一、種曲
1.常規米曲黴種曲三級培養法
我國北方的釀造是以米曲黴為根基發展起來的。最初的曲上所繁殖的米曲黴來自自然界,米曲黴的習性,在老熟時要結出體態輕盈如塵的黃色孢子,可隨空氣的流動飛揚至殘飯上，迅速繁殖又結成黃色孢子，產生甜味及酒味，在人為的多次培養中，由於其強大的生命力，將部分微生物淘汰掉，殘留下來的依然以米曲黴為主，而且在反複製曲過程中，必然是增強的米曲黴群體，所以古代製曲常常利用製曲的場所附著的曲黴孢子為種子製曲，傳統製備米曲黴的曲室不進行滅菌的道理就在於此。另外據長期生產經驗，將其繁殖於某種培養基上，貯存起來備用，這就是人造種子，也是早期的種曲。農村生產醬，就常常用蒸豆作培養基製成團狀，懸掛於屋椽下使米曲黴繁殖，就是一例。隨著大規模生產的進行，以後常取部分良好的曲作下次製曲的種子，也可以說是一種工曲，又叫友曲。純正種曲的培養始自三十年代，形成了種曲三級培養法。種曲的生產是獲得純度高的曲黴分生孢子為目的，因此種曲的生產方法與大曲（生產用曲）不同。
種曲用材料以麥麩為主，有時因產品不同也有使用破碎大豆、小麥或碎米。曲料水分以45%～55%者為最多。種曲的製備一般采用三級培養，即原菌（試管斜麵）培養、三角瓶擴大培養及種曲製備三個階段。
（1）試管培養選用顆粒完整、無蟲蛀及未變質新鮮大豆，用清水洗淨，加相當於大豆質量4倍的清水，浸漬10～15h，冬天宜長，夏天宜短，並且每隔5～6h換水一次，待豆粒充分吸水膨脹，達到豆粒無皺紋、無硬心，兩指輕輕一撣、豆皮脫落為度，淋去水分，再加清水6倍於幹大豆，煮沸3～4h，經常補水，保持一定水位。趁熱用藥棉過濾。每100g大豆可得到波美5度豆汁100mL、每100mL豆汁加入磷酸二氫鉀0.1g,硫酸鎂0.05g，硫酸銨0.05g、葡萄糖2g、加熱熔化，用蔗糖調整濃度至波美7度，測定豆汁pH，用1mol/L NaOH調至pH6,每100mL豆汁加入剪碎瓊脂1.5～2g，加熱充分熔化，趁熱裝入幹燥滅菌試管，（以1.5cm長15cm者較適用）。每管約4mL，塞好棉塞，用防潮紙包裹。加壓98kPa滅菌20min。趁熱斜置作成斜麵。放入25～30℃培養箱，3d後，檢查培養基滅菌是否完全。
接種在無菌室內以無菌操作進行，放入28～30℃培養箱中培養，待菌絲發育成熟，結滿黃綠色孢子即成，約72～96h。存入4℃冰箱保存。
（2）錐形瓶培養培養基選用新鮮不變質麥麩及用50號細篩篩過細豆粉為原料，其配比可為80∶20，加同質量水拌勻，裝15～20g於滅菌500mL三角瓶，加棉塞，於98kPa壓力下滅菌30min。放入28～30℃培養箱中培養3d，檢查滅菌是否完全。
接種在無菌室以無菌操作挑取試管中斜麵原菌孢子（多量）一接種環，加棉塞充分搖瓶，於28～30℃培養，20～24h後搖瓶一次，搖碎結塊，待再結成硬塊後扣瓶，待孢子全麵變黃綠色，約72h即可。
（3）種曲的製備一般采用曲盤法，種曲室應充分滅菌，最簡易的是燃燒硫黃法，每立方米用25g，用炭火使燃，密封曲室20h後啟用。所用曲盤器具等均須清洗後裝入曲室疊成十字形或品字形滅菌。蓋曲盤用布簾也應在蒸料時蒸汽滅菌。
