1957年林惠祥參加廈門大學黨委會召開第一次批駁反黨反社會主義謬論大會，發表“不要越過整風範圍”意見，痛斥右派分子言行。1957年9月27日林惠祥同誌光榮被批準入黨。入黨以來林惠祥同誌除了更積極工作，努力學習政治外，並遵照他如當前所常說的，要為黨的文化事業盡最大力量，他除了白天到人類學博物館辦公外，晚上還從事寫作論文。
1958年2月12日，帶病堅持工作，撰寫《中國東南區新石器文化特征之一：有段石锛》的英文提要至深夜，突發腦溢血，2月13日淩晨，經搶救無效，不幸逝世。
附錄2：
主要著作
一、專著：
1．《台灣番族之原始文化》，1930年，前中央研究院社會科學研究所專刊第三號．
2．《羅羅標本圖說》，1931年，前中央研究院社會科學研究所專刊．
3．《世界人種誌》，1931年，商務印書館出版．
4．《民俗學》，1932年，商務印書館出版．
5．《神話論》，1934年，商務印書館出版．
6．《文化人類學》，1934年，商務印書館出版．
7．《中國民族史（上下二冊）》，1936年，商務印書館出版，又有日文譯本．
8．《菲律賓民族誌》，1944年，編譯．
9．《婆羅洲民族誌》，1944年，編譯．
10．《蘇門答臘民族誌》，1946年，廈門大學南洋研究所，《南洋問題資料譯叢》1960
年第3期．
11．《考古學通論》，1950年，廈門大學曆史係講義油印本．
12．《中國原始社會史》，1951年，廈門大學曆史係講義油印本．
13．《台灣從古是中國的領土》，1954年．
14．《為什麼要保存古物》，1955年．
15．《算命研究》，1956年．
16．《廈門大學人類博物館陳列品說明書》，1957年，廈門大學人類博物館鉛印本．
二、論文：
1．《由民族學社會學所見文化之意義及其內容》，1927年，刊於《歸納學報》第一期．
2．《台灣生番標本目錄》，1929年，刊於《廈大周刊》．
3．《台灣生番種類概說》，1929年，刊於《廈大周刊》．
4．《台灣生番種族概況》，1929年，刊於《中山大學語言研究所集刊》．
5．《台灣番族調查報告撮要（附民族學的效用略說）》，1930年，刊於《中央研究院月報》．
6．《廈門史前遺物研究》，1930年，刊於《廈大周報》．
7．《怎樣研究民俗學》，1930年，刊於《廈大周刊》．
8．《社會進化？退化》，1931年，刊於《廈大周刊》．
9．《宗教之科學的研究》，1931年，刊於《歸納學報》第一卷第二期．
10．《史前人類及其文化》，1932年，刊於《廈大周刊》．
11．《民族精神與國難》，1932年刊於《廈大周刊》．
12．《石器概說》，1932年，刊於《廈門大學學報》第一卷第二期．
13．《民俗學研究導言個人生活之儀式》，1933年，刊於《讀書指導》第一冊．
14．《民俗學研究法》，1934年，刊於《出版周刊》．
15．《中國原始社會之探究序》，1934年，刊於曾鬆友《中國原始社會之探究》書前，商務印書館出版．