翁獨健的蓋棺定論與20世紀30年代傅斯年所言一致，後者總結道：“伯君將已泯滅之數個中亞語言恢複之，為中亞史之各麵及中國外向關係增加極重要的幾章，糾正無數漢學之錯誤，鞭策一切之漢學而為妄說者以向謹嚴，繼茹裏安、沙畹以建立巴黎漢學派之正統。影響所及，德、奧、瑞典、英國、美國以及日本。此君固中國以外，全世界治漢學者奉為祭酒者也。”（《論伯希和教授》，見《傅斯年全集》，第7冊，2350頁。）
但是，伯希和的學術地位與水平也時常遭到挑戰。早在1910年前後，法國學術界的一些人就懷疑伯希和在莫高窟所寫關於敦煌卷子的按語和評論是否屬實，“他們簡直不明白，在荒野上和遠離圖書館的地方，他怎麼還能夠詳細地回憶起某些論據和原文”（《絲綢路上的外國魔鬼》，188頁。），進而疑心其所得遺書為贗品。晚年又有人不滿他無係統著作，指其“惟乏組織與創造力，故無專門巨著。生平述作，多以書評式為之”（《外國漢學研究概觀》，載《國學叢刊》，第5冊（1941年7月）。）。前一懷疑容易澄清，後一指責難以解脫。直到當代，伯希和的學術地位仍不時受到質疑，或稱之為“雜家”，或說他：“主要是位語文學家。他對文獻本身的興趣要比對曆史的興趣大。”“伯希和從來沒有出版過整部的著作，但發表了大量的文章和短文，涉及的題目極為廣泛：地理學、文獻學、宗教教派等。”（程艾藍：《法國的古代中國研究》，見《國際漢學》，第1輯，367頁。）
對於“論者頗有以偏狹瑣屑為先生之學病”的指摘，翁獨健曾加以申辯：“其實先生之治學精神，求精確不求廣闊，求專門不求閎通，寧失之狹細，不寧失之廣泛，此正先生之長處，悉足為先生病。”（《燕京學報》，第30期（1946年6月）。）然而，伯希和的本意，應無精確與廣闊、專門與閎通的對立。對此所生爭議，固然反映了不同學術流派的觀念分歧，更重要的還是見識高低。今人往往誤以撰述為博通，其實通與不通，不在作品的形式，而在其達到的境界。就此而論，伯希和所為仍與沙畹關係匪淺。西洋漢學之所以到沙畹始成一種係統的專門學問，在於他對這一領域的艱深博大有著切身體驗，懂得“中國有史三十世紀而迄未間斷，其雄偉深奧，確可成一獨立學科而有餘，蓋非久涉獵之士，不經訓練所能操觚者矣”。因此“深用遜抑，自限於書本功夫與中外關係，以產生其卓特之貢獻”（《法國漢學家伯希和蒞平》，載《北平晨報》，1933年1月15日。）。不僅以此自律，更用以教學。伯希和對此心領神會，他涉及範圍更廣，治學更嚴。在評論赫爾滿（AlbertHerrmann）為哈佛燕京研究所編製的《中國曆史商業地圖》時，他說：“就吾人現在知識程度而言，標題似乎略有誇張。而一人之工力，絕不能足成此種宇宙間如是廣大之問題。既有人創其始，我輩個人應各就學識所及詳究而補充之。”（《西域南海史地考證譯叢》，第1卷第5編，81頁。）
文史研究，把握博通與專精為一高超藝術，既有賴於各相關分支的進步，又需個人獨創。集體攻堅，無非湊合，單槍匹馬，則力有不逮。加以學術重在發明，而非編撰。高明如伯氏，多數所謂專著在他或為常識，而他的短評則往往是著述之上的創見。“知識增時轉益疑”，敢於出手的潛台詞，大抵是不知深淺。
伯希和所受非難，並非個別偶然。20世紀前半葉，中國學術進入推陳出新的時代，西風所被之下重新解釋的需求，使得一些人在缺乏具體研究的基礎上，急於將舊知識拚成新係統，以博取時名，造成社會名氣大者學問往往淺，學術高深之人卻知名度有限的現象。早在20世紀20年代，柳詒徵即指出學者分為有學無術與有術無學兩種，前者由實驗室、圖書館產出，後者由官廳會場、報紙、專電、火車、汽車生成，“潮流所趨，視線所集，則惟後者為歸”。但此等學者愈多，則學術愈晦。（參見柳詒徵：《學者之術》，載《學衡》，第33期（1924年9月）。）這也即孫楷第所說：“凡夫庸流所震蕩者為名浮於實之聞人，其實浮於名者，或不能盡知。一為社會的，一為真實的。”（《陳垣來往書信集》，410頁。）