由於國民黨政府不承認回族是一個獨立的民族，因此這一時期回族學者研究的重點主要是論證回族曆史的形成和發展，以及準確描述伊斯蘭教在中國的傳播發展。陳垣先生寫出《元西域人華化考》，先後發表於北京大學《國學季刊》及《燕京學報》，這是中國回族史研究的開山力作，在史學界產生很大影響。1926年，陳漢章先生在《史學與地學》第一期發表了《中國回教史》，對古代典籍中關於“回回”及伊斯蘭教的混亂稱謂加以考辨，並對伊斯蘭教在中國的傳播、發展作了較準確的曆史性描述。1928年，陳垣先生在《東方雜誌》第25卷第1號發表了《回回教入中國史略》，對伊斯蘭教在中國的傳入及流布作了進一步考述，提出伊斯蘭教在唐高宗永徽二年（651年）傳入中國的說法。兩位陳先生對“中國回教史”及回族史的研究對回族穆斯林學者產生了很大影響，湧現出諸如白壽彝、楊誌玖、金吉堂、傅統先、馬以愚等一批頗有造詣的回族史學家，他們在中國伊斯蘭教史和回族史研究領域做了不少開拓性工作，取得了顯著成績。有代表性的著述如金吉堂的《中國回教史研究》（成達師範出版部，1935年）、傅統先的《中國回教史》（商務印書館，1940年）、馬以愚的《中國回教史鑒》（商務印書館，1944年）、白壽彝的《中國回教小史》（商務印書館，1944年）等。馬良駿阿訇也撰寫了不少研究伊斯蘭教曆史的著述，其《考證回教曆史》便是具有一定社會影響和學術價值的著述，1939年初版，後經修訂，於1947年再版，時任新疆省主席的張治中將軍還為該書撰寫了序言。
這一時期伊斯蘭教的研究也有了新的進展。明清時期的王岱輿、劉智、馬注等回族先賢的一些著述在這一時期被重新刊印；伊斯蘭教的重要經典《古蘭經》的譯介取得突破性進展；有關伊斯蘭教教義、教法、曆史、哲學等方麵的著述或譯作也不斷問世。除了《古蘭經》的譯介外，這時期，有關伊斯蘭文化的重要著述和譯著還有李廷相的《天方大化曆史》（1919年）、《聖諭詳解》（1923年），水子立的《世界回教史略》（1923年），馬鄰翼的《伊斯蘭教概論》（1934年），馬堅的《回教哲學》（1934年）、《回教真相》（1938年）、《回教教育史》（1941年）、《回教哲學史》（1944年），馬鬆亭等的《回教與人生》（1934年），馬瑞圖的《穆罕默德的默示》（1946年），納忠的《回教諸國文化史》（1948年）等。
民國時期開展的“回教文化運動”，受到一些漢族學者的關注和支持，有的漢族學者甚至直接參與到有關領域的研究當中，而且頗有建樹。如漢族學者鐵錚轉譯的《可蘭經》首開我國《古蘭經》漢語通譯之先河。陳漢章、陳垣二先生則開拓出研究中國伊斯蘭教史的新領域。顧頡剛先生曾在《大公報》（1937年3月7日）發表論文《回教的文化運動》，對當時開展的伊斯蘭文化研究活動予以特別關注。他還提出在中國大學開設中國回教史課程、組建“回教文化研究中心”的倡議（第7卷第4期），並在他和譚其驤先生主辦的《禹貢》雜誌上發表了大量介紹和研究伊斯蘭文化的文章。先後推出《回教與回族專號》及《回教專號》兩期專刊，各卷先後刊載論述回族伊斯蘭教的文章達40餘篇。白壽彝的《從怛羅斯戰役說到伊斯蘭教之最早的華文記錄》（1936年）、《宋時伊斯蘭教徒底香料貿易》（1937年）、《元代回教人與回教》《賽典赤贍思丁考》《柳州伊斯蘭與馬雄》等論文，趙振武的《三十年來之中國回教文化概況》、龐士謙的《中國回教寺院教育之沿革及課本》、王靜齋的《五十年求學自述》等都是刊登在《禹貢》上的有較大學術影響的論文。回漢學者的這些著述和譯作，奠定了我國回族曆史及伊斯蘭教曆史研究的基礎。回漢各族學者攜手合作，共同開拓了我國民族、宗教史研究的新領域，同時也為近現代回族倫理文化的研究奠定了基礎。
隨著回族新式教育和學術研究活動的開展，有關回族伊斯蘭文化的圖書出版和發行工作也得以發展，在全國各地回族聚居區相繼出現了一些回族伊斯蘭文化的圖書出版發行機構。同時，各地回族還創辦了不少報刊。回族最早的報刊是丁寶臣於1906年在北京創辦的《正宗愛國報》。該報以白話文開通民智，反對君主專製。辛亥革命後，該報還揭露北洋政府的施政，宣傳討袁。成達師範創辦的《月華》是回族報刊中曆時最久、學術水平較高、影響較廣的刊物，先後有孫繩武、趙振武、龐士謙等回族著名學人擔任主編。該刊以增進回民的國家觀念和愛國精神，發揚伊斯蘭教優良傳統為宗旨，刊登的文章涉及學術研究、教義教理、倫理道德、調查記事、史料掌故以及國內外穆斯林動態等，內容廣泛，信息豐富。此外，雲南回教俱進會創辦了《清真鐸報》，發表了大量文章，高揚愛國旗幟，學術、時事並重，在雲南回族穆斯林中有較大影響。到1949年，全國各地回族穆斯林創辦的各類報刊達140餘種，這些刊物為開啟民智，宣傳愛國精神，喚醒回族文化自覺，推動回族新文化運動發揮了積極的作用。這些刊物所載的文章，以愛國愛教為核心的回族倫理道德內容占據了相當的篇幅。他們闡釋回族伊斯蘭文化中的愛國思想，提出了各民族“同國如同舟”“保國即保教”“愛教不忘愛國”“國強則教興”等觀點，號召回族人民“專其心力挽救危局”，使回族人民將國家榮辱興衰與本民族前途命運有機結合的民族文化自覺空前提高。