據有人統計，愛默生自從1836年前後對儒家發生興趣後，在不同地方摘錄引用了孔子和孟子的語錄多達百條，內容涉及儒家在道德、人性、修身、治學等方麵的思想。不過林林總總，九九歸一，所有這一切又都從屬於愛默生超驗主義的思考，從屬於他的關於“超靈”（over—soul）這一更為廣泛普遍的概念。
超靈是愛默生世界觀的核心，也是他的哲學的基礎。所謂超靈就是統轄宇宙的唯一心靈，唯一意誌，萬物從中產生並相互配合：“隻有一個心靈，每個人都是通向它的走廊，祈禱是它的地址，宗教是這一心靈的自尊。”愛默生崇尚靈魂，把靈魂視為宇宙、世界和人的本質。對他來說，不是人擁有靈魂，而是靈魂擁有人，隻有服從無處不在、無所不能的靈魂（這是“超靈”的正解），人才可能達到超越。同時也隻有通過人的超越，才有自然與人的結合，才有宇宙靈魂的整體性，從而作為整體靈魂一部分的人也就可以和上帝合一了。這樣，超靈不僅消除了時空的區別，也超越了人神的界限，成為宇宙間的“唯一”。
愛默生認為，這個“唯一”是世所公認的，隻不過在不同文化的接受者手中被賦予了不同名稱，如光明、良知、精神等等。他在《論自然》中說，“唯一”意味著“人的靈魂中存在著最崇高的東西，那令人敬畏的宇宙的本質。它不是智慧，也不是愛情、美或權力，而是萬物一統”。這個“唯一”或“萬物一統”，在孔子那裏的表述就是“吾道一以貫之”的“一”。愛默生的根據是他讀到的《論語》英譯本。在英語文本中，愛默生所說的“萬物一統”和孔子說的“一以貫之”的“一”，二者對應的語詞都是unity。認為愛默生的超靈說和孔子學說有密切關係，是有道理的。
然而，孔子所謂的“一以貫之”，是從倫理道德和學養的操守而言的，並不就等於愛默生的唯靈論的宇宙一元論。看一下《論語》兩段常為人引用的原文就清楚了——
子曰：“參乎！吾道一以貫之。”曾子曰：“唯。”子出，門人問曰：“何謂也？”曾子曰：“夫子之道，忠怒而已矣。”（《裏仁》）
子曰：“賜也，汝以予為多學而識之者與？”對曰：“然，非與？”曰：“非也，予一以貫之。”（《衛靈公》）
前一段孔子的“一以貫之”，經其大弟子和學說傳人曾參的診釋，是有關人際倫理的根本原則，具體說即“忠恕”；後一段通過和另一大弟子子貢的對談，表明孔子的學術不是單純的知識博學，而體現了更為重要的“一以貫之”的道。
愛默生所說的無處不在的超靈，乃至整個超驗主義哲學，由於強調了個人靈魂無所不能的力量，必然帶上神秘主義的色彩。愛默生本人也喜歡現身說法，渲染人和上帝合一的神秘的通靈感。《論自然》記述了他在朦朧冬日裏的一次親身體驗：站立在空地上，我的頭沐浴著清新的空氣，上升到無限的太空。——所有卑鄙的自我都消失殆盡。我變成了一隻透明的眼球，我是烏有，我看見了一切。上帝的血液在我周身循環，我是上帝的一部分和一分子。
孔子呢？他一方麵“不語怪力亂神”，對鬼神取“敬而遠之”的態度，另一方麵，如果有什麼神或上帝，那也是高高在上的主宰，左右著下民的禍福或生死，和人遠遠地拉開了等級。這個神或上帝，《論語》裏稱之為“天”，不止一次地提起。孔子周遊列國時遭宋國主管軍事行政的司馬桓魁追殺而脫險，他向弟子們自誇有天的佑護，頗為自得：“天生德於予，桓用其如予何？”（《述而》）得意門生顏淵不幸早夭，他歸咎於天命：“天喪予！天喪予！”（《先進》）當不得意而孤獨寂寞時，他又向天呼籲：“莫我知天夫……知我者其天乎？”（《憲間》）甚至“存亡繼絕”、“克己複禮”、複興周文化的使命，他也認為是天降大任於他的。在離開衛國轉赴陳國的途中，從匡人的拘禁中脫身後，他又發了通感慨：“文王既沒，文不在茲乎？天之將喪斯文也，後死者不得與斯文也；天之未喪斯文也，匡人其如予何？”（《論語·子罕篇第九》）但無論處在什麼情況下，均不可能出現那種心靈體驗意義上的“天人合一”。
孔孟思想主要成分是社會倫理哲學，它也不可能像深受浪漫主義影響的愛默生那樣，注重自然，把大自然當做人和上帝互相融洽為一的契合點。即使是愛默生擊節稱賞的“浩然之氣”，那也相當於更具抽象的普遍意義的“存在”，而不是孟子本來意義上的主觀修養的精神。
不過，超驗主義同時也是強調道德的學說。愛默生認為，“世界是道德的世界，道德的法則存在於大自然的中心”；不僅如此，“世間所有的一切都是達到道德目的的手段”。如果和宗教信仰相比較，那麼“人類心目中關於上帝的概念是個多變的光體，可道德情操是不變的”。正是在這裏，孔子儒學的道德信條為愛默生提供了大量的思想材料，孟子的有關論述也同時為他大量引用。
合乎人性的“仁”和人文主義背景的道德準則很容易合拍，愛默生引述了孟子《盡心下》篇的話：“仁也者，人也。合而言之，道也。”誠實是他強調的另一重要道德標準，所以孟子在《離婁上》篇說的“誠者，天之道也；思誠也，人之道也”，和孔子後學所著的《中庸》中“自誠明，謂之性。自明誠，謂之教。誠則明矣，明則誠矣”一段話都出現在他的文章和演說中。孔子和孟子其他有關重義輕利、主張修身和自律等論述，也都紛紛見諸他的筆下。