1941年6月16日，國防人民委員根據對邊境各軍區坦克部隊的檢查情況發出密電指出：對戰士和指揮員的訓練同機械化部隊戰備的主要任務脫節，訓練目的不明確；人力準備處於低水平；機械化兵團內部各兵種的協同動作規定得少而差；摩托化部隊當作步兵部隊來訓練，沒有考慮到它們在戰鬥使用中的作用和性質；無線電兵的培養工作至今仍處於低水平；炮兵部隊尚未掌握從開闊陣地直接瞄準的技巧，這門課根本就沒有上過；夜間作業當作例外進行，而且許多部隊，根本就沒進行過夜間訓練和提出過密電要求，必須盡快改變這種狀況。
1940年底，聯共（布）中央發布了“關於改編紅軍空軍的決定”，要求組建106個用新式飛機裝備的作戰兵團，結果到1941年5月底，隻來得及組建19個齊裝滿員的團，其他軍兵種的情況也相類似。戰爭進行不到一個月，統帥部就不得不對軍隊編製進行大幅度的修改。航空兵師由4～6個團縮編為2個團，每團編製飛機由61架減為22～32架，步兵新編製比原編製人員減少了25％，火炮減少52％。機械軍7～8月間全部撤銷。
幹部短缺的現象也十分嚴重，肅反擴大化使國家和軍隊的戰爭準備受到嚴重損害。列寧時期建立的第一屆人民委員會，連列寧在內共15名委員，在肅反時有8名被處決或死於獄中，1名被逐出蘇聯。第十七次黨代表大會選出的71名中央委員，有51名被處決，2名被迫自殺；68名候補中央委員，有47名被處決。軍隊的清洗也十分嚴重。蘇軍幹部部部長夏堅科在1938年3月11日給斯大林的報告中，列舉了1937年3月1日至1938年3月1日清洗人數：被解職的21268人，其中有14名軍區司令，21名軍區副司令，27名軍長，96名師長，183名團長和航空大隊長。大批紅軍高級指揮員慘遭迫害，在1935年11月第一批授銜（從上校到蘇聯元帥）的837人中有720人遭鎮壓；在1934年11月至1935年1月組成蘇聯國防軍事委員會的85名委員中有5人自殺，76人被捕，其中2人死在獄中，66人被處死；在1935年2月全蘇第七次代表大會上當選為蘇聯中央執行委員的36名軍事首長和政工幹部中，有30人被宣布為“人民的敵人”，5名蘇聯元帥，幸存的僅2人；5名一級集團軍司令，幸存的僅沙波什尼科夫1人；10名一級集團軍司令無一幸免。2名一級艦隊司令均被處死，2名二級艦隊司令中，1人死於獄中，1人被處死。由於大量幹部，特別是優秀高級幹部遭清洗，加上部隊的大規模改編，使蘇軍無法獲得足夠數量的具有一定軍事理論素養和一定實戰經驗的軍官去指揮這支龐大的軍隊。到戰爭前夕，軍隊的指揮幹部沒有配齊，陸軍中缺66900名，占整個陸軍指揮幹部的16％；而在西部邊境軍區，缺額更大，占17％～25％；空軍中飛行技術人員缺32．3％；在海軍中，指揮員缺編22．4％。指揮員嚴重缺編致使一些指揮員連提數級，一些營長晉升為師長，甚至軍長，而一些排長則一躍而為團長。1939～1942年間，82％的軍區司令員、53％的集團軍司令員、68．6％的軍長、71％的師長是新任命的。僅1941年3月7～8日兩天，就新任命了4個集團軍司令、42個軍長、117個師長。對於他們來說，到蘇德戰爭爆發，隻剩下3個多月的時間用於熟悉自己的職責了。
預備役軍官的征集和各種訓練班雖然使幹部不足的狀況得到局部改善，但是，由於戰爭逼近，時間縮短，加上軍隊的大規模改編改組，很難從整體上達到預期效果，雖然在戰前解放或重新啟用了一大批被清洗的幹部，但指揮人員仍主要靠初級軍事院校和短訓班應屆畢業生，以及征召預備役人員加以補充，即使這樣，到戰爭前夕，軍隊的指揮幹部也沒能完全配齊，而且全軍有75％的指揮員任職才不過幾個月。