二十八日，後金兵臨寧遠城下。袁崇煥下令部隊在城外列陣，以城牆為依托，用火炮為掩護，與敵周旋。皇太極打算狂飆突進，發起猛攻，貝勒阿濟格也急於交戰，但大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰“皆以距城近不可攻，勸上勿進，甚力”。皇太極聞聽大怒：“昔皇考太祖攻寧遠，不克；今我攻錦州，又未克。似此野戰之兵，尚不能勝，其何以張我國威耶！”
兩軍騎兵隨即展開激戰。矢鏃紛飛，馬頸相交，刀兵搏擊，人喊馬嘶。滿桂身中數箭，坐騎被創，尤世威的坐騎也被射傷。雙方戰成平手，局麵一時難下。
城外騎兵接戰，城上炮火支援。袁崇煥親臨一線指揮，“憑堞大呼”，激勵將士，協力還擊。參將彭簪古以紅夷大炮擊碎八旗軍營大帳一座，其他大炮則將“東山坡上奴賊大營打開”，後金軍傷亡慘重。後來監軍劉應坤奏報：“打死賊夷，約有數千，屍橫滿地”。後金貝勒濟爾哈朗以及大貝勒代善的三子薩哈廉、四子瓦克達全部重傷；蒙古正白旗牛錄額真博博圖等也戰死。
寧遠血戰，錦州不閑。二十八日，明軍突然殺出錦州，突襲得手後又迅速撤回。戰報傳到寧遠，皇太極深感局勢不利，隻得從寧遠撤軍，合力攻打錦州。六月初三，後金發起最後一輪猛攻，但依然未能得手；恰恰此時，毛文龍又在敵後打響，出兵攻擊昌城與遼陽。
沒辦法，那就撤吧。初五淩晨，皇太極灰溜溜地撤軍。
戰後趙率教疏報戰果，後金兵傷亡“不下二三千”；太監紀用奏報：“初四日，奴賊數萬，蜂擁以戰。我兵用火炮、火罐與矢石，打死奴賊數千，中傷數千，敗回賊營，大放悲聲。”袁崇煥上奏朝廷，著重強調滿桂的功勞：“一戰挫之，滿鎮之力居多。”他與滿桂一度不睦，曾經請求將他調走；王之臣調滿桂為山海關總兵時，他又上疏反對。盡管如此，此時他依然積極為之請功；他也沒有忘記毛文龍：“徑襲遼陽，旋兵相應，使非毛帥搗虛，錦寧又受敵矣！毛帥雖被創兵折，然數年牽製之功，此為最烈！”
如果說此前的寧遠血戰隻是精神鼓舞，那麼寧錦大捷就是名利雙收。可盡管前方得勝，依然還有高居台省的文臣口沫飛濺，說長道短。河南道禦史李應薦彈劾袁崇煥“假吊修款，設策太奇，頃因狡虜東西交訌，不急援錦州，此似不可為該撫”。被魏忠賢把持的皇帝，禦批道：“袁崇煥暮氣難鼓，物議滋至，已準其引疾求去。”因為父親病故，袁崇煥此前多次要求離職守製，朝廷都不同意，寧錦大捷後，他一請病假，便獲批準。更可笑的是，論功行賞，他僅僅漲了一級工資：“文武增秩賜蔭者數百人，忠賢子亦封伯，而崇煥止增一秩。尚書霍維華不平，疏乞讓蔭，忠賢亦不許。”
要知道這個霍維華可是閹黨。也就是說，這事兒閹黨自身都看不下去了。袁崇煥兩次在寧遠挫敗敵軍，雖然沒能從根本上扭轉遼東局勢，但也讓後金嚐到了厲害，從此再不敢輕易出兵，為明朝贏得了調整鞏固防禦體係的寶貴時間。可惜的是，就在寧錦大捷的當年，明朝曆史上規模最大的民變在陝西爆發。其中一個當時毫不起眼的小角色李自成，後來給了明朝致命一擊。
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就在那年八月，天啟皇帝朱由校一命嗚呼，他的幾個兒子已先後死去，帝位便由其異母弟、信王朱由檢繼承。這就是明思宗崇禎皇帝。
當時的崇禎不過十七歲，拿現在的觀點看還是未成年人，典型的少年天子。有明一代，皇帝興趣廣泛，愛好眾多，可謂人才輩出：有人立誌學習魯班，整天做木活；有人渴望建軍功，自封為“總督軍務威武大將軍總兵官鎮國公朱壽”；像袁崇煥剛到兵部那樣幾天不上班不難，難能可貴的是有人幾十年如一日地不上班；致力於采陰補陽的，更是不勝枚舉。相形之下，崇禎簡直就是個淡寡無味的“呆瓜”，既無興趣又缺愛好，一心用於國事；偏偏還就是他，“非亡國之君，而當亡國之運”。
即位之初，崇禎便表現出了少有的機敏與幹練。當時閹黨盤根錯節，為防止被投毒，初進宮時，他甚至自帶水和食物。客觀而言，閹黨形成氣候，與東林黨不無關係。因為後者出手太狠，齊黨、楚黨、浙黨等走投無路，便順水推舟，與魏忠賢互為聲援。屬於楚黨的熊廷弼之所以慘死，東林黨便有落井下石之功。正好熊廷弼答應給魏忠賢四萬兩銀子，最後又拿不出來，終於被“傳首九邊”；而責任更大的王化貞，卻多活了好幾年。
東林黨也好閹黨也罷，其實都是毒瘤。崇禎出手穩準狠，將魏忠賢流放鳳陽，可流放途中，他身邊竟然還有一批死黨追隨。崇禎聞聽大怒，命錦衣衛前去捕拿審判，魏忠賢這才一根繩子結果自身。
魏忠賢手下為害最大的爪牙還是崔呈秀。大樹已倒他自知不免，便“列姬妾，羅諸奇異珍寶，呼酒痛飲，盡一卮即擲壞之，飲已自縊”。
後來定性的閹黨有二百六十餘名，或處死、或發配、或終身禁錮。朝廷氣象頓時為之一新。崇禎同時啟用袁崇煥，先提拔他為右都禦史、視兵部添注左侍郎事，也就是編外的國防部副部長，次年四月，又任命他為兵部尚書兼右副都禦史，“出鎮行邊督師薊遼、兼督登萊、天津軍務”。