傘降部隊遇到了敵步兵部隊的猛烈抵抗，而戰前的空中偵察並沒有發現這些部隊。在馬利姆機場以南的斜坡上的抵抗尤為頑強，守軍在那裏構築了台階式的防禦陣地，火力十分密集，有些傘兵在空中就被擊斃，有的剛一著陸便被擊斃，許多人雖然著陸時未被打死，但卻無法得到他們的兵器囊。突擊團的一個營降落得太偏東。中部大隊向控製瞰製幹尼亞與蘇達灣的阿克羅蒂裏高地與加拉塔斯村發動的進攻遭到了徹底的失敗。
西部大隊與中部大隊的戰鬥一打響便失去了它們的指揮官，這使局勢變得複雜了。指揮中部大隊的聚斯曼中將在作戰剛開始便因滑翔機在埃吉納島墜毀而斃命。西部大隊司令官邁因德爾少將在著陸前不久受重傷。
直到下午，作戰室才了解到這些情況。這是因為當運輸機安全返回基地（僅損失1.4%點）和收到第8空軍的報告時給人的印象是“第一波已按計劃著陸成功”。當時駐雅典的空降軍司令部絲毫沒有得到傘降部隊的消息。臨近中午，中部大隊發來了一份電報，電文報告說，向幹尼亞發動的進攻因損失慘重而受阻。西部大隊也報告，激烈的戰鬥仍在進行，指揮官已負傷。由於最初抱有的樂觀態度，所以第二波仍按計劃出發，結果釀成了更大的失誤和遭受到更大的挫折。
9時至10時，運輸機返回希臘的基地。但事實證明在13時之前，不可能讓“容”—52作好飛第二架次的準備。每個“容”—52飛行聯隊起飛時間耽擱達3個半小時之久，其原因是：（1）加油困難；（2）必須首先把墜毀的飛機從跑道上清除掉；（3）起降過多飛機的機場塵埃密布，即使使用消防器材也無濟於事。結果各運輸機中隊都未按戰鬥序列起飛，也沒有同時到達目的地，隻是在15時至18時之間才東一架西一架地到達。第11空軍的戰鬥報告說明了如下情況：各個機場之間的電話通信常被切斷，因此指揮官們不可能就拖延進攻時間問題進行磋商，也不可能重新安排共同發起進攻的時間。負責指揮第2特種任務轟炸機大隊（傘兵運輸機）的軍官報告：在第一波著陸不久，他便意識到這種情況。但由於未能與他的直接上司（隸屬於第11空軍的地區作戰指揮官）取得聯係，於是他便直接向軍司令部通話，要求推遲第二波發起進攻的時間。可是無法確定是否作出了決定，即便作出了，遺憾的是，也沒有傳達到實施第二波進攻的運輸機大隊。由於同樣的原因，也未同第8空軍軍做出進一步安排。
轟炸機編隊按原計劃在15時飛臨雷西姆農與伊臘克林目標的上空，企圖摧毀敵人的高炮陣地，或至少要壓製住敵人的火力。緊接著，單引擎與雙引擎戰鬥機飛來掩護傘降部隊跳傘，壓製對方的防禦火力。由於這些飛機的航程短，在16時15分之後便不能再停留，因此大部分部隊是在沒有戰鬥機掩護的情況下實施傘降的。
中部大隊現由施圖爾姆上校指揮。其任務是占領雷西姆農飛機場，爾後向蘇達灣推進。東部大隊由布羅伊爾上校指揮，任務是占領伊臘克林城及其機場，並扼守該機場，保證後續部隊空降著陸。
這兩個大隊部遭受了嚴重損失。原因是同第一波一樣，它們都降落在防守堅固、偽裝巧妙的敵防禦陣地的中心。另外，由於運輸機是毫無組織地到達的，這使敵人更易於完成其抵抗任務。一些無經驗的運輸機機組人員犯了錯誤，把傘兵降落在錯誤的地點，造成了更大的混亂。由於許多傘兵都不能得到他們的補給囊，所以德軍的物資損失也很大。
所有這些情況都使得中部大隊未能占領雷西姆農機場。同時在敵人密集的火力下，向蘇達灣推進的企圖也沒有實現。由於運輸機在運送第一波進攻部隊之際或其後不能及時趕來，當東部大隊與敵人接觸時，其兵力比原計劃少了600人。尤為糟糕的是，進攻的時間耽擱了，這給部隊的進攻帶來了更大的困難，以致最後東部大隊未能奪取預定的目標是不足為怪的。在當時的情況下，布羅伊爾上校隻能在夜暗的掩護下集結失散的人員並於翌日清晨向機場發動進攻。