石奕龍認為，“應用人類學是在承認人類社會不斷向進步的方向發展的前提下，把人類學家對個人、文化、社會的知識和理論，應用於改善和改進人類社會不盡滿意的地方，以促進人類社會向進步方向發展的學科，同時它也從事與此相關的理論研究”。
林先生雖然沒有像現代人類學明確地提出把應用人類學作為人類學中與體質人類學與文化人類學並行的分支學科，但他已初步提出應用人類學的思想。首先，林惠祥教授在其《文化人類學》一書中論及人類學的目的，其中提到人類學的研究可利於種族偏見的消滅、蠻族的開化、文明民族中野蠻遺存物的掃除、促進國內民族同化。雖然在他書寫的那個年代，國際間還不可能實行這種正常，但在中國，確是可行的。雖然當今強調文化的多樣性，避免全部同化，但他當時希望國內的民族能“速行同化，以免發生內亂”，符合當時的國情的。他提出，當然“要實行同化政策，必須對於各該民族的體質與文化先有充分的了解，方易從事。”而“這種知識的供給，也是人類學的任務”之一。換言之，林惠祥先生也認為人類學的研究是能夠促進國內各民族之間的同化與融合的。其次，林先生於《論長住娘家風俗的起源及母係製到父係製的過渡》也提出了消減這種遺存物的建議，試圖運用豐富的人類學知識解釋或解決實際生活問題，也就是說應用於社會，為人民服務，使人類學服務於社會，造福人民。
（五）推動了人類學本土化研究
人類學是一門綜合性科學，涉及學科麵很廣。要從事人類學研究，必定要注意拓寬知識麵，方能有深厚和紮實的基礎，才能把研究工作引向深入。如何發揮研究優勢，從林惠祥教授一生的研究看，他比較多是立足於我國東南區與東南亞研究。解放後，他仍倡導這方麵研究。立足於本地區，也就是我們現在提倡的人類學本土化。何謂本土化，張有雋認為，“人類學本土化在中國，應包含三個層麵的內容：用人類學的理論與方法研究中國社會與文化；通過這種研究得出的理論和方法，能科學地解釋中國社會和文化，並能檢驗、修改、補充人類學理論方法，豐富國際人類學知識體係；人類學本土化得出的成果有利於解決中國社會和文化問題。”林惠祥先生當時雖然沒有提出“本土化”這個詞，但他所說的意思是一樣的，就是要我們立足本地區，麵向海洋，利用地域性有利條件，做出成就。
四、林惠祥於中國人類學史上的地位
林惠祥教授是一位全域性的人類學研究者，其掌握的人類學知識很全麵，既會考古學、又精民族學，這在今日分工精細的專業領域中，實是不常見到的全才學者。其著作最大的特點資料豐富，在民族研究中應用很多考古資料，在考古研究中也廣泛引用民族學資料，因而論證有力，林教授不僅在室內注意理論研究，也重視室外的調查研究，使我們相信人類學與曆史學、社會學、民族學、民俗學關係極為密切，不能互相取代。不可否認，林惠祥先生在我國人類學史上的地位是很重要的。
（一）我國早期人類學研究中的開拓者和奠基人之一
既然人類學是一門由國外引進後才“本土化”的學科，在其作為獨立學科出現之後，在短時期內得到迅速的發展，中國留學生對於催生本國的人類學就有著不可小覷的作用。林惠祥先生作為歸國留學生當中一位，在人類學傳入中國後的早期學術活動中，對人類學在中國的發展上起到了一定的傳授和推動作用。林惠祥是在菲律賓大學研究院師從美國導師拜耶，接受了較為完整的人類學及其相關學科的正規學術訓練，初步具備了以後中國人類學及相關學科發展的基本陣容。學成歸國後的林惠祥，既進行學科理論的思辨，又積極從事田野調查工作；既介紹國外學術思想和理論流派，又加以分析和綜合，與國際學術界進行學術對話，推動了學科體係的建立。
林惠祥曾經擔任國立中央研究院社會科學研究所民族學組專任研究員，期間廣泛進行田野調查，研究境內族群，其田野調查活動有：1929、1935年兩次台灣調查，1930、1931、1932年的廈門史前遺物調查，1934年泉州古跡調查，1937年福建武平發掘等。這些實地的田野工作充實了中國學院式的理論知識，為中國人類學始躋身學術界起到了促進的作用。同時，林惠祥也致力於學科規範建設。具體表現與以下幾個方麵：
1．學科定義及地位
就在人類學田野調查有聲有色地開展之際，學者們開始致力於學科規範的建立。首要內容，就是理清人類學的學科定義和學科地位問題。林惠祥在其《文化人類學》一書中便有詳細的闡述；同時，部分深受社會學思想影響的學者則認為，以實證的方法研究中國社會、了解中國社會才是當前要務。林惠祥則試圖對社會學與人類學若即若離的關係詳加區分；而在新的民族國家建構的過程中，林惠祥先生開始將人類學知識的“學”轉化為國家民族建構之“用”，他認為人類學是用曆史的眼光研究人類及其文化之科學，換句話說，人類學就是一部“人類自然史”。人類學學的興起有助於解決古代史研究的難題。在其論著中，也可從多出看到他的應用人類學思想。