培根的哲學思想是與其社會思想是密不可分的。他是資產階級上升時期的代表，主張發展生產，渴望探索自然，要求發展科學。他認為是經院哲學阻礙了當代科學的發展。因此他極力批判經院哲學和神學權威。他還進一步揭露了人類認識產生謬誤的根源，提出了著名的“四假相說”。他說這是在人心普遍發生的一種病理狀態，而非在某情況下產生的迷惑與疑難。第一種是“種族的假相”，這是由於人的天性而引起的認識錯誤；第二種是“洞穴的假相”是個人由於性格、愛好、教育、環境而產生的認識中片麵性的錯誤；第三種是“市場的假相”，即由於人們交往時語言概念的不確定產生的思維混亂。第四種是“劇場的假相”這是指由於盲目迷信權威和傳統而造成的錯誤認識。培根指出，經院哲學家就是利用四種假相來抹煞真理，製造謬誤，從而給予了經院哲學沉重的打擊。但是培根的“假相說”滲透了培根哲學的經驗主義傾象，未能對理智的本性與唯心主義的虛妄加以嚴格區別。
培根認為當時的學術傳統是貧乏的，原因在於學術與經驗失去接觸。他主張科學理論與科學技術相輔相成。他主張打破“偶像”，鏟除各種偏見和幻想，他提出“真理是時間的女兒而不是權威的女兒”，對經院哲學進行了有力的攻擊。
培根的科學方法觀以實驗定性和歸納為主。他繼承和發展了古代關於物質是萬物本源的思想，認為世界是由物質構成的，物質具有運動的特性，運動是物質的屬性。培根從唯物論立場出發，指出科學的任務在於認識自然界及其規律。但受時代的局限，他的世界觀還具有樸素唯物論和形而上學的特點。
培根的論著1597年，培根發表了他的處女作《論說隨筆文集》。他在書中將自己對社會的認識和思考，以及對人生的理解，濃縮成許多富有哲理的名言警句，受到廣大讀者的歡迎。
1605年，培根用英語完成了兩卷集《論學術的進展》。這是以知識為其研究對象的一部著作，是培根聲稱要以知識為其領域，全麵改革知識的宏大理想和計劃的一部份。培根在書中猛烈抨擊了中世紀的蒙昧主義，論證了知識的巨大的作用，提示了知識不能令人滿意的現狀及補救的辦法。在這本書中，培根提出一個有係統的科學百科全書的提綱，對後來十八世紀的狄德羅為首的法國百科全書派編寫百科全書，起了重大作用。
1609年，在培根任副檢察長時，他又出版了第三本著作《論古人的智慧》。他認為在遠古時代，存在著人類最古的智慧，可以通過對古代寓言故事的研究而發現失去的最古的智慧。
培根原打算撰寫一部六卷本百科全書式的著作——《偉大的複興》，這是他要複興科學，要對人類知識加以重新改造的巨著，但他未能完成預期的計劃，隻發行了前兩部份，1620年出版的《新工具》是該書的第二部份。《新工具》是培根最重要的哲學著作，它提出了培根在近代所開創的經驗認識原則和經驗認識方法。這本書與亞裏士多德的《工具篇》是相對立的。
培根在結束其政治生涯後，僅用幾個月時間就完成了《亨利七世本紀》一書，這部著作得到後世史學家的高度評價，被譽為是“近代史學的裏程碑”。
大約在1623年，培根寫成了《新大西島》一書，這是一部尚未完成的烏托邦式的作品，由羅萊在他去逝的第二年首次發表。作者在書中描繪了自己新追求和向往的理想社會藍圖，設計了一個稱為“本色列”的國家，在這個國家裏，科學主宰一切，這是培根畢業所倡導的科學的“偉大複興”的思想信念的集中表現。
此外，培根在逝世後還留下了許多遺著，後來，由許多專家學者先後整理出版，包括《論事物的本性》、《迷宮的線索》、《各家哲學的批判》、《自然界的大事》、《論人類的知識》等等。
培根在科學史上的地位