明王朝建立伊始，經過十幾年的精心治理終於走上正軌，但太祖朱元璋並沒有安下心來。他的多疑令他無法盡信江山能夠穩守，唯恐有謀臣造反，隻有皇權完整地獨立，控製整個國家的生殺之事，才能保證明王朝的千秋萬代。於是，因此而成為犧牲品的明朝將相不在少數，其中宰相胡惟庸算是最大的犧牲品。
朱元璋為何大張旗鼓地製造胡惟庸案，至今都是一個謎，沒有人能夠觸摸到它的真相，很多事情都是後人的分析與猜測。
關於胡惟庸獲罪的原因，曆史上有兩種說法：
一說是胡惟庸位高權重，心生他意，同倭寇與舊元勾結，意在弑君，結果事情敗露。另一種說法是胡惟庸引朱元璋來家裏觀看醴泉，這被認為是天賜的祥瑞之事，所以朱元璋欣然前往，結果在路上被一個宦官攔住，訴說胡惟庸謀反的陰謀。不管是哪種說法，都是疑點重重，真實情況已無從考證。但是胡惟庸謀反一事，在皇帝那裏就是事實，這是十惡不赦之大罪，死是死定了，沒想到他的死，卻使許多人受到株連。開始是他的家人，被誅了三族，連同同謀及告發者一並斬首。隨後朱元璋借此東風，一舉撤銷中書省，不再設丞相。隨後又追查了依附胡惟庸的官員和六部官屬。結果此案遷延十餘年，大小官員被處死者多達三萬餘人，朝野震動。
錢穆在《中國曆代政治得失》一書中講道：自古以來，中國的皇權和相權是劃分的，即使兩種權力的比重不同，相權對皇權有一定的製約，並不是皇帝一人專製。而政府真正由一個皇帝來獨裁，則是在明清兩代，始作俑者，就是這位明太祖朱元璋，他廢止宰相一職，並嚴格規定子孫們永遠不準再立宰相。殊不知世上的事情是沒有永遠的，從明朝中後期的情況來看，皇帝們總是濫用手裏的權力，為所欲為，最終沒能守住祖宗的這份基業，在祖宗這裏也許能夠找到根由。
胡惟庸一案的血流成河，並沒有讓朱元璋放心，因為宰相雖然沒有了，還有很多勞苦功高的大臣呢！難以保證他們不會起異心，於是他又舉起了屠刀，洪武二十六年（1393年）正月，藍玉案起。藍玉以謀逆罪被殺，連坐被誅殺者達1.5萬人。
縱觀中國曆史，開國皇帝與功臣之間總會有不和諧的音符。其中唐太宗李世民處理得最為妥當，這是因為他氣量恢弘；宋太祖趙匡胤“杯酒釋兵權”，也自有其合理之處，而漢高祖劉邦和朱元璋都是大殺開國功臣。其實兩者也有區別，朱元璋身邊的人都是他的同鄉，和他出生入死，與他的交情非同一般。建明朝之後如果讓他們恪守君臣之禮，或永不起異心，這是任何人都不能保證的。因此，為了給以後的子孫掃清道路，他選擇了斬草除根。
據史書記載，太子朱標對朱元璋大開殺戒曾數次勸諫。一次，朱元璋命人找來一根長滿尖刺的荊棘放到朱標麵前，讓他去拿，朱標畏懼不敢伸手。於是朱元璋說：“汝弗能執與，使我潤琢以遺汝，豈不美哉？今所誅者皆天下之險人也，除以燕汝，福莫大焉！”意思是說，我殺人就像去掉荊棘上的尖刺一樣，這樣你將來才可以安坐天下。這話說得倒也在理。朱標無可反駁。
朱元璋的屠戮如此聳人聽聞，也與他本人的性格有關，清代史學家趙翼說過這樣的話：“獨至明祖，藉諸功臣以取天下，及天下既定，即盡取天下之人而殺之，其殘忍實千古未有。蓋雄猜好殺，本其天性。”
無論如何，經過胡、藍案，宰相一職取消了，開國功臣也被屠戮殆盡。從此皇帝身兼君主與宰相，行使著皇權和相權，集吏、戶、禮、兵、刑、工六部職責為一體，控製了一切生殺大權。
不過，明王朝或許是不幸的，自朱元璋死後，其子孫“聖賢、豪傑”者少，“盜賊”者多，從而造就了大明一朝十幾位個性鮮明的皇帝，在是非、人倫顛倒中，左右了明王朝二百多年命運。隻可憐最後一位欲做大事、勵精圖治的崇禎皇帝成了王朝的犧牲品。