在太白山海拔3000米以上的高山區，還保存著比較完整的第四紀冰川遺跡。該保護區是開展科學研究難得的“天然實驗室”。
金絲猴的故鄉——周至自然保護區
周至自然保護區位於陝西省周至縣境內，麵積達52931公頃，1984年經陝西省人民政府批準建立，1988年
晉升為國家級，主要保護對象為金絲猴等珍稀動物及其生態環境。
本區地處秦嶺主脊之北側，最高海拔2996米，相對高差近1800米。區內植物種類複雜、資源豐富，高等植物有622種，其中屬國家重點保護植物與省級保護植物20多種。在海拔1500米以上的落葉闊葉林與針闊葉混交林中，分布著14群，總數約1500隻的金絲猴，是我國金絲猴種群數量最多、分布最集中的地區，近年來還曾多次發現白色金絲猴。
本區除金絲猴外，還分布有一定數量的羚牛、大熊貓等珍稀動植物，具有重要的保護價值。
奇特的羚牛——牛背梁自然保護區
牛背梁自然保護區位於陝西省長安、柞水、寧陝三縣交界處，麵積達16418公頃，1980年經陝西省人民政
府批準建立，1988年晉升為國家級，主要保護對象為羚牛及其生態環境。
本區地處秦嶺中段，秦嶺主脊自西向東從保護區的中部通過，最高峰牛背梁海拔2820米，相對高差達180
0米以上。區內森林茂密、植被覆蓋率高、植物資源豐富、野生動物種類較多，據初步調查，有高等動物100多種，其中國家重點保護動物有羚牛、黑鸛、豹等10多種。羚牛是本區的保護重點，主要分布在海拔2400米以上的冷杉林和鬆林中，種群數量約100多隻。
秦嶺南麓的綠寶石——長青自然保護區
長青自然保護區位於陝西省洋縣境內，麵積達29906公頃，1994年經陝西省人民政府批準建立，1995年晉升為國家級，主要保護對象為在熊貓及其生態環境。
本區地處秦嶺中坡南段，海拔900-3071米之間。區內氣候溫和、濕潤多雨，自然生態係統保存基本完整，動植物種類繁多，資源豐富，國家重點保護植物有水青樹、連香樹等21種，國家重點保護動物有大熊貓、金絲猴、羚牛等25種。本區為秦嶺大熊貓的集中分布區，現有大80餘隻，約占秦嶺大熊貓總數的1/3，保留著一具相對完整和相對穩定的大熊貓繁殖群體，是一處最有價值的大熊貓分布區。
“野生大熊貓最有希望生存繁衍下去的地方”——佛坪自然保護區
佛坪自然保護區位於陝西省佛坪縣境內，麵積達29240公頃，1978年經國務院批準建立，主要保護對象為在熊貓及森林生態係統。
本區地處秦嶺中段南坡，最高峰魯班寨海拔2904米，相對高差1900餘米。區內峰巒疊翠、氣候溫和、森林景觀原始古樸、動植物資源極其豐富。高等植物有1580種，其中國家重點保護植物有連香樹、獨葉草、星葉草等20多種；高等動物有265種，其中國家重點保護動物有大熊貓、羚牛、金絲猴等20多種。大熊貓是本區的保護重點，不但分布密度全國最大，且有棕色大熊貓在這一地區神秘出現，被譽為“寶中之寶”。