在二十五年前，由於太陽發射的奧特耀斑導致產生一頭巨獸，正在擾亂宇宙和平，這時，就在銀河係出現了神秘的五彩光芒融合產生一位全新的奧特戰士雷克斯奧特曼，雷克斯奧特曼就是這樣誕生的，雷克斯奧特曼正在追逐遠古巨龍怪獸龍畏斯過程中，雷克斯奧特曼與遠古巨龍怪獸龍畏斯相撞，由於撞擊的力度太大，再加上遠古巨龍怪獸龍畏斯是頭巨型怪獸，雷克斯奧特曼一下調入了正在燃燒著的太陽裏麵，火焰使其融化，化為了離子，但在這瞬間，雷克斯奧特曼用僅剩的能量將遠古巨龍怪獸龍畏斯封印，但沒有完全封印，使邪惡的氣息外漏複活了一部分的怪獸，複活的怪獸開始在地球上作亂，先是出現在東京的宇宙怪獸百慕拉，在是出現在帕拉吉古城的磁力怪獸安東拉，為了抵抗怪獸作亂，地球防衛組織UNVER成立了怪獸特殊防衛隊“tio”。
地球防衛組織怪獸特殊防衛隊基地坐落於東京的深山中，就算有敵人入侵，也無法進入基地裏麵，基地外麵周圍被山體包圍，入口是個山洞，並且由機關布置。
這天在特殊防衛隊基地，地球防衛組織司令官在訓話。
“從今天起，地球防衛組織怪獸特殊防衛隊從今天起就成立了，介紹一下，這位是北野，是你們怪獸特使防衛隊的隊長，這位是上野是怪獸特殊防衛隊的副隊長，還有一位特殊的人物，這位是瑪娜，是人工智能機器人，簡要介紹一下怪獸特殊防衛隊，怪獸特殊防衛隊是由指揮部門，作戰計劃製定部門、情報部門、作戰部門和特別行動部門等五個部門組成，指揮部門的指揮員由隊長北野負責，我任總指揮，作戰計劃製定部門製定員有由副隊長上野擔任，情報部門情報員由人工智能機器人瑪娜隊員擔任，聽清楚了嗎？”司令官問道。
“聽清楚了。”全體隊員回答道。
“我在介紹一下這五個部門，指揮部門主要負責，作戰指揮方麵的工作，作戰計劃製定部門主要負責，作戰計劃的製定，並交由指揮部門指揮員和總指揮審閱，情報部門主要負責收集敵人的數據情報做分析，作戰部門專門負責外出作戰，特別行動部門就是你們，相當於特別行動隊，主要負責怪事的調查，還有跟作戰部門一樣同外來入侵者作戰，並逮捕沒有反抗能力的宇宙侵略者，之所以成立怪獸特殊防衛隊的意義你們也知道，這幾年來，怪獸又開始做亂了在過去的世紀，我聽說維護宇宙和平的奧特戰士一直來守護我們這顆星球，我們再不能依靠他們了，我們現在科技先進了，應該有能力和外來入侵的怪獸們作戰，但並不是說我們不需要奧特戰士，所以，不管在任何時間，我們都不能以奧特戰士作為我們的敵人去攻擊，雖然我沒有見過奧特戰士，好了，回到自己的崗位開始工作。”司令官命令道。
“是！”全體隊員回答道。
就在這時，在龍森湖有位年老的爺爺正在釣魚，突然，湖麵上閃了一下藍光，並開始冒泡，老爺爺看見了，感覺奇怪。
“咦，這是什麼東西呀？”老爺爺奇怪地說。
話音剛落，從湖底就浮上來了一頭怪獸，在龍森湖開始破壞，老爺爺一看是怪獸，嚇的撒腿就跑，並撥通了怪獸特殊防衛隊的電話，這時，怪獸特殊防衛隊主控室的電話響了起來，天空隊員拿起電話。
“喂，這裏是怪獸特殊防衛隊。“天空說。
這時，從電話那頭傳來焦急的聲音。
“快，龍森湖出現怪獸。”老爺爺報告說。
“好的。我們馬上就到。”天空回答道。
“報告隊長，有居民報告說龍森湖有怪獸出現。”天空報告說。
“什麼，怪獸，那位居民沒看花眼吧，雖然組成了這個防衛隊，也是為了安定民心，這世界上哪有什麼怪獸。”青川說。
“青川隊員，你沒有見過就不要下結論，據說怪獸在上一個世紀可是出現過的。”香奈子說。
“青川隊員，你忘了司令官的話了嗎，好了，不管怎麼樣都應該去調查一下。”北野嚴肅地說。
北野隊長話剛說完，這時，瑪娜隊員的投影被傳輸過來。
“北野隊長，龍森湖確實出現怪獸，現在傳送現場畫麵。”瑪娜報告說。
“說一下敵人的數據。”北野命令道。
“是，這頭怪獸在SP檔案、UPG檔案和XIO檔案裏有同種族出現的怪獸，注冊代號是宇宙怪獸百慕拉，身高50米，體重25000噸，曾經與初代奧特曼、銀河奧特曼、維克特利奧特慢和艾克斯奧特曼都有交過手。“瑪娜報告說。