不過錢恂此種激進的情緒並不必然指向孫中山式的武裝反清的道路，作為體製中人，激進的批評一般隻在私下晤談與個人通信中才會出現，當不滿的情緒充分增長時，最大的可能是轉向消極退守，這實際上是傳統體製下王權認同出現危機的常規處理方式。經過庚子、辛醜，錢恂避地日本鐮倉，某種程度采取了逃避的方式。1903年單士厘說其丈夫“年來自悔其聞見太多，知識太早，頗用靜觀主義”。
1905年，五大臣出洋，錢恂應招隨行，向汪康年感慨：“置身政界，在六七年前固甚願矣，今老矣，無心於此矣。”此後的政治環境與職務的變化似乎使錢恂由體製內看到了一點希望，但出使意大利以後，他的挫折感又增強，在被罷官前稱：“恂近來絕口絕筆，不談國政，以在和（荷蘭）一年，頗盡心力，並泡影而不成，心灰甚矣。自咎自救之方，知知識太多，故改而求諸耶穌經，非信彼教也。以此事為人所不談，我一人讀之，無嫉我者也。”
1910年庚戌元旦，歸潛的錢恂寫下了如下詩句，“種弱千秋恨，民窮百計空。此心徒愛國，默默祝豐年”。這和他10年前的新年詩的精神狀態已經有了很大分別。這一年的年末，在給汪康年的信中說：“願屈指不為妄動，則壬子尚可得食，一動則辛亥恐不克卒歲，是以欲前仍卻也。一年以來，斂心之策，惟恪守不看新聞紙一語，果有效驗。”次年年中給汪的信中又說：“兩年頑健，其得力全在不看報，緣此心未死，一看報便怒，怒則傷身，欲保身，即不看報耳，非有他也。”在不斷地引進新知識，而又眼見新知識失效後，在情感上走向對知識的排斥，在價值取向上走向保守與消極，在與錢恂有類似履曆的人身上這種情況可算一則常例。
晚清時介紹西學最有力者嚴複，倡導改革最有力者康有為，鼓吹排滿最有力者章太炎到後來均轉向保守。晚清的最後十餘年對於中國的那些走在前麵的知識分子很是重要，從最開始介紹西學，擁護西政時的興奮，到不斷的挫折，再到辛亥革命傳統秩序瓦解，一大批當年提倡西學西政不遺餘力的人開始轉向著力保存傳統思想和秩序，“從離異到回歸”是現象，也是規律。從錢恂的身上來看，對新知識新思想的失望既可以是對傳統的意義的重新重視，也可以由失望轉激憤，由激憤而消極，且這兩種心態又是互相映現，互相溝通的。
消極與憤世可以作錢恂後半生的一個注解。由於對清王朝的不滿與失望，當革命大勢所趨時，他也樂觀其成，參與了湖州地方的光複活動。但他已不大以政治為意，“獻策不甘牛馬走，買官不願綰印綬”，幾十年的宦海浮沉，未免對官場看淡了。1913年9月的孔子誕辰日，教育總長汪大燮組織部員到國子監祀孔，錢恂在旁邊大聲叫罵，搞得典禮頃刻間便草率了事。而忍受錢恂叫罵的汪大燮也是錢恂當年的舊交，汪康年的堂兄。錢恂在魯迅日記中所留下的這個側影頗能顯示這個過渡時代之過渡人物的政治態度與性情。張朋園曾經將近代知識分子對政治社會的態度分為三種，即抗議（protest）、疏離（alienation）和退隱。如果將這種分類套在錢恂身上，我們發現作為曆史個體而言，往往會在不同時期、在不同的思想層麵上這幾種因素兼而有之，而且十分容易互相溝通和轉化。
除了政治環境的迅速變化與錢恂本人的性格因素外，如果從錢恂本人曾注意到的近代社會所要求的知識學科化與人才專門化的角度來考慮，錢恂的思想變動還可以有進一步的解釋。從知識體係上，錢恂雖曾以大量的精力介紹西學，但其中卻總隱約有中學的精神統約其中，所謂的百科全書式的知識結構正表明知識的學科化還隻是一個起步的階段。與此對應的是在職業分化與身份特征上的模糊性，雖然按我們今天的分類標準我們可以認為錢恂是一個外交官，但他同時代的人物確實都不是一個身份符號所能代表的。和他的前輩薛福成、許景澄等比較，錢恂的知識體係中無疑容納了更多西學的內容，也更容易對王權認同產生離異，但和他同時或略後的人物如胡惟德、顧維鈞、陸征祥等相比，錢並不是一個專門化的外交人才，相反更具有傳統士大夫的特征，他的偏激與消極都體現了強烈的憂患意識與士大夫式的使命感。這種憂患意識和使命感在近代並不隻到錢恂一輩就算完結，此後中國的思想和政治變動總可隱約地看到這些因素的作用。