UFO 來自何方是一個大家最關注的問題。人們對UFO 的來源作了種種推測。我國和西方各國均有人研究所謂的UFO 基地（ 即母星和活動地點） 問題。雖說法不一，但歸納起來可分成兩大類：一類是宇宙基地說，另一類是地球基地說。
宇宙基地說
不少UFO 研究者認為，UFO 來自外太空（ 即來自銀河係或其他星係）。它們是由若幹艘龐大的宇宙飛船——UFO 母艦——運到太陽係附近，在那裏自成基地或尋找某個星球建立基地，然後再被釋放出來，列隊或單獨進入地球空間。這些UFO 有時無乘員駕駛，受母艦遙控。有時由類人生命體或機器人控製。據推測，UFO 可能在太陽係的金星、火星或其他行星或其衛星上建立了“中繼站”，也可能在月球上中途歇腳或作永久性駐地。
地球基地說
美、英、法、日等國的UFO 研究者中，不少人認為UFO 並非來自外太空，其基地就在地球上。持此種觀點的人又分3 類：
1. 海底基地說：加拿大的讓· 帕拉尚等人首先提出這種假說。他們經過調查研究， 認為一萬或幾萬年前，大西洋上原先有個高度文明的大西國（ 在大西洋上），後來因發生戰爭或洪水或星球撞擊，使大西國沉淪洋底，大西國人（ 即瑪雅人）隨之轉入洋底生活，在那裏建立永久的基地。但有時也乘UFO 冒出海麵，邀遊空間。帕拉尚等人還用此觀點來解釋百慕大三角的神秘事件和UFO 經常出沒這片海域的奇異現象。
2. 南極基地說：在UFO 研究者中少數人認為，飛碟可能是德國納粹的秘密武器。UFO 專家安東尼奧· 裏維拉就曾這樣認為，他經過調查得知，第二次世界大戰末，德國人設計出了幾個飛碟，其中幾架很可能被納粹用潛艇運到南美和南極。南美洲，特別是阿根廷、巴西的UFO 現象十分頻繁，這一現象似乎足以證明這個假說。因此，一些人便推斷南極（EricThomason）拍攝到的一係列照片之一，該照片1993年3月10日拍攝於澳大利亞馬塞林海灘，托馬斯說，該物體是從海中升起的。
存在著UFO 基地。後來的資料表明，二戰時，德國確實研製過飛碟，戰敗時將樣碟和工廠炸毀，人員流散在美國等地。盡管如此，這種地球人造飛碟絕不能包括所有的飛碟。
3. 地內基地說：以德國UFO 專家威廉· 哈德森炎為代表提出，UFO 是地球上一種高等智慧生物的乘具，這種智能生物長期以來居住在地球深處，在那裏發展了一個地下文明；他們不習慣在地球表麵的空氣中生活，因而需乘特殊飛行器才能外出，進入空間。
他們的出口往往建在深山峽穀之中，或荒無人煙的大沙漠深處。
也有人認為，地層的裂縫是它們的天然出口，非洲大峽穀地帶是UFO 案例多發區，正好支持這種假說。
另外，美國一飛行員在對北極進行考察飛行時曾見過綠洲和洞口，並飛入亮如白晝的洞內。如果此事確鑿，這是支持UFO 地內說的最好案例。因此，裂縫處或洞穴處往往是UFO 現象的高發地區。有人還提出了地內文明出入地球的出入口位置。