（1）曆史上的戰亂破壞
戰爭對古村落的破壞無疑是嚴重的。蘭溪地處要衝，曆來是兵家必爭之地。明代正德十三年（1518），弘治庚戌進士、邑人鄭瓘作《拓城議》，說道：“邑束衢、婺兩江之水，東輸於錢塘。南欲拒北，則邑為衢、婺之門戶；北欲拒南，則邑為杭、嚴之屏障。門戶破而後衢、婺可攻，屏蔽固而後杭、嚴可守。”正因為如此，唐代廣明元年（880）黃巢起義和宋代宣和初年、元代末年、明崇禎十六年（1643）的農民起義，都波及蘭溪。據《蘭溪市誌》的大事記，廣明元年（880）黃巢農民起義軍攻克睦、婺兩州，蘭州縣城除外，均為起義軍控製；北宋宣和三年（1121）方臘農民起義軍一部攻占縣衙，毀縣署；元至正十八年（1358）朱元璋部將胡大海攻克蘭溪；明末清初（1645）明將趙明寰及方國安等潰兵過境，大掠，隨即清軍占領蘭溪。
在《蘭溪市誌》中記錄的對包括蘭溪在內的整個婺州破壞最慘重的兵燹有兩次。第一次是明清易代之際清兵大屠殺，李漁寫的《婺城行》詩記清兵屠城，有句道：“婺城攻破西南角，三日人頭如落雨。”第二次是太平天國戰爭，鹹豐五年（1855）三月，太平軍首次入浙，經常山，入遂安，逼近蘭溪，其時守蘭溪的有清兵提督張玉良、饒廷達等，但他們往來無定，蘭溪守備實為民團和地主武裝。鹹豐八年（1858）三月，太平軍翼王石達開親率主力圍攻衢州，同年，太平軍攻克壽昌，蘭溪民團在與壽昌交界處的要地小番嶺設防，五月十五日太平軍攻破小番嶺，鹹豐十一年四月，太平軍侍王李世賢自江西入浙，攻克金華，四月二十四日攻占蘭溪至五月四日，太平軍基本占領蘭溪全縣。太平軍在蘭溪駐紮一年九個月，後來被左宗棠部擊潰。兩軍對壘，戰爭十分酷烈。太平軍尚知愛惜百姓，但守城清兵反而殘暴肆虐，民怨四起。曾參與進攻太平軍的許瑤光所著《談浙》載，清兵張玉良駐蘭溪時，曾“下令肆殺，老弱婦女無一得免，既殺其人，又縱火焚其居，七十裏皆灰燼”。許瑤光又作《蘭溪官軍詠》有“蠕蠕赤子數萬生，投屍江流付魚呷”的詩句。可見清兵屠殺蘭溪百姓之眾。戰後又連遭瘟疫和旱災，以至於蘭溪丁口到光緒三年反而比兩百年前的康熙六年還少。太平天國時期，諸葛村內有大片民居被燒毀，整條舊市路邊上的建築幾乎全被燒光，村中重要建築丞相祠堂也被夷為平地，村落裏的許多古建築，直到今天還沒有恢複。
20世紀蘭溪的兩次重大兵事與諸葛村相關。民國十五年（1926）12月，國民革命軍北伐東路軍進駐蘭溪，不久即因富陽戰役失利而退出。翌年1月15日，五省聯軍總司令孫傳芳部占領蘭溪。是時，東路軍前線總指揮白崇禧在衢州召開軍、師長會議，決定於26日集結駐衢州、龍遊的部隊向蘭溪進攻。29日拂曉，中路軍第二師向遊埠攻擊，第一師則猛攻洋港。經過反複衝殺，於下午2時許將敵擊潰。另外，北伐軍第六師、第四師由左翼同時發動進攻，與永昌和諸葛鎮之敵接戰，據當時師政治部主任、黨代表肖勁光回憶：“攻打永昌和諸葛鎮，這是一場鏖戰，戰鬥直達第三天黃昏才將敵人陣地突破包圍起來。”右翼26軍並力進攻湯溪。退守蘭溪城內的孫傳芳見大勢已去，倉皇向嚴州、浦江方向撤退。此役衢江兩岸縱橫數十裏內大小村莊均為戰場。加上孫傳芳部軍紀甚壞，奸淫擄掠，無惡不作，給蘭溪人民帶來了災難。
民國三十一年（1942）5月28日，日本侵略軍占領蘭溪。在此前後，愛國軍民奮不顧身，共起殲敵，較大的戰鬥有6次。在日本占領蘭溪期間，掃蕩22次，遍及全縣35個鄉，掃蕩投放毒物59次。掃蕩中有330多人遭到殺害，5020人被擄，400餘婦女被強奸；包括轟炸，日軍在蘭溪殺害平民1600多人，毀糧2.5億斤，毀屋20900間，難民無家可歸者66438人。值得一提的是，諸葛村的村落形勢有利於防禦，日軍掃蕩數次經過高隆崗下的大道，但因諸葛村落處在八座小山岡的環抱之中，整個地形像一隻金盆，中間低平，四周漸高，村子如建在高高隆起的一片土崗中心的低窪處，村外八座小山連成弧形，成為天然屏障，將村莊團團圍起，地勢隱蔽，日本鬼子竟然沒發現這裏竟有這麼一個居住著近3000人口的大村落，因此諸葛古村落幸免於難得以完整保存下來。諸葛氏子孫依靠祖傳的九宮八陣圖再一次逃過了劫難，保全了自己的村落，至今村民引以為自豪。盡管侵華日軍沒有直接進入諸葛村燒殺搶掠，但日軍侵華期間，諸葛村仍然有部分民居被日戰機炸毀。我們在諸葛村實地調查時，尚禮堂附近的村民諸葛海城（76歲）及其妻洪賽寧（74歲）回憶，“記得抗戰時期有軍隊駐紮本村，因缺柴火把幾棵大樹鋸掉了，很可惜，如今隻保留下西湖塘邊的一棵大樟樹”。這是村裏唯一的古林木，據說最少有500年曆史，康熙年間修宗譜時的《高隆氏族居之圖》中就有這麼一顆樹的存在，目前樹圍已近14米，實地勘察，需要8個高個子男人伸開雙臂才能包圍住粗大的樹幹。
諸葛村幸存的古樟樹。按照蘭溪市諸葛·長樂文物保護管理所的記錄，諸葛村受到保護的古樹名木有樟樹兩棵，一棵在路邊，即圖所示，一棵在田旁；另外在現今的諸葛旅遊公司院內和天一堂還有羅漢鬆、園柏、安石榴、枇杷、黃蓮木。但到今天，這些古林木僅存這棵古樟樹了。
（2）新中國古村落新生
新中國的成立給古村落注入了新的生命與活力，諸葛村從此進入了一個嶄新的時代。新中國成立之初，諸葛村的土地改革比較溫和，當地老幹部稱“和平土改”，因此古民居建築並沒有因此而七零八落。但“文化大革命”破除“四舊”是徹底的，諸葛村落裏的古建築及文物也遭受了又一次劫難。我們在入戶調查時，諸葛海城夫婦回憶說：