曾勾結英國侵略者阻擋太平軍進攻武漢，並奪取湖北境內為太平軍攻克的府州縣。因破安徽安慶，加太子太保銜。1862年，派軍往河南信陽、羅山等地鎮壓撚軍晉文華殿大學士。1864年5月，赴漢川督師，旋因征兵籌餉接濟湘軍攻陷南京有功，封一等伯爵。他是一位為清王朝死力賣命的滿族大員，本人驕橫不可一世，才識低下，官卻升得很快。對於這樣一位惹不起的滿官，一般人是不敢得罪的，大都敬而遠之，繞著道不敢沾他的邊。但曾國荃本性倔強，決心捅一捅這個馬蜂窩。本來，曾國荃與官文反複商議湖北剿撚全軍，由官文“在省城總握全局，督率司道籌辦軍餉，以供支放”淤。但官文玩忽職守，並不盡力配合，以致湘軍久戰無功，損失較重。對於參劾官文一事，曾國藩在事先和事後均表示出憂慮之情，不太讚同此舉。在是年陰曆八月二十四日《致沅弟》的書信中，他囑咐曾國荃說：“順齋排行一節，亦請暫置緩圖。”原因是，“此等事幸而獲勝，而眾人耽耽環伺，必欲尋隙一泄其忿。彼不能報複，而眾人若皆思代彼報複者”。總之，“弟謀為此舉，則人指為恃武功，恃聖眷，恃門第，而巍巍招風之象見矣，請緩圖之。”是年陰曆九月初二日，曾國藩又在給曾國荃的書信中說：“順齋一案，接餘函後能否中輟？懸係之至。此等大事，人人皆疑為兄弟熟商而行，不關乎會晤與否。”再過十天，曾國藩得知奏參官文的事已發，反複叮囑曾國荃：“吾輩在自修處求強則可，在勝人處求強則不可。”一再告誡：“福益外家若專在勝人處求強，其能強到底與否尚未可知。
即使終身強橫安穩，亦君子所不屑道也。”曾國荃的性格是，一旦他認定了的事就非幹不可，從而他在是年9月下旬上奏清廷，據實參劾官文種種劣跡。他給官文下的總的罪據是：“貪庸驕蹇，欺罔徇私，寵任家丁，貽誤軍政。”他陳述自己參劾官文的出發點是：“臣竊維端揆疆寄，乃國家之重臣，非於軍務、吏治、國計民生、地方安危，確有關係，雖至愚極戇，何敢暴其所短，輕列彈章？”進而，他在奏折中具體列舉了官文七條罪狀：一是濫支軍餉。官文親信糧台委員、知府孫振銓等，“屢於各營月餉背不發足”，而每當私用及交結應酬等事，動不動就向糧台提取。二是冒保私人。朝廷明文規定，沒有到前敵去的幕僚及隨帶家丁，“例不準保”。但官文以“保舉為私惠”，而所保舉之人，“把持要路”，致使“在事出力文武員弁，莫不灰心”。三是公行賄賂。對於兩湖綠營大小各缺官員名額，不是因缺擇人，而是為人擇缺。各缺大多由親信兵書“指缺定價，各有等差”。四是“添受漏規”。本來，有關抽厘濟餉之事，局員自應實報實銷，但官文委托親信收取“節壽門包”，額外獲利，每月照數從鹽局厘卡中抽解五百兩至督署。五是“彌縫要路”，艮P采取請客送禮的方式，盡力“巴結京使”，掩飾官場陋習。凡是過往大小京官及本省、外省起複回京的官吏，視其職位尊卑，“莫不厚為饋送”。多者千餘金，小者數百金。這些銀錢大都取自於糧台，致使軍餉得不到及時解給。六是“習尚驕矜”之氣。官文不學無術，不知謹遵禮儀，往往目中無人，我行我素，“每於君威國典，悍然罔顧，實非表率群僚之道”淤。七是庇護貪官汙吏，打擊排斥正直官員。一旦自己的親信被人參劾或受到上司的懲處，官文往往盡力予以庇護，致使正氣不伸，邪氣橫行。最後，曾國荃明確表示：如果所劾各情“有虛誣”之處，則“自甘重坐”，甘受朝廷處罰。由於曾國荃所指，條條證據確實，清政府不得不將官文革職。然而，官文係“皇族”重臣，清政府在表麵上雖將其革職，實際上又在第二年立即委他為直隸總督之職；而將曾國荃於次年夏天借口剿撚不力，“防剿日久無功”，交部議處，準其開缺回籍養病。名義上是讓他回家鄉養病，實際上是對曾國荃以示懲罰。
他在辭官居家的七年時間裏利用自己的地位和身份，盡力做過一些有益於父老鄉親的事情。
曾國荃自1867年12月開缺回籍至1874年奉旨入都這七年多時間，在休養身心的同時，具體做了如下幾件事情。
一是主修湖南省城長沙湘鄉試館。湘鄉在當時是一個大縣，人口達一百二十萬左右；加之由於參加湘軍的人數眾多，其後代讀書獵取功名者特多。為了便利從鄉下赴省城應考生員的食宿，曾國荃主動出麵，倡議修建湘鄉試館於長沙。他首先捐獻銀子一萬四千二百兩，組織人力物力動工建造房舍，並捐出自己在長沙的私宅講讓堂作為湘鄉試館每年為應考進修的地方。這座湘鄉試館一直延續至民國年間，曾國荃的重教言行深為湘鄉籍學人士子所稱道。1870年，曾國荃舉家從湘鄉老家搬遷到長沙他親自關注湘鄉試館的有關使用和管理工作。據曾國藩在是年4月初給曾國荃的書信中說：“沅弟挈家移居長沙，不知即試館旁之公館否？”在另一封信中，他又囑咐曾國荃趁空閑時間，讀些有關文史方麵的好書，以加強自身的學識素養。同時，又寄去曆年所寫日記，希望曾國荃等明白他在外受苦，“近來衰憊之狀”，更加安心在家教育子侄輩讀書做人。