新疆自古是中國的領土，秦漢以後稱西域。1755年，乾隆帝平定準噶部叛亂後，改稱“新疆”。1864年太平天國革命運動發生了，新疆地區的一些封建主乘機紛紛起兵反清，過後不久，新疆封建主金相印勾結中亞浩罕國頭目阿古柏，侵入新疆南部。到了1867年，阿古柏建立偽“哲德沙爾汗國”，勢力擴張到天山以北的烏魯木齊、瑪納斯等地，妄圖把新疆分裂出去。他對內殘酷地掠奪和奴役各族人民，對外向英俄出賣新疆的權益，以求得他們承認和支持，成為肢解中國的工具。沙俄一麵與英國爭奪對阿古柏政權的控製，一麵直接出兵強占新疆西北部的伊犁地區。西部邊陲吃緊、新疆危機。
1871年，年近六旬的左宗棠，本以打算結束軍事生涯，告病還鄉。但當他看到沙俄侵占我國新疆地區，便挺身而出，率兵西征，收複祖國大好河山。
新疆危機的同時，日本侵占台灣的事件發生了。由此清政府內部出現了“海防”與“塞防”的爭論。主張以“海防”以李鴻章為首，他認為：新疆不必收複，收複了也守不住；丟了新疆不喪失清朝之元氣，而收複新疆則給國家加重了負擔；但海防不防，就會造成心腹大患。他建議放棄新疆，邊防軍隊、兵餉移作“海防”之用。左宗棠聽後義憤填膺，他主張從祖國安危的全局出發，主張海防與塞防並重。他義正詞嚴地指出，新疆是中國西北屏障，台灣是我國海防，二者並重，一旦放棄，必將導致“我退寸而寇進尺”，則後患無窮。左宗棠的愛國赤誠之心感動了朝廷內部的部分有愛國思想的大臣。清廷終於采納了左宗棠的意見，於1875年5月任命左宗棠為欽差大臣，率兵收複新疆。
左宗棠接到朝廷的委任，心情萬分激動。他不顧個人安危，決心收複失地。他認真研究了新疆的情況，製定了“緩進速決”、“先北後南”的戰略方針。經過一年的準備，左宗棠將指揮部移往肅州（今酒泉），就近指揮。1876年4月27日，西征軍在肅州祭旗出師。左宗棠令劉錦棠統率25個營作為前鋒主力，金順率軍協同配合，進攻烏魯木齊，張曜等部嚴守哈密至奇台一線，作為後甲。8月，兩征軍越過戈壁，進入古牧地（今米泉），突然奇襲黃田，打開了通向古牧地的道路。又經過4天激戰，攻占古牧地，殲滅守敵白彥虎叛匪約5000人，取得了首戰的勝利。旋即乘機收複新疆重鎮烏魯木齊，完全斬斷了阿古柏伸向北疆的魔爪，掌握了打開南疆大門的鑰匙，並控製了烏魯木齊以西的富饒地區。
1877年4月，左宗棠組織了第二次戰役，他下達了進擊南疆的命令，又在吐魯番、達阪城、托克遜設置防線。三城成鼎足之勢，遙相呼應，易守難攻。阿古柏感到大勢已去，服毒自殺。他的兩個兒子因爭奪王位，互相殘殺，沙俄看到利用阿古柏占領新疆的陰謀將要徹底破產，便讓英國出麵“調停”。左宗棠一眼看穿了英、俄的險惡用心，堅決拒絕“調停”，指揮軍隊乘勝前進。1878年1月阿古柏的反動政權土崩瓦解。
這次戰役振奮了民心，在阿古柏蹂躪之下的各族人民終於獲得了解放。
平定阿古柏之後，左宗棠立即向清政府奏請收複伊犁。認為要“乘此兵威，迅速圖之”，切不可錯過時機，如果拖延時間，沙俄“愈進愈逼”，而清軍“饋運艱阻，勢將自絀”，恐怕難以得手。清政府派出大臣崇厚為全權大使赴俄國談判收回伊犁事。昏庸無能的崇厚，在沙俄的威逼下，竟擅自答應帝俄對我領土的要求，換回的隻是伊犁空城。消息傳來，朝野嘩然。左宗棠憤慨不已，他上書道：“為今之計，應先以理力爭，如行不通，就決以陣戰，必以堅忍而求勝。臣雖年衰才庸，敢不為國奮勉？”朝廷十分稱讚他的忠勇。改任曾紀澤為代表，重新與沙俄談判，並命令左宗棠“統籌南北戰守”。左宗棠深知僅僅靠談判，沙俄是不會放棄他的野心的，他部署三路兵力，做好了武力收回伊犁的一切準備。這時他已68歲高齡，抱了必死的決心奔赴前線，準備與祖國領土共存亡。全軍將士看到自己的統帥為國而把生死置之度外，個個精神振奮，鬥誌昂揚。俄國侵略者聞者懼驚，他們深知在遠東不是左宗棠的對手，被迫與曾紀澤重訂條約，歸還伊犁。
左宗棠收複新疆之後，又上書皇帝，建議在新疆設省，實行屯墾。從此新疆正式建省，這對鞏固西北國防，抵禦沙俄侵略都起到了積極作用。
他的愛國宣言
身無半畝，心憂天下。
左宗棠在他的晚年，以民族利益為重，為保衛祖國邊疆，扞衛中國的主權和領土完整做出了不朽功績。他留下的愛國主義宏願和思想，在史冊上熠熠發光，給人以教育和啟迪。