種曲用料仍按錐形瓶培養法，麥麩與豆餅之比為80∶20，加水100%，98kPa壓力下滅菌30min，燜30min。蒸料一般含水量55%左右。蒸料經過翻拌降溫至38～40℃，加入事先與少量幹蒸麩或麵粉混合的錐形瓶純種，拌勻即可堆積、保溫。待品溫升至37～38℃，翻拌使勻，待品溫升至37℃即可裝盤，厚度為1～1.5cm，曲盤堆成柱形，頂上蓋一空盤，保持室溫27～30℃，幹濕球相差1℃。
自接種裝盤後8h，當盤內品溫升至35℃，肉眼以明顯看到菌絲成微白色並稍結塊，即可進行第一次翻曲，使鬆散並攤平，蓋上已滅菌的濕布，改為品字形堆積，翻曲時通風換氣一次。約5～6h，曲料結滿白色菌絲，呈現硬塊，品溫升至36℃，即進行翻二遍曲，仍蓋上濕布，品字形堆積。每次翻曲即可達到調動曲盤上下左右位置的目的，在溫度管理中應注意蓋布，必要時要用殺菌水浸過，以保證製曲溫度。二遍翻曲後6h左右，已能見到微黃色孢子，此時品溫應保持在35～36℃。自蓋濕布40～48h，即可揭掉。此時孢子全部結滿，將曲改成柱形堆積、通風、排除濕氣，控製室溫30℃，準備出曲，總製曲時間約72h。
近年，由於對種曲質量要求較高，我國已開發了一種小型通風種製曲的裝置，從蒸料開始、拌種、培養均在一個容器內進行，實施了密封無菌作法。在厚約2cm的薄皮箱內裝入曲料，然後通過台車送入裝置中，密封，通入高壓蒸汽蒸熟滅菌，並進行真空冷卻，慢慢通入過濾的無菌空氣，空氣進入的同時將曲種吸入，這樣逐步使之達到常壓，在這期間曲料的空隙部分從真空回到常壓過程中，含種曲的空氣就被吸入，使菌種附著於曲料上。製曲時熱量的排除靠罐外夾套冷卻水及罐內風扇進行，並在適當時送入新鮮無菌空氣，供曲菌繁殖用。
2.種曲的條件、保管及使用
醬油的質量及原料配比、製曲技術、發酵管理、加熱滅菌等對影響很大。其中種曲良否的影響更大，獲得優良種曲是其先決條件，優良種曲應具備下列幾個基本條件：①保證安全；②具有強的酶活；③具有強的繁殖能力；④製曲過程中碳水化合物的消耗少；⑤具有香氣；⑥無雜菌。
種曲的使用以新鮮者為好，當室溫在10℃以下時，不必幹燥貯存，存放在原曲盤內即可。在10℃以上時，種曲一周內用不完，則需在曲室內烘幹、幹燥，溫度不使品溫超過40℃即可。種曲的幹燥含水量宜在15%以下，出售的種曲宜在含水量10%以下。
現在有將種曲孢子篩下，加填充劑製成“曲精”出售者。上海釀造一廠、石家莊鼎新公司等多家均有曲精出售。
為了保證種曲的質量，必須充分注意保管，除冬季，外界的大氣濕度高時，可能導致種曲發芽率的降低，貯存環境不佳，容易遭受汙染。因此，新鮮種曲的孢子發芽力高，未受汙染，最好立即使用，種曲購入量也應盡量減少，同時為了防止蟲害，宜與幹燥劑保存於密封容器內，夏季最好貯於冷庫（5～10℃）。
種曲的接種量，在過去曲盤法或簾子曲以0.1%為標準，以後采用旋轉罐，即日出鍋工藝後，為了防止雜菌的滋長，保證製曲安全，用曲量有所增加，一般為0.2%～0.3%。通風製曲的種曲用量增加到0.4%～0.5%。但是，由於最近種曲質量的提高，生產了幾乎無雜菌的種曲，通常的使用量已不是標準。應根據現場實際情況決定。
接種種曲的溫度超過40℃，會弱化種曲，可能降低種曲孢子的發芽力，增加了汙染的機會。夏季接種後的品溫，有時達45℃，應考慮使用冷卻設備。
二、製曲裝置
醬油曲在製曲過程中的菌絲生長期，尚未生成蛋白酶，進入孢子生長期才急劇大量生成。因此，在製曲設備方麵都是為了滿足這種溫度經過而設計的。設備種類雖然不少，但都必須具備下列條件。