而在織田信長的家臣太田牛一的著作《信長公記》中，對這一事件有著詳細的記載：明智光秀團團包圍本能寺，聽到異動的信長派近侍森蘭丸前去打探，結果得知“好像是惟任日向守（明智光秀）大人發動了反叛”。信長遠望敵軍打出水色桔梗家紋的旗幟，歎道：“也是沒有辦法的了（是非に及ばず）。”便喚侍從取弓出外迎敵，然而敵軍人多勢眾，信長也在亂軍中負傷，侍衛忙喚信長逃脫。信長見此說道：“此地內外皆為敵兵所占，我等逃脫定然不成！”最後回到寺內，喚侍衛取鼓，人生最後絕唱：“人生五十年，與天地相較，宛如夢幻，一度得生者，豈有不滅乎？”（人間五十年下天のうちをくらぶれば夢幻の如くなり一度生を得て滅せぬ者のあるべきか。）唱罷命森蘭丸在寺中放火，自殺身死。而大火又因本能寺儲存的大量火藥更進一步助長了火勢，隨後本能寺徹底焚毀，信長的屍體也隨之下落不明。
接到明智謀反的消息，身旁也隻有數百人的織田信忠認為“謀這等大逆的賊黨，必已把守了各個重要路口，一旦途中遭遇就不妙了，還是不要作徒勞的移動”，遂否決了近臣逃到安土城興兵討伐明智光秀的建議，匆忙逃離妙覺寺，和當時京都的行政長官村井貞勝一起逃到誠仁親王居住的二條禦所，明智光秀在誠仁親王離開二條禦所後便開始發起進攻，奮戰了兩個多小時後的信忠和五弟織田勝長最後因寡不敵眾而被迫自殺。信忠當年26歲。
謎團重重的本能寺之變
為什麼明智光秀會背叛織田信長，發動本能寺之變？關於明智光秀起兵的動機，存在著多種猜測。例如江戶時期以來一直到昭和時期的小說所廣泛采用的光秀怨恨說，德川家康因嫡男與其妻築山殿被殺而策動明智光秀謀反的家康黑幕說，長宗我部元親通過妻兄齋藤利三慫恿明智光秀叛變的長宗我部黑幕說等。而在近年通過考證與研究，本能寺之變的原因，不是任何一方單方麵的計劃，而是一個多層麵策劃的結果。
1582年4月25日，信長在滅亡武田家之後，朝廷派遣勸修寺晴豐與織田家京都奉行村井貞勝提出希望織田信長從太政大臣、關白和征夷大將軍中選擇擔任其中一個職位的想法，並請村井為信長轉達，讓朝廷可以做好準備。1582年5月4日，勸修寺晴豐向信長表達天皇希望信長接任征夷大將軍一職，開設幕府。而已知此事的信長卻刻意避而不見，並派森蘭丸前去表達保留此事的態度。這史稱“三職推任事件”。
而之前信長在1578年辭去右大臣事件、天正改元事件、正親町天皇讓位事件等雙方的政治衝突，再加上信長火燒比睿山、屠殺伊賀忍者等一係列對天皇朝廷的旁敲側擊的激化下，朝廷認為拒絕開設幕府的信長完全有可能以他的“異”來推翻原有的天皇製度。這是天皇朝廷絕對不能容忍的，因而聯合支持並忠於天皇朝廷的明智光秀和其他憎恨信長的勢力一同發動了本能寺之變。而在此之中，怎能沒有對信長恨之入骨的伊賀忍者？……
光秀、朝廷、市、伊賀聯手
信長因為他的“另類”，在本能寺之變前，發動了無數次針對朝廷的壓製與對異己的抹殺。特別是火燒比睿山和“天正伊賀之亂”，除了得罪了天皇朝廷之外，徹底地得罪了為數眾多的渡來人。之前曾經不止一次地提到過，忍者從身懷絕技的渡來人到稱霸一方的家族式豪強一族的曆史演變。而除去一部分演變成忍者的身懷絕藝的渡來人之外，很大一部分渡來人以身懷各種技術遊民的形態分布到了日本全國。其中又有一部分人逐漸發跡，成為了武將官僚，甚至大名。日本傳統對於天皇朝廷的膜拜，再加上渡來人對於信長的恨，本能寺之變就在這種多層麵的影響下，應運而生了。
明智光秀的前半生一直是個謎。有的說他是若狹小浜的鍛刀師冬廣的次子，有的說他最早住在美濃明智，叫禦門重兵衛。其實，他的出身就有可能是渡來人，而且不是美濃的名族土岐氏一族，完全就是美濃明智人。
概括地說，光秀極可能出自渡來人之中的秦氏。據說本能寺之變後，光秀一族的明智左馬介光春等人投靠長宗我部元親，逃到土佐。而且，繼承光秀妹妹血脈的春日局也曾在土佐待過一段時間。長宗我部元親的先祖是信濃的秦能俊，平安末期來到土佐的長岡郡宗部鄉，從地名得姓長宗我部。
但是，如果把光秀是秦氏一族這件事公諸於眾的話，有人就感到麻煩了，恐怕就是本能寺之變的幕後主謀或是同犯。因為他和光秀的連接點就在於他們同是秦氏一族。因此光秀的前半生被刻意抹殺，相反，後半生從出仕足利義昭到本能寺之變，再到山崎合戰之間的經曆被大肆宣揚。
不管怎麼樣，在本能寺事變之前，明智光秀與朝廷、特別是吉田兼見有過頻繁會麵，這是事實。
而信長在出征中國前，受朝廷、公家之邀，帶著少數隨從進京，住在本能寺。
光秀得知此事，突襲本能寺。
如果信長一直待在安土城，從一開始就不會有這次暗殺計劃。一切都始於將信長引到京都。如果信長拒絕進京，那光秀的13000大軍離開丹波龜山城後，就將沿西國街道一路向備中高鬆城挺進。