忽由百濟王豐遣人來前，由仁願召入，問明來意。來使道：“大使等何時西還？我主當派兵護送。”仁願尚未及答。仁軌即從旁答言道：“我軍歸期在邇，難得爾主好意，爾可為我歸謝，不勞護送！”來使應聲自去。仁軌道：“狡虜欺我太甚，目下虜使方歸，我正可銜枚疾進，攻他不備了。”仁願大喜，當即督兵襲支羅城，一戰即下，進拔峴城大山沙井等柵，殺獲甚眾。福信聞警，才遣兵添守峴城，仁軌佯令緩攻，夜令軍士督草填濠，霎時間草與城齊，各將士攀草而上，一齊登城。守卒聞知，已經不及抵禦，隻得開城遁走。仁軌方安安穩穩的據了峴城，得與新羅通接糧道，有恃無恐。仁願遂奏請添兵，有詔發淄青萊海兵七千人，速赴熊津，再遣右威衛將軍孫仁師，為熊津道行軍總管，統軍繼進。百濟王豐，正與福信爭權，率親卒擊殺福信，驟聞唐軍大至，急遣使向日本乞師。日本齊明天皇，名天豐。親赴築紫，調兵救百濟，途次遇病，至築紫即歿。皇太子天智，奉喪聽政，遣部將阿曇比邏夫、阿部比邏夫等，率舟師百艘，援百濟王，更派兵三萬人繼進，作為後應。
是時孫仁師已至熊津，與二劉合軍，聲勢甚盛。諸將欲出攻加林城，仁軌道：“加林當水陸要衝，地形險固，我若急攻，反傷士卒，緩攻必曠日持久，亦致勞師。不若直搗周留城，周留城為狡虜巢穴，群凶所聚，除惡務本，正在此舉，周留得拔，餘城不戰自下了。”不入虎穴，焉得虎子？於是分道進兵，仁師仁願，邀同新羅王金法敏，從陸路進，仁軌與別將杜爽扶餘隆，率水軍及糧船，自熊津入白江，擬與陸師相會。甫至白江口，那百濟王豐，與日本兵駕船前來，帆檣相望。仁軌用火攻計，乘風縱火，猛燒敵船，頓時煙焰熏天，海水盡赤。日本將阿曇比邏夫等，還想冒火來戰，怎禁得祝融肆威，封姨助虐，徒落得焦頭爛額，一步兒不能上前。岸上戰鼓聲喧，唐將仁師仁願等，又複驅軍殺到，那時還有何心戀戰，慌忙轉柁遁去。中國有史以來，日本兵為我軍所敗，惟此一仗，最為吃虧。百濟王豐，亦脫身奔高麗。唐軍遂進薄周留城，扶餘豐子忠勝、忠誌等，率眾出降，百濟又亡。惟百濟將遲受信據守任存城，未肯歸命，仁軌令百濟降將常之，及沙吒相如為前驅，自率兵後隨，奮勇進攻。遲受信料不能守，也挈妻子奔高麗去了。
捷書報達唐廷，高宗召仁師、仁願還朝，留仁軌鎮守百濟。仁軌籍戶口，瘞骸骨，輯村聚，置官長，通道途，立橋梁，補堤堰，修陂塘，課耕桑，賑貧乏，贍孤老，立唐社稷，頒正朔及廟諱，百濟大悅，闔境又安。及劉仁願到京，高宗親加慰勞，仁願道：“這統是劉仁軌的功績，非臣所能及哩。”仁願推賢讓功，亦有足取。高宗乃加仁軌六階，正任帶方州刺史，且替他築第都中，安頓妻孥，厚給賞賜。小子有詩讚仁軌道：
有勇還須仗有謀，東夷餘焰一時休。
若非良將紆籌策，安得功名蓋遠州？
百濟已平，正欲進圖高麗，偏鐵勒部又複叛唐，屢來寇邊，乃遣將往討鐵勒，暫將高麗擱下。欲知鐵勒部戰事，且待下回表明。
長孫無忌，高宗之母舅也，而構陷之者，始自武氏，成於許敬宗。武氏之欲殺無忌也，因無忌諫阻易後，致有此嫌。敬宗與無忌何讎？與褚遂良、韓瑗等又何怨？其所以必加陷害者，無非受武氏之囑托耳。夫唐廷以上，臣僚甚眾，寧必為武氏爪牙，方得居官食祿，況無忌等未嚐有罪，而乃任意扳誣，惡同蛇蠍。吾不意誌良之後，而竟生此奸賊也。故武氏之惡固大矣，而敬宗之惡尤為大，揭而出之，惡其何自通乎？高宗時之良將，蘇定方外，應推劉仁軌，高而未捷而還師，百濟複燃而未靖，微仁軌之臨機決勝，則劉仁願必且還軍，即幸不為敵所乘，而新羅介居兩國間，又遭大喪以後，其能免為蠶食乎？故仁願之從諫如流，雖有足稱，而平定百濟，雖出仁軌之功，表而出之，功其庶不沒乎？本回隱具此旨，且為標明巨目，嫉惡表功，書法固不苟也。