兩晉、南北朝時期，是麻城建置最為複雜變化更替最快的一個曆史時期。西晉惠帝時分弋陽郡為西陽國，屬豫州。東晉屬豫州西陽郡邾城縣，北境以大別山為界與後趙接壤，故有後趙將麻秋越過大別山，進入大別山南麓的東晉邾城縣境戍邊築城，同時也說明東晉北境的防禦是很薄弱的。南北朝時期，劉宋置西陽郡，屬郢州，太始中屬豫州，複還郢州。元嘉中在西北境置長風縣，在西南置赤亭縣。大明中在西南置建寧左郡，尋改郡為縣，並赤亭縣為陽城縣。南齊屬蘄州齊安郡。梁置定州。又置信安縣及北西陽縣等建置。後為北齊屬地，置南定州，又置衡州，屬齊安郡。又屬陳，置鹿城縣等。又屬北周轄地，改南定州為亭州，複置衡州，又置東義州。此期更替以“衡州”為例，其建置沿革變更之頻繁即可見一斑。《中國古今地名大辭典》曰：“衡州，北齊置，陳廢，北周複置，隋廢。故址在今湖北黃岡縣西北。”
這一曆史時期的歧亭開始了封建政權的建置時期。南朝宋文帝元嘉二十五年（448），以豫部蠻民立縣於歧亭，名赤亭縣，屬郢州西陽郡，孝武帝大明中並赤亭入陽城，齊梁間置歧亭縣，屬十八蠻縣之一。上述陳廢北齊置衡州，北周複置，與《縣誌》北周改定州曰亭州，當指同一建置。因此，衡州故址在黃岡縣西北，當指今歧亭。至少在歧亭，南北朝時期設置過赤亭縣、歧亭縣以及衡州（亭州）等封建基層政權治所。梁朝時建寧太守黃天賜複築城於此，陳朝時，隋將揭素居永安，造大艦伐陳，南康內史巴仲肅屯兵於歧亭守之，素乃登岸，先攻其寨，仲肅軍卒夜潰。《隋·高祖本紀》記載：“高祖開皇十一年（588）十月甲子，隋大舉伐陳，敗其兵於歧亭”。證明南北朝時期，歧亭已作為軍事要塞築有土城寨，進一步體現出在封建割據政權林立的戰爭時期，扼守歧亭的重要性。
隋開皇十八年（598），置麻城縣，屬永安郡。另據北宋樂史著的《太平環宇記》載：“蔴城縣，東北一百七十裏，舊四鄉，今六鄉，本漢西陵縣，周大象元年置。唐元和三年並入黃岡，後複置……”這個“蔴城縣”就其地望和隸屬關係，應該就是後來的“麻城縣”。但是，這片地域當是剛從陳朝占領過來的，兩年後北周被隋所滅，因此，這個“蔴城縣”的建置是否落實到位，是很值得懷疑的。況且，“蔴”與“麻”音同而義歧。筆者以為，以十九年後隋置“麻城縣”為肇始更穩妥些。唐朝武德三年（620）複置亭州，領麻城、陽城二縣，尋廢入麻城。在西北境置仙居縣，武德八年廢亭州，仍省陽城入麻城縣，元和三年省麻城入黃岡，大中初複置麻城縣，屬淮南西道。自此麻城縣作為縣一級政權成為定製，一直存留下來。
五代時期，麻城縣先屬吳，後屬南唐。趙宋政權建立以後，地方政權的建置穩定下來。兩宋時期，麻城縣隸屬淮南西路黃州郡。值得注意的是，兩宋時期麻城縣治所的建置，《縣誌》隻記載在南宋晚期的端平二年移縣治於什子山，元（末）複舊治。筆者對此早存疑惑，後從清代的《縣誌》中發現了蛛絲馬跡，並參考其他資料以及出土文物，對兩宋麻城縣治的建置提出了新的觀點。拙作《麻城縣誌考》在否定以閻河古城為宋代麻城縣治的基礎上，以《縣誌》記載的儒學與縣治同時興建於宋、元季兵燹，明代在宋元遺址重建儒學為主證，以五腦山廟始建於宋及其祀主的故事經曆發生在今址麻城為旁證，以有年號可考的縣令張毅為人證，以新近出土的南宋銅錢窖藏為物證，推論在北宋早期偏晚或中期偏早，即宋真宗晚期至宋仁宗前期，麻城縣治已由閻河移治今址，並在今址麻城老城區的中心位置，修築了縣署、儒學及其他廨署建築。其遷徙今址最遲的下限時間當在張毅始任縣令的嘉祐年之內。
因此，元末麻城從什子山還舊治，即還今址麻城，而不存在明初再遷治的問題。其時已由鄉民薑銘聚民修築土城，明代各朝知縣逐步增修城垣，修建城樓和磚城，並在城內修築縣署、儒學、鍾鼓樓等一係列市政設施，至明末崇禎朝，城垣周九百五十八丈，崇一丈七尺，厚一丈，全部為磚石城垣。清代各朝均修葺城垣，疏挖城濠，並繼續增擴建不少市政建築。
歧亭地界黃（州）麻（城）之交，又扼南北咽喉，已成為麻西南之門戶重鎮。明成化間知縣胡琮在歧亭建西館驛。明嘉靖三年，麻城土賊胡廷鳳，歧亭人，逃居西山，每秋徂春入縣劫掠，屢寇歧亭，大為民患。巡撫按奏設兵備府，添駐捕盜，設駐捕道判，辛卯年（1531）通判羅瑞登伐石甃城，城垣周約五裏，設五門二十八樓駐守，條陳防禦十事。從此歧亭便有了易守難攻的磚石城垣。在築城中掘出一碑，上有“龍集縣”字，但不知何時代所置。而據《黃州府誌》載，《天下郡國利病書》引唐巡撫疏曰：“歧亭鎮即隋唐之龍集縣也。”不詳所本，留以備考。萬曆庚申（1620）通判韓煥複增城垣、修建通判署等。清初因明製，設通判。順治丁亥（1647）以黃州同知移駐，先是舊署頹圮，官寓民舍，同知胡鎔捐修舊通判署，為戎署儀門一、大堂一、左右科房六、鍾鼓亭、二元堂，官廨學房各成次第。康熙同知於成龍鎮守歧亭，於杏花村故址修建“宋賢祠”，創“杏花書院”。後又率鄉兵平定“東山起義”。於成龍“祀入黃州名宦，歧亭另建專祠”，即杏花村之清端祠。清鹹豐九年（1859），浙江供事王震繼諸暨進士周炳鑒任歧亭同知，在杏花村故址重建歧亭三祠。光緒元年，同知唐訓邦又重建通判署。明清曆屆通判、同知在歧亭多有建樹，麻邑人稱歧亭同知為“二府”，其舊址尚存。