殿內東西兩側站立的雕像，叫做護法神二十諸天，他們是掌管日、月、地、水、電、火、雨、風、雷等的天神。我國的諸天塑像宋代以後才有，他們穿戴的服飾模仿的是我國封建王朝文武百官的官服。趺坐在大殿後東西兩側的是“十二圓覺”，圓覺意為“圓滿的覺悟”，這十二位大菩薩都是《圓覺經》中的上首菩薩，他們都是佛陀的大弟子。大雄寶殿有十二圓覺這樣的布局，據說全國僅靈隱一座寺廟。
大殿後壁，是以童子拜觀音為主體的五十三參海島立體彩色群塑，高20米，全部用黏土，不摻一點水泥，塑了神態各異的大小佛像150尊，這是佛廟中場景最大、最熱鬧的一組群像，在其他寺廟中已不多見。中間一尊手執淨水瓶的是觀音菩薩，全稱觀世音菩薩，是西方極樂世界的上首菩薩，表現一切佛的大悲心，是救世之最切者。她腳踏鱉魚，手執淨瓶，傾倒“法水”，正在普度眾生。觀世音菩薩因避唐太宗李世民的諱，後來簡稱為“觀音菩薩”，菩薩意為“覺有情”，即自覺、覺他之意。右側即為成佛的善財，左側為龍女，也就是民間所說的“金童玉女”。據佛經講善財童子是福生城長者五百童子之一，出生時，種種珍寶自然湧出，故名善財。盡管善財天生福氣，無數財寶白白送來，但是他已看破紅塵，認定萬物皆空，發誓要修行成佛。他先向文殊請教佛法，文殊叫他去南方可樂園去找功德和尚；善財便去找功德和尚，功德和尚又讓他到海門國去找善住和尚；善財不辭辛勞地找到善住和尚，善住又打發他去找彌伽長者……就這樣，善財前後一共參拜了比丘、長者、菩薩、婆羅門、仙人等53位善知識。知識，就是知其心識，不是所謂的博學廣識；善就是於我有益，導我於善的人。由於善財南遊110城，參訪53個名師，最後遇到普賢菩薩“即身成佛”。所以佛教建築中的階梯常鋪為五十三級，比喻“五十三參，參參見佛”。善財為求行德至善，曆盡千辛萬苦，以一顆赤誠之心和不折不撓的行動經受了無數考驗，最後感動了普賢菩薩，成全了他的成佛願望。彩塑中有數十個身穿紅肚兜的小孩，那就是在合掌參拜各位善知識的善財。
藥師殿是第三重殿，殿內當中蓮台座上結跏趺坐的是東方淨琉璃世界的藥師佛，左右分別是手托太陽象征光明的日光菩薩和手托月亮象征清涼的月光菩薩，合稱“東方三聖”。東方淨琉璃世界非常殊勝莊嚴，那裏的一切，都是無比的清淨光明，沒有雜穢的土地，也沒有三惡道，所有正報、依報功德和西方極樂世界一樣莊嚴。日光和月光菩薩為淨琉璃世界的上首菩薩。藥師佛是東方淨琉璃世界的教主，全稱為藥師琉璃如來，簡稱為大醫王佛。因為他能使眾生離苦得樂，解脫眾生的病痛、苦難和災害，所以人們都稱他為消災延壽藥師佛。當他在行菩薩道時，曾許下十二大願，每願都是為了滿眾生願、拔眾生苦、醫眾生病。成了佛以後，他始終在實踐著他的大願。