數百條彩色細線瞬間從房間各個角落彙聚到會議桌上方，將潛龍基地的整體結構完整地描繪了出來。這是一座由中心區、軍事區、實驗區、加工區，倉儲區五個功能分區組成的大型地下建築群，總麵積超過10平方公裏，幾乎相當於一座中等規模的戰前城鎮。
四條采用特殊設計的半柔性防震抗爆通道將五個功能分區連接成為一個整體，以位於建築群中央的中心區為中點，五個功能分區在地底深處組成了一個大寫的英文字母“X”。由於具體地質條件影響，各個功能分區的麵積和埋藏深度都不盡相同，建築麵積最大的中心區達到三平方公裏，而另外四個功能分區的麵積大都在兩平方公裏左右。五個功能分區都擁有通往地麵的出入通道，但隻有中心區，軍事區和倉儲區的通道能容許大型機械車輛通行。這些大型通道的出入口大多隱藏在臨近道路的偏僻山穀裏，可以方便地輸出或者接受物資。
包括中心區在內的五個功能分區功能雖然各有側重，但都同樣擁有獨立的核聚變反應堆和中央計算機控製設備，即便各個分區之間的能源和通信網絡遭遇外界襲擊被切斷，各個功能分區也能夠脫離其他分區獨立運作。這種分體式設計方案不僅使基地各個區域的功能劃分更加清晰合理，也極大地增強了基地的整體抗攻擊能力和生存能力。
潛龍基地主體建築的平均深度超過60米。盡管這個數字表麵上很不夠看，同美洲聯盟、歐洲聯盟的一些大型地下軍事基地存在不小的差距，但這隻是基地主體建築到地麵之間的距離而已。憑借基地較高的防禦等級，外加上方數百米厚堅實山岩的屏蔽防護效應，普通的戰術核武器幾乎不可能傷害到深藏於地下的基地主體結構。即便遭受到到戰略級鑽地核武器的攻擊，隻要鑽地彈頭沒有直接命中全部主體建築，也不至於造成整座基地完全毀滅。
雖然潛龍基地擁有十分先進的通信偵測係統，但由於受到保密因素限製無法安裝大型雷達偵測設備，外加基地周圍山嶺的屏蔽，偵測範圍其實相當有限。針對這項缺陷，設計者為潛龍基地配備了浮空氣球和無人偵察機等偵測設備作為補充。通過對這些中高空偵測設備的運用，潛龍基地能夠對周圍數百平方公裏範圍的情況進行實時監控，足以保證自身的安全。
作為潛龍基地控製中樞的中心區位於整片地下建築群中央位置，平均深度67米。這個區域是基地駐守人員的主要活動區域，擁有十分完善的生活設施，可供2500人在此長期居住、工作和生活。中心區擁有十餘台有機食品製造設備和同數座與地下暗河直接連接的淨水裝置，完全能夠滿足基地人員日常生活的需要。除了供基地人員使用的控製中心、通訊中心、醫療中心、生活中心、倉儲中心、訓練中心、會議中心等眾多設施外，重要的人工冬眠設備也設置在這個區域。
位於中心區東北側的是倉儲區，平均深度55米，主要用於存儲各類非軍事用途的物資和材料。儲存在這裏的所有物資事先都經過了防腐、防蛀、防鏽處理，再加上倉庫裏恒溫、幹燥、高氮的保存環境，因此能夠長期保存。倉儲區儲存的物資和資材數量極其巨大，總重量超過十二萬噸，僅氘棒的儲量就超過三噸。這些物資足夠維持3000人在基地內生活25年。如果對人均物資消耗量加以限製，再加上廢棄物循環回收設備的產出，維持運轉30年也沒有太大問題。
軍事區位於中心區西北側，平均深度58米。這個區域主要用於存放、維修各類現役戰鬥車輛和武器裝備。這個區域的綜合維修站擁有多台大、中型維修設備，無論從設備數量還是質量上看，都達到了集團軍級維修所的水準，完全能夠滿足包括坦克等重型裝備在內各種現役作戰裝備的維修需求。此外，隻要擁有足夠的熟練工人和充足的原料供應，這裏的幾處武器車間也能夠小批量生產火箭筒、通用機槍、突擊步槍之類的傳統單兵武器以及相應彈藥。自然，像坦克、步兵戰車這樣的重型裝備，這裏肯定是沒能力生產的。
軍事區高大寬敞的庫房中存放有足夠裝備一個機械化步兵團的武器裝備，僅各式裝甲、輪式作戰車輛的數量就超過了300。這其中履帶式車輛的數量相對較少，隻有不足100輛，餘下的都是輪式車輛，這也和戰前比較側重作戰效能、維護成本、裝載運輸等要素有關。所有這些作戰車輛都處於整體封存狀態，一些重要的零部件也都進行了防鏽延壽處理，輪胎之類的易損耗件則全部真空密封保存，隻需簡單的組裝和測試便可以使用。