到了元代，城周原有的一些農田已經荒棄，但城池未廢。榆林窟第六窟門楣上留有一處元代至正二年（1342年）的題記，上麵寫道：“雍歸城，城池石壁，開山四塞，無有人耕種入糧。”
明清時期，石包城仍具有重要的軍事和交通方麵的意義。《肅州新誌》記載：“石包城路通青海，高峻險厄，比於鐵峽金墉；登臨極望，洵足雄視邊徼。”清雍正五年（1727年），工部侍郎馬爾泰奉命巡視邊關，督建安西、敦煌各城堡工務。第二年秋工程竣工，他“巡視新建十三墩台，周圍二千餘裏，見布魯湖、昌馬河、石包城、伯顏墩四處，地處極邊，尤為安西、沙州要隘……石包城，地據險隘，前代壘石為城，高踞絕壁，製奇扼要，殆非人力所致”。於是他即景作詩，“以誌皇輿廣大，榮被西陲之盛”。詩雲：
翠壁崚嶒接玉霄，岩城豎起自何朝？
五丁運力開神域，四郡連烽警夜刀。
衰草當年遺戰壘，秋風此日靜天驕。
周行已遂登臨誌，不憚經年萬裏遙。
“翠壁”，石包城壘石做壁，石壁上結苔鮮等植物而成青綠色；“崚嶒”，形容山脈高峻重疊狀；“岩城”，即指築岩而成的石包城。“五丁”，神話中的五個大力士，傳說當年秦惠王想討伐蜀國，但不認識道路，於是就造了五頭石牛，並把金塊藏在牛尾下麵，謊稱這五頭牛能夠屙金；蜀王信以為真，就派五丁去把石牛拉回國，結果拉牛的同時也為秦開通了難於上青天的蜀道。“警夜刀”，化用唐詩《哥舒歌》“哥舒夜帶刀”句意。“天驕”，漢代稱北方的匈奴為“天之驕子”。“周行”，到處巡視；“不憚”，不怕；“經年”，長年。詩的大意為：石包城壘石構築，巍峨雄峻，峰接碧空，但不知何朝建成？當年運用五丁的威力開拓神聖的疆域，河西四郡烽燧連綿，警備嚴整；今天蕭瑟的衰草掩蓋著戰地上的堡壘（指石包城等），習習秋風掠過，稱雄一時的匈奴早已俯首稱臣；四處巡行順遂了我登臨塞上的誌願，哪怕是長年奔波萬裏征程。詩人麵對石包城這座興起於亂世，衰頹於盛世的邊地古壘，寫景抒情，感慨無盡，當年的屯軍戰馬、狼煙旌旗早已隨流水逝去，隻有那古垣頹墉、白秋荒草，連同它悲壯的傳說，可寄托人們的懷古之情。
10．黨城古址
黨城古城位於肅北蒙古族自治縣城東南2．5公裏處，地當黨河出山口之北的山麓小平原上。其東、南、西三麵不遠，祁連冰嶺高聳，千秋積雪，銀光閃耀，給人一種特有的雄偉開闊的感覺。三麵雪嶺呈圍椅狀環繞黨城，使其顯得格外雄奇險要。
今天城址已蕩然無存，城垣內外都被辟為耕地，隻有豎立在城中的一塊縣級文物保護單位“黨城遺址”的石碑，告訴人們這裏曾是顯赫一時的古邑雄鎮。
據當地文物部門的同誌介紹，解放初期黨城城垣還基本完整，平麵呈長方形，牆體夯土築成，東牆長231米，西牆長218米，北牆長144．5米，高2米至4米，總麵積3萬餘平方米。城堡四角有角墩，四垣築馬麵，角墩和北垣正中的一座馬麵上設置敵樓，樓高約8米，用土坯砌成。城內遺留建築殘跡，地麵暴露灰陶片（垂幛紋、弦紋）、太平通寶錢幣、石磨、花方磚等物。60年代群眾還在城內撿到小塊瑪瑙、玉片、水晶殘塊、鐵製蛇矛頭等物。城內東南角還有一眼水井，今天仍見殘跡。
據考證，黨城古城始建於漢代，為漢敦煌郡南部的重要軍事壁壘和絲路古道的亭障，名為紫亭。敦煌遺書唐《沙州都督府圖經》卷第五記：“西子亭山，右在（龍勒）縣西南一百九十八裏，東接龍勒山，西經樊石戍西出，連延接石城鎮（今新疆若羌）南山。漢開鄯善舊路，因山置亭。其山石紫色，故號紫亭，時人語訛為子亭。”西子亭山，即今阿爾金山東段；所謂“鄯善舊路”，指敦煌通往樓蘭（今新疆若羌縣東米蘭一帶）的道路，隨著此路的開通紫亭即已設立。因這一帶山脈岩體多為紫紅色，故名為紫亭山，或子亭山，又叫作紫金山。西晉時於此城設昌蒲縣。十六國西涼時對子亭進一步修繕，名為子亭城，“以威南虜”。
唐代設子亭鎮，又稱紫亭鎮。《沙州都督府圖經》卷第三記載，甘泉水（黨河）流至子亭鎮出山後，又向西北流至山闕烽，水東即是鳴沙山。唐山闕烽遺址今日猶存，位於今黨河水庫西側、鳴沙山西麓山頭，殘高約2．5米。唐《敦煌名族誌》中列有“唐任昭武校尉、沙州子亭鎮將、上柱國”陰仁幹之名。吐魯番阿斯塔那188號墓中出土的一份唐開元三年（715年）張公夫人的墓誌上記，張公曾經擔任過“大唐昭武校尉、沙州子亭鎮將”。當時該鎮歸於敦煌豆盧軍所管，約寫成於唐永泰年間（765年至766年）的《河西節度使判集》提到，豆盧軍屬下的“子亭回絕，所以加糧”。
歸義軍時期仍設紫亭鎮，並曾一度改置為紫亭縣。因其特殊重要的地位，當時在紫亭任職的皆為歸義軍首腦的親貴。榆林窟6號窟甬道南壁供養人像自東向西第三人題名為“紫亭鎮遏使”慕容保實，此人為歸義軍節度使曹議金女婿的孫子。第四人題名仍為“紫亭鎮遏使”，但人名缺失。曾任“管內外諸司馬步軍都指揮使”的羅盈達，亦當過紫亭鎮使，其“譽播衙庭，兼受極任；紫亭貴鎮，葺理邊城……注持雄鎮，扶育孤危”。由此可見對紫亭鎮的極度重視。曾任“知應管內外都牢城使”的張良真，亦曾“光榮充紫亭鎮主，一從蒞任，獨靜邊方……調風易俗，堅守陲邊。”莫高窟431窟窟簷後梁題記，窟主為。“節度內親從知紫亭縣令兼衙前都押衙”的閻員清，據之得知當時還曾在紫亭設過縣。敦煌遺書中保存的一份918年某月向沙州報告敵情的狀中稱，今月八日夜晚紫亭城南山有“賊”活動，打劫官私群牧；因需看管好群牧羊馬，把牢道徑，緊守城池；如有怠慢失時誤事者，將予以重罰。