一、追求色澤的非正常工藝
以前焦糖色普遍應用於醬油及食醋工業，並且市場有固體焦糖色出售，1975年商業部在全國調味品產銷會議上決定醬油不得加用焦糖色之後，為了滿足消費者對色澤的要求，有些廠采取了較高製曲溫度，減少製醅用水量、提高發酵溫度、延長發酵時間、翻倒醬醅，供給氧氣等措施以促進褐變反應的進行。措施的並用就會使褐變反應加速進行。不單是色素在量上的增加，而且是褐變色素繼續縮合生成色調發黑的高分子化合物，亦即向褐變深度進行，從感官上講色調更深，缺乏紅色感，甚至於帶有苦味，這就是過度褐變，結果損耗了大量氨基酸，降低了鮮味成分，並使產品帶有焦糊味道，這就是追求色素的不正常工藝，惡化醬油風味的例證。
仔細觀察和分析發酵過程中的色、香、味三者之間的變化情況，可以發現它們之間是有一定矛盾，但可以統一起來，統一之後的工藝就是合理的、科學的，所得產品就是優質的。在製醅後的初期，由於曲子中酶——蛋白酶、肽酶、穀氨酰胺酶的作用，大豆蛋白變成肽及各種氨基酸，在無鹽前發酵大約是36h（也可能因製醅條件而時間不同）滋味最鮮，也是在整個發酵期內最高的時候，但是色澤非常淺，而且沒有醬油的香氣，而帶有曲香氣味。與用酶製劑水解大豆蛋白的風味非常相似，以後則色澤變濃，也具有了醬油的香氣，但滋味卻有所降低，所以色的形成是要損失一部分氨基酸的。但為了醬油香氣及適當的色的生成，這部分氨基酸的損失是不可避免的。醬油的質量雖然說是色、香、味三方麵，但畢竟是調味品，而不是著色劑和香料，如果過多地強調色，采取上述加強色澤的措施，損失了大量氨基酸，甚至發生苦味，實際是擴大了色與味之間的矛盾。從經濟和合理使用資源來講，添加些使用澱粉作成的焦糖色的作法是合理的，這樣也就解決了色與味之間的矛盾，因此作者主張用中水量、低發酵溫度的發酵法，以取得最佳味及香氣的產品，至於色可以添加適量焦糖色加以解決。
二、惡化醬油風味的微生物
當醬油醪鹽度低於15%時，就有產膜酵母增殖的可能性，雖然不一定使穀氨酸及天冬氨酸減少，但要消耗醬醪中的糖分以及酒精。產膜酵母增殖迅速，常常由於菌體自溶而產生惡臭氣味，破壞了醬醪的正常香氣，味道變壞。惡性產膜酵母係嗜氧性微生物，可進行翻拌，遮斷空氣以控製其繁殖。這裏必須注意新製成的醬醪在夏季放置4～5d後有時表麵發白，嚴重時會成薄膜，但這不一定是惡性產膜酵母，有時是魯氏酵母，它不僅進行底麵發酵，有時根據醬醪情況出現於表麵。因此它的增殖，並不產生惡臭，有時還產生香氣，可以取樣進行培養鑒定。不可認為是惡性產膜酵母，不斷打耙，斷絕空氣進行抑製，這樣會導致攪拌過度停止發酵。至於固態發酵由於在發酵時醬醅表麵有一層蓋麵鹽，而且發酵溫度較高，是不易汙染產膜酵母的。
穀氨酸可被含脫羧酶的微生物，如大腸埃希菌（Escherichia coli）、魏氏梭菌（Cl.welchii）、紅酵母（Rhodotorula glutinis）、乳酸杆菌（Lactobacillus）等將L-穀氨酸變成L-氨基丁酸，脫羧酶的最適pH為5.0，當醬油生產環境不好、衛生管理失當時，會被大腸杆菌或某些梭菌等所汙染，引起穀氨酸及天冬氨酸的脫羧而減少。因此搞好環境衛生、預防雜菌的汙染也是保證醬油香氣或呈味成分的重要因素。