2076年8月，所有國家防禦均被摧毀，人類撤入珠穆朗瑪山脈地下的中國建造的防衛設施以及西伯利亞地區俄建軍事設施。侵略者在人類潛伏後停止了對人類的追蹤，而是開始了對地球的改造，侵略者把原先人類的高樓全部推翻變成了較低但是麵積寬廣的巨型連體建築——幾乎原來一個城市的麵積隻有三四坐建築，城市周圍多了許多巨型坑洞，外星人僅用了一周時間，就在這些巨型坑洞裏麵填滿了水，所有坑洞連成一體，幾乎所有城市都成了擁有巨大護城湖的半島城市。
人類在潛伏後成立了地球聯邦政府，集結所有緊急撤出的物資和科學家研發武器，以期在未來奪回地球；改造地下環境使人類可以在地下自給自足長期生存下去。
2079年6月，人類在進行了長達三年的潛伏後，發動第一次反攻，人類消耗大量物資打造的精銳軍隊從經拉薩向物產豐饒的沿海城市發動進攻，在原重慶所在城市被機器人軍隊阻攔在護城湖之外，人類精銳部隊與機器人進行了長達八個月的拉鋸戰，人類在付出幾乎全軍覆滅的慘烈代價而隻突破了外圍防禦，在源源不絕的侵略者的機器人麵前隻能選擇铩羽而歸。
2080年3月，侵略者派出數百台機器人對人類潛伏地外圍防禦設施發動正麵進攻，人類戰士依靠新研發的陣地武器拚死抵抗，終於把侵略的機器人打退，為了防止人類被完全滅絕，人類向著地下更深處進行開拓，人類在極其寒冷而荒蕪的地下完成了自給自足的環境係統的架設，把所有資源向戰爭科技傾斜的人類共識讓人類的文明在長達數個世紀後終於再次以對抗天敵為目的快速發展自己的武器來武裝自己。
2081年-2085年1月，侵略者的機器人數次對發動攻擊，人類都拚死抵抗，幾乎每次都是依靠犧牲換取慘勝，人類也不理智的發動過第二次主動反擊戰，最終也是以失敗告終，在這次失利後，人類精銳幾乎損失殆盡，卻仍未見過操控著機器人的侵略者的樣子，人類甚至一度認為是產生自我意識的機器人或者外星機械生命對人類發動的侵略，不過一段原日本、越、菲三國首相共同與侵略者進行的遠程會議視頻讓人打消了這種猜想——視頻中雖然仍舊看不到麵貌，但是人型的體態和柔和的動作表明不是機械生命體。
2085年8月，人類潛伏在外的偵查部隊探查到非洲地區的研究所是侵略者的武器和最新戰爭科技的研發所在地，人類集結最後的萬人部隊準備奪取侵略者的戰爭科技來進行反擊。
而這場戰役，是拯救了人類並且開啟人類新史的英雄們的傳奇故事開端，也是人類漫長的苦難和艱難求存的伊始。