隨著玖辛奈的受傷，困住九尾的封印術越來越弱，波風水門也是無法，想了一些辦法，最後都排除了。波風水門轉過身子對著玖辛奈說道：“有什麼話對鳴人說的，你就說吧，我會將你的查克拉封印到鳴人體內，以後鳴人會看到你的！”
聽到水門這麼說，玖辛奈就知道水們的打算是什麼了，於是對著繈褓裏的鳴人開始囑咐。而這時的波風水門就開始結印道：“巳-亥-未-卯-戌-子-酉-午-巳，忍法，封印.屍鬼封盡。”瞬間，波風水門的身後就出現一個身穿白衣的巨大虛影，就是死神，嘴裏還含著一把大刀。
而死神前麵，就看到一個靈魂體被捆綁住，波風水門聽到玖辛奈已經囑咐完，於是將九尾的查克拉一分為二，將陽屬性的的九尾查克拉封印進入鳴人的體內，讓鳴人作為下一代九尾人柱力留在木葉。
而另一半九尾的陰屬性則是被波風水門封印進了自己的體內。這時，三代目猿飛日斬飛了過來，波風水門就對著他說道：“三代目大人，鳴人以後就交給你了，幫我好好照顧她，別告訴他我的事。”
猿飛日斬也是急忙答應下來，波風水門見到後就朝著玖辛奈一笑。而這時，死神已經抓波風水門的靈魂，拿下口中的刀，一刀斬下，並將波風水門的靈魂吞入口中，隨即消失不見，水門夫妻也是雙雙死亡。
一代天才，火之國木葉忍者村的四代目火影，木葉三忍之一自來也的弟子，擁有冷靜睿智的頭腦，實力高超，速度冠絕忍界，被譽為“黃色閃光”的男人，在九尾襲擊木葉事件當中而犧牲，令人咋舌可惜不已。
至此，九尾之亂結束。
三代目猿飛日斬將鳴人抱起，同樣流露出傷心的表情。除此之外，木葉上忍陣亡12人，中忍47人，平民傷亡上百，損失極為慘重。
第二天，當止水聽到這件事後也是痛惜不已，畢竟木葉的‘金色閃光’還是死亡了。
九尾之亂告一段落，而幾天後，木葉又開始恢複繁榮。這天下著雨，三代目火影猿飛日斬再次宣布就任火影一職，並帶領眾人參加葬禮。
而在木葉底下的‘根’，這時的誌村團藏卻是氣得不行，原本以為將三代逼下台，把大蛇丸逼得反叛村子之時，卻沒想到猿飛日斬給他玩一個釜底抽薪選了四代目水門；剛又等到四代火影波風水門死亡下台，本該選擇一個五代火影，趁著自來也和綱手都不在村子，自己則最有希望的，可是卻沒想到猿飛日斬著昔日的好友再次擺了自己一道。與火影之位失之交臂。
誌村團藏實在氣得不行，隻聽見‘砰’的一聲，誌村團藏將手裏的杯子摔個粉碎。發泄過後，團藏隻得咽下這口氣，把打碎的牙往肚子裏咽。
木葉終於恢複了正常，忍者學校也是開始正常上課，而止水則是準備實行自己的計劃，從邁特凱手中將八門遁甲拿到手。
這天下午放學，止水並沒有回家，而是往邁特凱平時訓練的場地走去，可是不知道是不是因為九尾之亂，邁特凱並沒有來這裏進行訓練，止水隻得失望的往宇智波一族的族地走去。
止水回到家後和鼬比試了一番，當然，還是以鼬的落敗告終。晚上，止水再次盤坐到地板上，將體內‘活’細胞的查克拉進行提取儲存，果然，這萬分之二百‘活’細胞就是比不能控製的大一些，而且儲存的查克拉也多了不少。
但是，止水發現，自己能控製的‘活’細胞數的速度並不能滿足自己的需求。止水歎了一口氣，自言自語道：“果然還是得將八門遁甲弄到手才行啊。”止水修煉了一會兒覺得無趣就開始入睡。
第二天，止水早早醒來進入修煉狀態，這時外麵的天才剛剛微亮。鼬隻知道止水的實力強，卻不知道的是止水不管每天如何忙碌，都從不曾放下過修煉。
而今天，止水從修煉狀態醒來，在和宇智波富嶽一家吃完飯，就帶著兩份便當向學校走去。
剛剛進教室門口，止水看到雨流仙兒笑嘻嘻的看著自己，止水也笑了起來走了過去說道：“喲，仙兒，今天是有什麼高興的事嗎，要不要和我分享分享啊？”
雨流仙兒也是笑著說道：“止水，你不知道，昨天團藏大人來到我們孤兒院了，而且還帶來了大量的物資，說以後孤兒院每個月都會有那麼多的物資呢，這下可好了，院長姐姐終於不用擔心了，而且弟弟妹妹們都可以吃飽飯了呢，真是太好了！”
止水聽完後也是說道：“那可真是一個好消息啊。”說完這句話，止水卻知道團藏這是準備把孤兒院控製在手裏，準備作為‘根’部的人員供給部了，雖然這次在九尾之亂中團藏並沒有讓‘根’部參戰，可是對於木葉的‘根’，很多肮髒和危險的事是不可避免的。