自投入朱筠幕中，仲則一直頗受朱公愛重，雖與同僚略有齬齷，工作表現也談不上上佳，朱公知他曠達卻不周事務，對這類才士既不能不用也不能大用，所以點他為校文，對他多有回護。
此時又有洪亮吉相伴在旁，替他周旋。稚存與他相比，知世故而不世故，要成熟許多。為配合他的詩興，可憐稚存生生被他折騰成夜貓子。原諒我俗，拋開他的個人理想，平心而論，這段時間，仲則的日子，倒也不算太難過。
要說難受，隻是仲則自認有經綸之才，不甘做個寫詩來令賓客驚歎、令主人自豪的清客罷了。可是我讀他的詩又不免歎氣，他是不甘做一個清客，可連一個稱職的幕僚也做不了。
洪亮吉和他不同。稚存除了寫詩之外，亦善駢體文，經學受教於邵齊燾，與孫星衍齊名，乃至於聲韻、訓詁、地理、曆史、經濟無一不精。說是著作等身，實不為過譽。詩比仲則略遜，但在清代仍不愧為一流。
後來中舉之後，他為官清正，頗有官聲。嘉慶元年，回京師供職，入職上書房，教授皇曾孫奕純讀書。
作為清代的著名學者，他早在嘉慶年間就寫出《治平篇》，敏銳地洞見到中國人口增長過速帶來的弊端。洪亮吉認為，人口的增長既然遠遠超過了田地與房屋的增長，就使得“田與屋之數常處其不足，而戶與口之數常處其有餘”。
加之乾隆年間，土地兼並的問題已經十分嚴重：“田之歸於富戶者大抵十之五六，初期有田之人，今俱為佃耕之戶。”農民被迫出賣田地和子女，過著淒慘的生活，甚至四處流亡，流民達到數百萬之眾，這些都是嘉慶年間邪教日盛、社會動亂的隱憂。洪亮吉對這深重的社會現實是有反省和思考的。
嘉慶三年，洪亮吉以征邪教疏為題考試翰林和詹事，著文力陳內外弊政數千言，為時所忌。之後以弟喪辭職回鄉。
嘉慶四年，為大學士朱圭起用，參與編修《高宗實錄》。同年，上書《乞假將歸留別成親王極言時政啟》，觸怒嘉慶帝，下獄並定處死，稚存得訊後談笑如常。後免死，改為流放伊犁，交將軍保寧嚴加管束。
百日後，京師大旱，祈雨不應，嘉慶帝下令釋放囚犯和時間較久的流放人員，並傳諭釋放洪亮吉，詔以“罪亮吉後，言事者日少”，令釋還原籍，下詔後即降雨。洪亮吉返家後，居十年，撰述至終。
在人口急速增長，人們對人口問題尚麻木的時代，他已經察覺到這一問題的嚴重性，為近代人口學說之先驅。這個擔憂，如今已被現實驗證。
英國經濟學家托馬斯·羅伯特·馬爾薩斯曾作出一個著名的預言：“人口增長超越食物供應，會導致人均占有食物的減少。”洪亮吉的人口論，與馬爾薩斯的看法不謀而合，《治平篇》是我國曆史上最早專論人口問題的文章，寫於乾隆五十八年（1793年），比馬爾薩斯還早五年。
而仲則雖然同樣才華橫溢，除詩詞頗負盛名外，他的駢文亦不負其師邵齊燾之教，雖《浮湘賦》、《渡淮賦》已佚失，但從現存的《送餘扶之太原序》、《題吳竹橋集》兩文看來，通篇用駢體，文筆典雅華麗。他善於書法、繪畫與篆刻。書法風格在蘇軾、黃庭堅之間，分隸更為古雅。篆刻於文秀中含蒼勁，間仿翻砂法，製銅印直逼漢人氣韻，亦工畫。然這些都屬才子之質，除卻在詩文中感懷古今，說要著書立說之外，實未見他於時事有何實質性的見解論著。此言雖稍顯偏激，但觀仲則平生的興趣和性情，乃天生一副詩人秉性、才子作為。縱然他不英年早逝，為官怕也辛苦勉強得很。
但我覺得這又如何呢？古往今來為官者如過江之鯽，而天才的詩人，卻屈指可數，世上少一個不稱職的官員，比少一個稱職的詩人好。省得他受罪，別人也痛苦。
乾隆三十七年夏至三十八年春，仲則屢隨朱筠出行。乾隆三十七年七月中旬，仲則隨朱公至安慶府，九月自安慶至六安，冬至潁州、鳳陽。乾隆三十八年春，隨朱公至廬州、泗州。這可能是他在朱筠幕府中奔波最頻密的一段時間。