跨度長達百餘年的戰國時代，對於日本曆史有舉足輕重的意義。那個時代特有的動亂和紛爭，也推動了忍者這一家族式的戰爭職業的發展。而隨著德川家康的天下一統，迎來了近三百年的和平時代，因戰爭而生的忍者，也逐漸在輝煌下落幕。
但這最終的謝幕，依舊絢麗，以至於多少年後，人們都無法忘記忍者在這段曆史中那驚鴻的一瞥。
（第一節）櫻花飄散，忍之落幕
事窮勢蹙之人，當原其初心；功成行滿之士，要觀其末路。在曆史畫卷中放射出耀眼光芒的忍者經曆了輝煌的戰國時代後，就如日本國花——櫻花一樣，在片刻的絢爛之後，逐漸凋零，最終飄散風中。
失去陽光的花朵
忍者不同於任何一種武術流派。忍者的修煉不是為了強身健體，完全是為了最實際的戰鬥需要。這個從忍者的修行中就一目了然。忍者的所有修行，為的都是在身體素質上強於常人，避免被人發現，一鼓作氣消滅對手。而在忍者經典典籍《萬川集海》中，藤林保武更是說忍者就是來自於兵法策略的需要。正心，正何心？忠於主君的心。將知，將何知？忍者在戰爭中的重要作用。每一個忍者生來就是為了戰鬥。由此，如果沒有了戰爭，忍者究竟何去何從？
戰國時代為忍者提供了生長必需的肥沃土壤。幾百年的戰國紛爭，不僅僅留下了一個個武將英雄的名字，還留下了一個發展強盛的兵種職業。也正是忍者這個兵種職業，在亂世戰國中起到了重要的作用。通過之前的分析，我們可以得知，正是忍者在戰爭中的身影，使整個日本的曆史都發生了重大的改變。這完全就是一種蝴蝶效應。
江戶時代，雖稱不上十足的國泰民安，但最起碼已經遠離了那個動蕩不堪的年代。戰火已經熄滅，人們生活在相對穩定安寧的社會裏。這個對於忍者來說，就好像盛開的花朵失去了陽光一樣，沒有了戰爭，忍者同樣一無是處。時代已不需要忍者了。於是，忍者逐漸消失，逐漸凋零，消散在黑暗中，留下的隻是一團神秘的光影。
忍者沒落的深層原因
如果把忍者比作綻放的花朵，戰爭比作培育它的陽光的話，那麼社會政局的動蕩自然就好比是太陽了。德川家康結束關原大戰建立江戶幕府後，為了鞏固政權，采取了嶄新的統治政策，頒布全新的法令，並對社會結構重新劃分。於是，戰爭動亂這輪黑色的太陽終於日落西山……
那麼，德川幕府究竟采取了怎樣的統治政策呢？
德川幕府對自己的統治進行了封建製改革，不過其統治政策不同於歐洲或中國的封建製度，這是一種以將軍為核心的極度集權政治。
1615年德川幕府發出一國一城令，限令各藩除藩都以外，所有城堡一律夷平，防止大名軍事實力過高起兵造反。家臣武士被集中在幕都或藩都城堡周圍的城下町聚居，加強幕府及大名對家臣的控製。
1633年德川幕府強製實行參覲交代製度，命令諸侯經常定期來江戶覲見，在江戶城留府供職，大名一年留國一年留府，關東地區之大名更是要每半年覲見一次，而大名留國期間，須將妻子定居江戶府上。此製度除了令他們的錢大多花在了旅費上，也令他們無時間組織叛變。
德川家康也頒布《武家諸法度》《禁中並公家諸法度》《寺院諸法度》及《諸社彌宜神主法度》，分別控製旗下的諸侯大名、住在京都的天皇公家貴族、佛寺及神社。此外，幕府也規定大名有義務向將軍作定期捐獻、為將軍作戰及資助幕府大型工程，以增加大名的支出，削弱大名實力。
此外，德川幕府為維持國家的穩定，不希望人民有階級流動的自由，遂規定人民須遵循世代的家業，不可轉移職業，要求人民都要安守本分。當時人民的社會地位由高至低基本分為“士農工商”，即武士、農民、手工業者和商人。
德川幕府之所以這樣劃分，主要是為了維護幕府的勢力和特權。限製了這些流動，便可以做到將平民約束在其家業上，有利於社會的穩定。這就徹底地將戰國時代兵農合一的製度消除。農民永遠都是農民，生下來就接受著針對農民的教育。武士則永遠都是武士，生下來就接受針對武士的教育。從思想上來杜絕叛亂的發生。
其實，這種政策從織田信長時代就已經出現，然而卻是以“禁刀令”規定下來的。最早柴田勝家在越前地區實行的，主要是沒收農民手上的武器，其目的表麵是完全做到兵農分離的目的，但實際上是為了防止農民起義——一揆的發生，加強對庶民的統治。如此使得武士和農民的階級身份更加穩固。之後豐臣秀吉在1587年，也出於同樣的目的頒布了隻有武士才可以佩帶長劍；在1588年，又向全國發出“禁刀令”，並將沒收的武器都拿去塑造京都東山大佛殿的釘子，以此來對不同的階層進行嚴格界限。
而德川幕府在延續這種曾經的階級劃分的同時，又采取了重農輕商的政策。這同樣是針對占全日本人口最大的農民。極力限製其階級的流動性，也便限製著人民的地區流動性，以方便管治。而為了使政策更加順理成章，德川幕府重視農業，希望將絕大部分人民維係在他們的土地上，而禁止他們如商人般自由流動。另外，農業對幕府還有重要的作用，即幕府的最主要收入是田賦。針對商人，幕府則可任意強令商人向它捐獻。幕府對外支出也使用大米而不用黃金，可見它對商業經濟的否定。更值得注意的是，幕府實行的所謂“重農”其實隻是相對“抑商”而言，幕府重視農業在於維持社會穩定及自身財政，而非厚愛農民。