忍者因為其特殊的身份地位在日本發展的曆史中扮演著不同的角色，曆經起落沉浮。散落於日本列島各地的忍者們有的因為遭到政治打壓，有的因為主君被殺成為浪人，有的則是厭倦了腥風血雨，江戶時代中後期，大部分忍者都選擇了退隱家鄉。為了生計，忍者們也逐漸正式地將忍者五道之“藥”作為了謀生的工具。甲賀流53家中最有實力的望月家在明治時期，就以在伊勢淺熊嶽的明王院販賣神劄和名為萬金丹的藥品作為主業。
正因為甲賀的地域優勢和甲賀忍者的轉變，隨著時間的推移，現代的甲賀地區已經是全日本擁有製藥企業最多的地區之一了。
忍者的常用藥
深悟漢方醫學之道的忍者，通過不斷的學習與研究，整理製作出許多實用的藥品。在這些經典的常用藥中，忍者根據使用的層麵，將其分為日常口服和任務應急兩種。下麵就來介紹一下忍者這兩大類藥品中最經典的幾味常用藥品。
日常口服類藥品
紫金丹
紫金丹，也叫太乙紫金丹、玉樞丹，最早記載於中國宋代王璆原所著的《百一選方》。忍者根據傳播演變後的漢方醫學所配製的紫金丹，其基本製法和中醫學製法基本相同，分別將山慈姑、五倍子、大戟以及麝香幹燥後磨成粉，再將藥粉做成藥丸。山慈姑是鬱金香的鱗莖（地下根莖），具有良好的滋陰壯陽的效果；五倍子是鹽膚木的葉子，含有大量鞣酸，對治療上吐下瀉效果顯著；大戟具有消腫散結的作用；而用作香料的麝香則可以開竅，通經絡，消腫止痛。
紫金丹的應用功效非常全麵。內服可以醫治因穢惡痰濁之邪引起的急性胃腸炎、食物中毒、痢疾等疾病；外敷則可消瘡腫，治療皮膚及軟組織急性化膿性感染疾病。由此可見，既能內服又能外用的紫金丹，也非常符合忍者一貫的一物多用的實用性作風，所以紫金丹作為忍者的必備藥品，成為任務中隨身必帶的忍具。
也正因為紫金丹的神奇功效，忍者借此來完善自己賣藥人的偽裝，可以避免敵方的懷疑，更好地探查環境收集情報。
陀羅尼助
陀羅尼助，這種以印度佛教孔雀明王陀羅尼命名的藥品，是由黃蘖樹的皮在水裏熬煮直至熬幹製成的。陀羅尼助這種腸胃藥在日本盡人皆知，被認為是漢方藥中最為著名的藥品。日本著名落語家桂文屋的原名就叫陀羅助，名字就是源自這種味道苦澀的胃腸藥。從這個側麵就完全可以看出陀羅尼助的知名度。至今在其產地吉野大峰山地區，人們還將陀羅尼助作為饋贈親友的禮品。由於黃蘖樹皮對大腸菌、赤痢菌、霍亂菌、葡萄球菌等有良好的殺滅作用，陀羅尼助是忍者經常攜帶的腸胃藥，此外，因為忍者要長時間埋伏，有時用舌頭舔食少量陀羅尼助，可以提神醒腦、消除困倦。
蟾蜍油
《火影忍者》中火影忍村比較知名的三忍之——的自來也，他給自己的封號就是“妙木山蛤蟆仙人”，就連自來也的忍術也都與蛤蟆息息相關。作者這些看似頗具戲劇性的杜撰實際上也並非空穴來風，忍者自古以來與蛤蟆就有著不解之緣，作為忍者常備藥品之一的蟾蜍油便是其一。
蟾蜍油是忍者常備的一種漢方藥。在日本的時代劇中，常常有這樣的鏡頭：為了偵察刺探情報，忍者化裝成放下師在街頭進行雜技表演。為了更好地偽裝身份，忍者在表演結束後會兜售一種藥品，這便是蟾蜍油。
蟾蜍油實際上就是我們所熟知的蟾酥。蟾酥是中藥材裏攻毒殺蟲止癢藥的一味，有解毒止痛的功效。蟾酥主要為中華大蟾蜍或黑眶蟾蜍的耳後腺和皮膚腺體的分泌物幹燥後的晶體塊。忍者一般將捕獲的蟾蜍洗淨，擠取耳後腺及皮膚腺的白色漿液，用瓷器承裝，以待凝固。然後取出搗碎，加入一定量的白酒浸漬，並攪拌成稠膏狀，取出、幹燥、碾碎。
忍者主要通過蟾蜍油來解毒止痛，可以用來治療瘰鬁、咽喉腫痛，牙痛等症。此外蟾酥還有很好的消腫和止血的功效。蟾蜍油廣泛用於內服丸劑或者散劑。例如忍者經常將蟾蜍油與麝香、朱砂調配製成蟾酥丸，既有治療癰疽和惡瘡的功效，又可以開竅醒神，治療神昏吐瀉。
和蕺草
和蕺草，又名蕺草、魚腥草、蕺菜。這種散發著特殊臭味的白色十字花不但有著分外晶瑩的形狀，也有著神奇的藥用功效。其散發出的臭氣中蘊含的抗菌能力是當今醫學廣效性抗菌劑磺胺劑的四萬倍。此外，它還有改善便秘、利尿以及強化毛細血管抵抗能力的作用。在《本草綱目》中，也有將和蕺草新鮮的葉子擠出的汁塗在傷口、紅腫處以及毒蟲咬傷處，以作為緊急解毒劑的記載。正因為和蕺草可以用於治療各種疾病，因此在日本被人們稱作包治百病之藥和民間藥物之王。
這樣有多種醫療作用的草藥，忍者自然不會視而不見，蕺草也是忍者五道的“藥”道中不可或缺的一味草藥。在應用上，一般將新鮮的和蕺草加鹽適量搗敷，然後再配合內服來治愈傷口，消腫解毒。
銀杏與白果
銀杏樹，被稱為世界上最古老的植物。白果，即銀杏樹的種仁。早在大約1億年前的侏羅紀後期，銀杏樹就廣泛分布於地球上。因此，有人將銀杏樹稱為“活化石”和“孑遺植物”。中國人種銀杏樹曆史悠久，因為佛教認為銀杏是聖樹，所以僧侶們在廟裏栽種，有些寺廟裏的銀杏樹已經有1500年的樹齡。因為銀杏樹在儒學和佛教都很有名，日本和朝鮮也廣泛種植。在忍者活躍的戰國時代，銀杏樹已經非常普遍。