鴻昌等率部離開甘、寧、青東下，寧夏隻有蘇雨生和馬謙部隊。