巫妖大戰的過程大勢一如前世傳說，但是與此不同的是細節之處有所改變。
受到慈航的影響，對於淳樸的人族還有那些天性善良不喜爭鬥的生靈，普陀島的弟子都比較有好感。現在天柱折，九天銀河之水落下洪荒，造成大難，普陀弟子紛紛出手，與一些隱世的大能一起護住天地和生靈。
其中隱隱之中領悟了不少改換風水的赤尻馬猴靈風，使用乾坤圖和乾坤尺改變部分地勢，引導人們往高處走，讓九天弱水往低處流去，彙入大海——這也是後來為什麼說“人往高處走，水往低處流”的原因。
龍女敖靈兒揮動玄元控水旗，使得不少的弱水被吸收，同時她還彈奏起了珊瑚玉箜篌，控製水流的走勢，並且化出不少的水龍，救助那些溺水的生靈。
木叉法力不夠，但是他擁有七個葫蘆的神通，所以很快的利用寶葫蘆收了不少的生靈，讓他們在其中暫時安定下來。寶葫蘆之中的乙木之氣，迅速地治好了他們的傷病。
至於炎陽，則跟人族三祖說了一聲之後，帶著十二元辰一起臨凡，救助在大劫之中顯得弱勢的人類。隨著十二神將各顯神通，他們的形象在人族的心中，更加的深刻了。
至於那些聖人，則彙聚在天柱崩塌之處。
在一番商量之後，眾聖在道祖的指示下，一起施法護住洪荒，並且將大陸分成了四大部洲——分別是後來的東勝神州，南部瞻洲，西牛賀州，北俱蘆洲。正當女媧領命要尋找五色石煉製補天石的時候，孔宣來到眾聖麵前：“孔宣見過通天老師，見過女媧娘娘，見過諸位聖人。此乃孔宣搜集的五色石，可供女媧娘娘補天之用。”
“善！”感應到孔宣身上保存著的兄長成道至寶河圖洛書，女媧娘娘掐算了一番，知道了事情大體的前因後果——妖師鯤鵬是導致妖族大敗的原因之一，對於教訓過妖師鯤鵬的孔宣，女媧娘娘還是很有好感的。而且現在看來自己兄長日後要想成道，自己也不必去北冥之地找要是那個家夥討要河圖洛書了。
之後女媧娘娘將五色石悉數收下，放入乾坤鼎之中，開始煉製，一段時間之後，一團散發五彩光芒的清氣團，在女媧娘娘的施法之下，補好了蒼天。其中一塊多餘的沒有煉化的五彩石，則墜入東勝神州，落入後來的傲來國花果山上，引發一段新的傳奇。
眼看著四極不穩，眾位聖人準備想法子的時候，突然聽到了北俱蘆洲傳來一陣聲音：“吾乃盤古大神腿骨所化玄龜，當以四肢繼盤古大神頂天立地之責，斬去肉身重入輪回，天道助我！”
隨著聲音落下，玄龜的身體越變越大，突然四肢斷去，化作四根擎天柱飛向四極，漸漸隱去。而天上突然降下海量功德，使得玄龜的元神在功德的幫助之下不斷突破境界，最後飛入慈航的蒼山印之中沉睡，隻待機緣到了便可重新出世。
原來在慈航收玄龜為徒之後，慈航便幫助玄龜理清了天機。知道自己身隕的原因之後，玄龜在慈航的教導下，決定幹脆主動獻出四肢，這樣子說不定還有一線生機——畢竟這麼多年玄龜的肉身和元神實在是結合得太緊密了。
沒有想到在功德的幫助下，玄龜不僅氣運再次獲得提升，而且他的龜甲在功德的滋潤之下，化作了一件異寶，日後更有大機緣。不過玄龜的怨氣還是有的，所以玄龜的肉身便吸收了剩下的幾乎全部的怨氣，落在北俱蘆洲，使得那裏蟲瘴叢生，隻有巫妖二族可以在那裏勉強居住。
至於慈航的善屍普度道人，早就隱身於人群之中，拋出無數的柳葉舟，救助在弱水之中沉浮的生靈。等補天結束之後，功德天降，使得這些柳葉化作功德法寶，重新返回楊柳枝上麵，而普度道人的道行神通也再次有了提高。與此同時，普度道人在眾生的心中那救苦救難的形象也算是確立下來。
且不說聖人為了巫妖二族剩餘的成員、遺寶進行了一番明爭暗鬥。與慈航相關的，也隻有通天教主看到孔宣的道行之後十分的滿意，收孔宣為入室弟子，並且賜下了五把先天寶劍，對應五行分別是含光劍、冰魄劍、青冥劍、長虹劍與九州劍，使得孔宣的五行化身各得一劍，可布下五行劍陣，厲害非常，等孔宣成道了，若能煉製出陣圖，便可以獲得這個不遜於通天教主誅仙陣的絕世殺陣。
而通過孔宣，通天教主隱隱之中察覺到了孔宣和慈航之間的姻緣，不由得一陣沉思：沒有想到重視出身的二師兄門下，居然有如此弟子。雖然她並沒有完全修習三清道法，但是卻從中博采眾長，完善己道，如今隻怕與孔宣可以並列為聖人之下第一人了。可惜平時二師兄對這個弟子不甚關注，否則也不會……罷了，一切順其自然吧。