經過和新疆官員和他們的談判，保留了整個省政府和地方政府，隻是對警察廳和財政廳派出了專人負責，其他的官員不變。各個部族首領地盤不變。一切照舊。最終這場動亂以妥協的方式收場。國民政府給了一個新疆駐屯軍的番號。下設三個師九個旅的編製。馬峰出任駐屯軍軍長。
九月10日新政府就職後，新疆各地都穩定下來。在軍方的建議下，新疆各地都安排了駐軍。南疆組建了三個暫編團，都是沒有番號的地方治安部隊負責喀什、庫爾勒、葉城等地防務，北疆組建了七個暫編團負責北疆各地的治安維持。這些都是從難民中招募的兵員。
青島市的設立和新疆、緬甸、三江三塊實際控製領地的出現。使張一鳴再次升級了，這次新疆的領土麵積是160萬平方公裏，獲得了160萬點獎勵點數。加上緬甸和東北、青島總計獲得了234萬點數。張一鳴的軍銜上升到了少將。他可以直接指揮三萬六千名生化士兵，以及六千名核心戰士。
核心戰士除了一千人保留做特種部隊和警衛力量外，大部分都培訓成中級軍官。派到新疆一千多人，負責把新疆各個的民團都組織起來，生化戰士派出了六千人到新疆做基層軍官。把連隊都抓起來。這些軍官都在基地下載了係統的信息，可以說是這個時代最出色的軍官。而軍官是軍隊的靈魂。隻要有高素質的軍官就不怕訓不出來高素質的士兵。
新疆各地都在征兵和擴大軍隊，每個鎮級別的基層單位都會設置武裝部，安排一位生化戰士做部長。負責組織當地的民兵和民團。用來將來補充到新疆駐屯軍。在這些人大量進入新疆的同時。一支由三千多人的施工和專家隊伍進入新疆，在各地考察當地的土壤情況，並分散到各地籌劃建立屯墾農場事宜。這裏麵有一百多支十多個人的打井隊。在各處打出大量機井。新疆的荒地有的是，就是缺水。打出井後，大量的土地可以用來種植糧食和棉花。
按照計劃，到31年底，新疆地區人口將從1928年的288萬增加到500萬，其中漢人將占到一半以上。今後將會持續的移民新疆。最終將移民一千五百萬左右，徹底控製整個新疆。新疆的問題就是缺水。新疆將大力開發自然資源，發展工業。新疆的土地肥沃，而且荒地眾多，隻是缺少水源，沒有水就沒法開發出來。這個是最大的難題。現在因為有了飛艇，大規模的機械設備運輸不成問題，新移民的200多萬災民中可以組織三十萬以上的民工來修築水庫和打機井。
西北地區降雨量太少，地下水很多都是千萬年前地質氣候變遷前存留下來的，一旦大量長期開采，就會出現很多問題，所以，幾十年內開采可以，時間若再長，就會出現新的問題。修築水庫也有問題，很對季節河流會幹枯，下遊的湖泊會縮小和消失。現在且顧眼前吧，先開采個幾十年再說。