接著，斯普魯恩斯奉命將攻擊目標指向作為日本內防禦圈戰略要點的馬裏亞納群島。參戰美軍為第5艦隊的4支特混艦隊（轄包括15艘航空母艦在內的600餘艘艦船）和兩棲登陸部隊的4個師又1個旅，共13萬餘人。6月15日，美軍依靠艦載機的火力掩護和支援在塞班島登陸，守島日軍殊死抵抗。在得知日本聯合艦隊前來對抗的情報後，斯普魯恩斯決定取消關島登陸而加速攻占塞班島，並作好迎戰艦隊的準備。19日，雙方艦載機展開激戰，美軍潛艇趁敵不備，擊沉2艘航空母艦。從19日夜到20日上午，美方因缺乏空中搜索而失去最佳進攻機會。20日下午，美軍損失80餘架飛機而擊沉敵1艘航空母艦和2艘油船，擊傷6艘航空母艦及其中他戰艦。日本艦隊倉皇撤退。7月6日塞班島日軍高級將領自殺。次日，發起自殺性反攻的3000名日軍全部被殲，塞班島被攻克。其他諸島亦隨後陷落。馬裏亞納群島的失守導致東條內閣的垮台。此役使日本的艦載機飛行員損失殆盡，日本航空母艦艦隊的戰鬥力嚴重受損，西太平洋的製海權完全轉歸美軍。
此後，斯普魯恩斯建議攻占硫磺島和衝繩島，以硫磺島的機場作為空襲日本本土的Ｂ-29轟炸機的應急降落場和護航戰鬥機的前進基地，得到了上級的批準。參戰美軍擁有約600艘艦船，共22萬人。1945年2月17日，斯普魯恩斯下令進行兩天的火力準備。19日起，登陸作戰的美軍因日軍憑借堅固工事抵抗而傷亡慘重。美軍後來在坦克支援下大量使用噴火器、火箭筒，使戰事獲得重大進展。3月16日，硫磺島戰役結束，美軍以傷亡2.8萬餘人、損失33艘艦艇、168架飛機的代價全殲守敵2.3萬人。斯普魯恩斯從中總結出奪取港口或在登陸地域建立浮動設施和合理組織物資裝備的運輸是登陸作戰中絕對不可疏忽的問題。
日軍在衝繩島有10萬人、250架飛機，在周圍海區設有數十個雷區和防艇障礙區，在附近島嶼集結有500架神風攻擊飛機。盟軍參戰部隊有7支美國特混艦隊和1支英國特混艦隊，共45萬餘人、1457艘艦船（36艘航空母艦、2108架艦載機）。3月27日，美軍攻占衝繩島西部的慶良間群島作為海軍前進基地。4月1日，在火力準備之後，美軍登陸成功，建立起寬大登陸場。4月5日，日軍開始強烈抵抗。6月，日本神風攻擊機和轟炸機擊沉美軍16艘艦船。7日，美軍飛機擊沉“大和”號戰列艦。神風攻擊機使美國警戒雷達艦損失慘重，美軍飛行員的減員愈益增多。島上美軍進攻日軍第一道防線受挫，激戰10天而無法突破。4月19日，美軍再次進攻，於24日突破日軍防線。5月8日，美軍進攻日軍第2道防線，直到21日方才奏效。近兩個月的連續作戰，使第5艦隊指揮官們的體力和精力消耗殆盡。尼米茲被迫調換全部高級指揮官。斯普魯恩斯由哈爾西接替，第5艦隊改稱第3艦隊。6月22日，戰役結束，10萬守軍全部被殲。
1945年9月，斯普魯恩斯奉命指揮駐日本的全部海軍。11月，升任太平洋艦隊總司令兼太平洋戰區最高司令。1946年3月，出任美國海軍軍事學院院長，進行教學改革，強調戰略、戰術和後勤之間的相互依賴關係。
1948年7月，退出現役。1952～1955年出任美國駐菲律賓大使。
1969年12月13日，戰時榮獲3枚優異服務勳章、被尼米茲稱為“海軍上將中的上將”的斯普魯恩斯去世。