1940年12月13日，希特勒簽署了元首第20號指令。在指令中，他說明了德國準備進攻希臘（稱“馬麗他”作戰計劃）的作戰要點。我們在這裏提起它，隻是因為它所強調的思想後來導致了對克裏特島的進攻。
這項指令一開始便指出，阿爾巴尼亞的日趨危險的局勢使我們感到采取這一措施加倍重要，即應當阻止英國以巴爾幹戰線為掩護在那裏建立空軍基地。因為這些基地一旦建成就會威脅意大利，威脅羅馬尼亞油田。德國進攻的首要目標是愛琴海沿岸地區和薩洛尼卡盆地。然而，也可能有必要經由拉裏薩與科林思地峽發動進攻，進而占領整個希臘。德國空軍的具體任務是“盡可能使用傘降和機降著陸奪取在希臘沿海諸島上的英軍基地”。
在進攻的目的全部達到之後，參戰部隊將撤退，“另有他用”。這一耐人尋味的措辭表明，這些作戰行動與計劃中的對蘇作戰具有直接聯係。事實上，5天後，即12月18日，希特勒簽署了元首第21號指令——“巴巴羅薩”對蘇作戰計劃。
考慮到氣候有利，原來計劃於1941年3月進攻希臘。但是，進攻發起時間推遲了，首先是由於正在與保加利亞進行外交談判，因為要到達希臘必須假道保加利亞；再者是由於南斯拉夫在3月26日至27日發生了政治動亂；最後是因為德軍到4月6日才能開動，而且時間緊迫隻能匆忙部署。要做好這些工作，時間又沒有。因為對蘇作戰即將開始，而且作戰計劃已經堅定不移地執行了。但是，即便如此，還是不得不改變1941年5月15日進攻蘇聯的原訂日期。新的進攻日期定在4周之後。
直到3月末，以空降作戰奪取希臘沿海諸島（即“馬麗他”作戰計劃的一部分）的建議才進而變成占領利姆諾斯島的實際措施。攻占基克拉季斯群島隻能在占領雅典周圍地區之後。因為那裏的地形對實施進攻非常困難。
1941年3月26日，作為準備的一項內容，德國空軍命令聚斯曼特遣隊與第7空軍師的師部一同開往保加利亞。由聚斯曼中將指揮的特遣隊包括第2加強傘兵團以及炮兵、高射炮兵、工兵和通信部隊。這兩支部隊在保加利亞的任務是在第八空軍的指揮下負責執行空降作戰。
但是，駐保德國空軍還需要支援越過希保邊境向希臘軍隊與英國遠征軍發動強大的進攻的作戰行動，這意味著它將無力實施傘降與空降登陸作戰。結果這一行動隻好推遲實施。
戰爭的進展使德國傘兵部隊不必再去奪取利姆諾斯島，但在1941年4月26日，第2傘兵團卻攜帶重裝備在科林思地峽空投成功。科林思運河上的橋梁被敵方的一顆炮彈碰巧起爆了炸藥而炸毀。但德軍很快又架起了一座急造橋。傘兵們俘獲了900名英軍和1450名希軍，其中軍官21名。己方僅死亡63人，傷158人，失蹤16人。
這次軍事行動打開了伯羅奔尼撒半島的大門，加速了克裏特島之戰的進程，並保衛了康斯坦薩-博斯普魯斯—科林思這條軸心國重要的海上通道，此外便是引人注目地使用了傘兵部隊。這次使用傘兵的經驗加上先前在荷蘭、比利時的經驗，也就指明了如何使用傘兵的指導原則。
在同希臘作戰進行之際，德第11空軍司令施圖登特曾於4月20日親自向戈林作過報告。還可以肯定的是，就在第2天，進而呈報希特勒後，“水星”作戰計劃終於決定，即從空中奪取克裏特島。
德軍最高統帥部作戰局一份研究報告表明這樣一種觀點，即在戰爭的現階段，鑒於馬耳他島位於地中海中央，應在奪取克裏特島之前首先奪取馬耳他島。但那時對蘇作戰即將開始，希特勒的戰略重點日益東移，因此，他的注意力更多地集中在巴爾幹地區、東地中海、埃及和中東。他在指令中相當明確地指出，奪取克裏特島的目的是要把該島作為對付東地中海英軍的空軍基地。
盡管第28號指令中沒有明顯地涉及到奪取克裏特島的戰略企圖，但我們可以推測出，在4月21日那次重要的會議上，施圖登特將軍向希特勒闡明的意見，與他在成功地奪取克裏特島之後作戰報告中所強調的想法相同。他寫道，必須占領克裏特島，因為奪取它是將英軍逐出大陸後保衛軸心國的康斯坦薩—科林思—意大利這條至關重要的海上通道的唯一手段，也是為了保證希特勒得到羅馬尼亞的石油供應（這是希特勒的長期憂慮所在）的唯一手段。克裏特島在德國人手中將有如下作用：（1）實際上等於把英國艦隊驅逐出愛琴海；（2）標誌著英國在東地中海的地位受到很大的削弱；（3）為德國空軍攻擊埃及，尤其是蘇伊士運河，提供了一個有利的基地。