同日中共中央致陳毅、張雲逸、黎玉、張鼎丞、鄧子恢、粟裕、譚震林並轉各區黨委、各師各縱首長電，指示：“鼓勵一切正規軍、地方軍及民兵發揮積極性，多打勝仗，各個擊破與大量殲滅敵人。要告訴山東及華中全黨全軍，必須大量殲滅王耀武（十四個旅）、薛嶽（三十五個旅）、湯恩伯（十五個旅）三部之正規軍，方能解決問題。膠濟我軍及魯南、蘇北我軍對王耀武薛嶽兩部應各以殲滅三分之一（即五個旅與十二個旅）為第一步目標。蘇中我軍已於過去一個半月中（午元至未感）殲敵正規軍六個半旅、交通警察五千，已接近殲敵二分之一，今後應以殲敵十分之八至十分之九為目標。殲敵方法，是集中大力打敵一部，例如：蘇北午感漁溝戰役集中十二個團（實際使用七個團）殲敵九十二旅兩個團，蘇中未宥如皋西南戰役集中十個團殲敵九十九旅兩個團就是好例。這種打法，通全局看來，用力省而成功多，每戰必勝，既能全殲，又能速決，必須教育幹部普遍采用。”
同日中共中央軍委致陳毅電，指示：“你率主力應在睢寧以東地區待機。
仿粟裕辦法，集中主力殲敵一部，休整若幹天又打，打後又休整若幹天。如此常保高度士氣，紀律亦可改善。九月正是作戰時機，劉鄧軍、中原軍均希望你軍配合。此時不打，敵占地愈多，威風愈大，我士氣民氣均將受損，故必須尋機作戰，滅敵人威風，壯自己誌氣。”
8月31日華中野戰軍第五旅攻克黃橋，國民黨軍第一○六旅5個連繳械投降，如黃路戰鬥勝利結束，總計殲敵17萬人。
同日與譚震林聯名發出致中共中央軍委並陳毅、宋時輪、張鼎丞、鄧子恢電，報告蘇中參戰部隊現狀和今後作戰方針，提出：“我們現正包圍海安，加強政治攻勢迫廣東軍（共五個營及師旅兩個直屬隊）起義，否則擬於軍事準備充分而有把握時攻占之。但在此期間，如敵二十一師（兩個旅已到南通）及二十五師（一個旅已到泰州、口岸線）來援，則決舍海安而殲滅其援敵。海安得手後，部隊必須休整二十天至一個月，再行相機攻占泰州、仙女廟之線。但必須予二十五師以殲滅打擊，經掃除揚泰線以鞏固邵伯外圍，而後轉移主力於淮南，恢複三分區，並設法截斷蚌埠路，以配合淮北之作戰。”中共中央軍委9月2日複電指示：“世午電悉，甚慰。各事照你們計劃辦理”。“準備在主力他調後仍有得力部隊留蘇中作戰，保衛蘇中不失”。
同日下午，在華中野戰軍排以上幹部會議上作題為《四十五天自衛戰簡述》的報告，著重從戰略指導上總結蘇中戰役的經驗，指出：所以能取得這樣大的勝利，“在政治上來說，我們是自衛，是為了消除內戰、保衛和平民主獨立而戰，是正義戰爭，得到解放區人民全力的支持，得到全國乃至全世界愛好和平的民主人士、廣大人民的同情擁護，特別是有黨中央與上級的正確指導”。在軍事上，“首先是由於我們沒有機械地教條主義地運用戰略指導原則”。“除了上述政治軍事原因之外，主要是消滅了敵人的有生力量。因此，大家要記住：誰保存了有生力量，誰就會勝利；誰消耗或者喪失了有生力量，誰就會失敗”。
9月1日新華社駐華中記者發表評論《蘇中南線戰局縱橫談》，指出蘇中戰役有四個特點：第一，大兵團運動戰。第二，地方民兵與主力軍機動之配合。
第三，蔣軍指揮官，初則輕視新四軍，後則慌亂不堪。第四，蔣軍士氣低落和內部矛盾。這篇評論發表在1946年9月2日的延安《解放日報》上。
9月2日與譚震林聯名發出致中共中央、陳毅、宋時輪並張鼎丞、鄧子恢電，報告下一步作戰計劃：“蘇中戰場第一期作戰在九月份完成後即可西進，頑如援兵不來，可以提前十五天西進。”中共中央軍委9月4日複電指示：“計劃甚好。希望能於九月上半月完成東麵作戰任務，下半月休整。十月上旬攻取揚泰線，中旬休整，下旬進入淮南作戰。”
9月3日中共中央軍委致粟裕、譚震林並告陳毅、張鼎丞、鄧子恢、劉伯承、鄧小平電，指示：對自覺起義與被迫起義的國民黨軍隊應區別對待。
9月4日淮北地區國民黨軍積極部署進攻淮陰，同時以一部向東佯動，整編第七十四師與整編第六十九師進至宿遷、睢寧一線，第七軍兩個師進至泗陽以北的洋河、淩河一帶。
同日陳毅、宋時輪致中共中央軍委並告張雲逸、黎玉、張鼎丞、鄧子恢電，提出山東野戰軍行動的三個方案（北移沭陽，出擊洋河，現地待機），而傾向第一方案，即北移沭陽，迎擊自宿遷東進之整編第七十四師、整編第六十九師。
9月5日鄧子恢致陳毅、宋時輪並報中共中央電，認為山東野戰軍行動方案以留現地待機為上策。
同日發出致張鼎丞、鄧子恢電，認為：“敵占宿遷、洋河之線，有進犯兩淮之極大可能，來直搗我華中心髒與截斷華中與山東之聯係”，“以山野目前之布置，似乎讓敵過黃河以東再與敵決戰。如決戰順利兩淮當無問題，否則華中局勢將受極大影響”。“不知軍長整個作戰步驟與決心如何”，華中野戰軍須視山東野戰軍行動決定下一步作戰方向：如山野不打進犯兩淮之敵，則華野主力西進截斷揚泰線；如山野於泗陽殲敵，華野主力則在攻占海安後南攻如皋。9月6日，鄧子恢將此電轉報陳毅並中共中央，並說已將陳毅、宋時輪4日所提三個方案轉告粟裕。