王鼇永是山東總督，平叛自然是他的職責。巡撫方大猷對王鼇永的安排沒有異議，保證會全力為大軍籌措糧草。
膠州淪陷消息傳來的第三天，王鼇永帶著三千士兵出了濟南，向著青州而去。
青州距離濟南三百裏，六天的時間，王鼇永大軍便兵臨青州城下。
此時的青州，剛被李士元聯軍攻占。然而青州城內的局勢卻錯綜複雜，因為青州城內並非李士元一支軍隊。
為了擊敗清兵打下青州，青州境內的好幾支軍隊聯合了起來。其中以李士元和趙應元二人的力量最強。李士元是原來明軍千戶，自封為青州參將。而趙應元卻是原來的順軍餘孽，李自成被趕出北京後，山東的士紳們造反，推翻了順朝在山東的統治，可在山東還是有相當一批順軍留了下來。
攻打清兵之時，明軍和順軍還能勉強聯合，可是打下青州之後，雙方的矛盾便凸顯了出來。
青州城內的趙應元部兵力較少，隻有六百餘人，可均是原來的闖軍精兵。以李士元為代表的明軍士兵近兩千人，可派係眾多，成分複雜，戰鬥力極差。
李士元雖然有心想把趙應元趕出青州，可是他也知道順軍強悍的戰鬥力，不敢亂動。在攻打青州時，順軍承擔了大部分的攻堅重任，其表現出的戰鬥力讓各部明軍心驚。
就這樣，雙方雖然矛盾重重，卻維持著一種奇妙的平衡。然而，隨著王鼇永帶著三千綠營兵的到來，青州的局勢一下子被打破了。
王鼇永暗中收買明軍將領，許以高官顯職，李士元手下好幾個將領都被王鼇永收買，脅迫李應元投靠清廷。李士元雖然不願，可是麵對著刀劍，還是屈服了。
在明末，明朝軍隊數以十萬計，可是麵對著清兵，很少有將領能堅持抵抗的，望風而降已是常態。
而和明軍相比，被他們稱為闖賊的順軍的表現就好了許多，雖然順軍也是連戰連敗，可是人家卻一直在抵抗，並且堅持到南明滅亡，很少有人投降。
趙應元雖然是原順軍普通的一員，可他和他的手下六百順軍的表現卻比明軍要強得多。
由於明軍的投降，青州城門被打開，王鼇永手下的三千清兵殺入了城中。趙應元自知寡不敵眾，便假意投降，先是派人前去遞降書，後帶著一百騎兵直撲王鼇永的行轅。
王鼇永還以為趙應元前來投降，根本沒做提防，趙應元部一百騎兵長驅直入，把王鼇永親衛營殺得落荒而逃。
王鼇永躲在床底才勉強逃過一劫，然而趙應元帶領的騎兵實在太少，當三千綠營兵救援而來時，他的一百騎兵離開陷入重圍，拚命廝殺逃出重圍時，一百騎兵僅僅剩下五六騎，趙應元本人後背也被射中了一箭。
王鼇永幸運的逃過一劫，立刻部署對趙應元部的圍殺。命令三千綠營兵全力向趙應元五百手下發動了進攻。
主將身受重傷，敵人士兵又是己方數倍，任是順軍再英勇，也寡不敵眾，在綠營兵的圍剿之下，全軍覆滅，首領趙應元重傷之餘，拚命作戰，最後死於清兵亂刀之下。