寧波天一閣藏書的編目工作，可能是從明嘉靖中範欽自己的手定本開始的。焦竑的《國史經籍誌》所著錄的二卷本《四明範氏書目》應該就是此本。稍後就有《澹生堂書目》所著錄的二冊四卷本。這是一個萬曆中的寫本。從祁承《澹生堂集》卷十三的《戊午曆》（萬曆四十六年，一六一八）中，可以看到這樣的記載：
四月十五日。得範元辰年兄寄示天一閣書目，並見貽司馬文正公稽古錄。
可見這個四卷本書目也是從範家流傳出來的。其時閣書當陸續有所增益，內容當比二卷本更為豐富。當時祁承?正在進行《兩浙古今著述考》的編寫工作，這四卷書目應該是他的重要參考書之一。再少後，黃氏《千頃堂書目》也著錄過一本，內容不詳。黃宗羲在康熙十二年癸醜（一六七三）登樓觀書，曾“取其流通未廣者，鈔為書目”（黃宗羲《天一閣藏書記》）。這隻不過是一個簡目。“凡經史地誌類書、坊間易得者，及時人之集、三式之書，皆不在此列。”黃宗羲的這幾句話，是很能代表曆來正統派藏書家的看法的，他實在很不能理解範欽的收書原則。這個簡目很快就流傳開去了，隻是徐乾學就謄去了好幾本。後來範家又據這個簡目增補重定，寫為一目，請黃宗羲在前麵寫一篇《藏書記》。這是範氏自己所訂的第三個書目了。
以上四五種書目，今天都無法看到了。《玉簡齋叢書》二集有一個不分卷的《四明天一閣藏書目錄》，底本是個舊抄本。內容近於按廚登記的書賬，但所收頗富。《西諦書目》又有清宋氏漫堂抄本《天一閣書目》一冊，應該也是康熙中的抄本。看來它們都和黃宗羲的《簡目》和據以豐富補充的範左垣重編本有著一定的關係。這個玉簡齋本是我們今天所能見到的第一個閣藏重要目錄。再往後就更有：
（一）嘉慶十三年（一八○八）阮元文選樓刻十卷本（附碑目一卷）；
（二）劉喜海編十二卷本（有稿本和傳抄本）；
（三）趙萬裏藏無名氏編，內容介於阮、薛之間的一本；
（四）光緒十五年（一八八九）薛福成刻《見存書目》四卷本。
這四個本子中間有兩個刻本，是流通最廣的。劉喜海本未見，據說是：夢雨齋讀書記
此目纂輯在阮薛二目之間，與二目多有異同，且足補薛目之闕。係劉喜海服官浙中時，登閣覽書，所輯成者。（《文瀾學報》第二卷，第三、四期合刊，三八○頁）
劉喜海是著名的金石家、藏書家，平生很喜歡傳寫書目，他的主要活動時期是嘉慶道光之際，約略與阮元同時。如果試取以上幾種本子比勘一下，就可以看出，在幾個不同時期，隨著時間的推移，閣書一直在那裏減少、亡失下去。近兩百年中間，那損失是驚人的。而其流散的原因，則是多種多樣的。據趙萬裏先生在《重整範氏天一閣藏書記略》一文（《國立北平圖書館館刊》八卷一號）裏所說，有這麼幾種原因：
（一）由於修《四庫全書》奉命進呈而散落的清乾隆三十八年浙江巡撫三寶，從範懋柱手裏，提去了不少的書，據《四庫提要》及《浙江采集遺書總錄》計算起來，共有六百三十八部。……《四庫全書》完成後，庫本所據之底本，並未發還範氏，仍舊藏在翰林院裏。日久為翰林學士拿還家去的，為數不少。前有法梧門，後有錢犀盫，都是不告而取的健者。轉輾流入廠肆，為公私藏家收得，我見過的此類天一閣書，約有五十餘種。
（二）由於乾隆後當地散落出去的……盧氏抱經樓，為前清一代四明藏書家後起之秀。他的藏書裏最著名的一批抄本《明實錄》，就是天一閣的舊物。此外寧波二三等的藏書家，如徐時棟、姚梅伯之流，以及到過寧波做過官的，如吳引孫有福讀書齋，沈德壽抱經樓，都有天一閣的細胞在他們藏書裏稱霸著。……
看來這第二種因素的破壞性是更嚴重的。封建地主階級，以皇帝為首，都一直覬覦著這個重要的書藏。他們用明暗種種手段，對閣書進行著掠奪。在這種大規模延續的進攻之下，範欽手訂的極為嚴厲之封建的藏書規條，顯然失去了作用。
《薛目》後麵有範彭壽的一篇跋文，透露了一個值得注意的新情況。伴隨著中國社會的半封建半殖民地化，天一閣藏書也陷入了新的不幸。掠奪者已不隻是封建地主階級，更擠進了凶惡百倍的帝國主義勢力。範彭壽雖然用仇恨的心情想把責任推在太平天國革命者的身上，但仍然不能掩蓋事實的真相：
鹹豐辛酉，“粵匪”踞郡城。閣既殘破，書亦散亡。於時先府君（諱邦綏，鹹豐丙辰進士，四川即用知縣）方避地山中，得訊大驚。即間關至江北岸。聞書為洋人傳教者所得，或賣諸奉化唐嶴造紙者之家，急借資贖回。……
事情十分清楚。“洋人傳教者”不像封建地主的學究們那樣冬烘，隻著眼於正經正史，他們是特別看中了天一閣收藏的豐富史料，地誌……的。他們沒有錯過這個機會，狠狠地插進手來。
這個新加入的掠奪者的“氣派”越來越大，手段也愈來愈“巧妙”了。他們後來並不親自出麵，自有一批為之服務的代理人應運而生。他們的掠奪麵的廣闊也絕不局限於古籍，掠奪對象也不僅限於天一閣。天一閣新的不幸命運，就和這些“洋人”分不開來。
且看“薛目”以後出現的另幾種目錄。
（一）《目睹天一閣書錄》四卷，林集虛編。一九二八年木活字本。
（二）《重編寧波範氏天一閣圖書目錄》，楊鐵夫等編，一九三二年油印本。
（三）《鄞範氏天一閣書目內編》十卷，馮貞群編，一九四○年鉛印本。
如果用“馮目”和“薛目”對比一下，那損失是十分可驚的。那原因，趙萬裏先生說：
由於民國初年為巨盜薛某竊去的，這一次是天一閣空前的損失，至少總有一千種書散落到閣外。閣中集部書，無論宋元明，損失最多。即明季雜史一項，所失亦不在少。《登科錄》和地方誌，去了約有一百餘部。輾轉由上海幾個舊書店，陸續售歸南方藏書家。……
這次的損失是空前慘重的。偷竊轉售經過也有種種傳說，曲折離奇。據說得到這批書的書店，本來是專門作日本人生意的，這批書的目錄也已編好，準備寄出了。不料事情敗露，隻好就地賣給上海的幾位著名的藏書家。這就說明，在當時某些書商看來，洋人才是第一流的好主顧，本國大地主大資產階級已經降至次要的地位。賣書給他們，是“不得已而求其次”了。